ещё коронавирус
May. 6th, 2020 08:46 pmЗадали вопрос про антитела. Конкретно: если тест на антитела был доступен в некоторых лабах в мире, почему все стали пользоваться ПЦР?
Вот тут ответ совершенно идиотский, но правдивый (изнутри смотрю): потому что биологи в массе консервативны и любят повторять за кем-то. Потому что ПЦР принято считать "золотым стандартом", хотя кто и когда установил этот стандарт? Если вы пороетесь в литературе, вы обнаружите одного-единственного человека, именуемого Майкл Пффаффл, который лет 25 назад подписал коммерческий контракт с производителями ПЦР-аппаратов, завёл связи с редакторами определенных журналов, и с тех пор успешно продвигал ПЦР как этот самый "золотой стандарт" в этих самых журналах. Это не журналистское расследование, это я специально искала, для себя, чтоб знать наверняка, кто и когда обозвал это чертово ПЦР "золотым стандартом", так вот это был Пфаффл, и сделал это он для того чтоб ему деньги капали с процента продаж ПЦР-машин еще 25 лет назад.
Но что написано пером, не вырубишь топором. Ученые не успели оглянуться, как привыкли к этому самому "золотому стандарту", Пфаффл написал учебники, мануалы, и все их дружно копируют и на них ссылаются. Хотя данных, обосновывающих точность этих тестов, ровно ничуть не больше, чем тех, что обосновывают тесты на антитела.
А почему в области антител не произошло обзывание "золотым стандартом"? Потому что в области антител там всё сложнее с реагентами и аппаратами, и там нельзя было че-нибудь вразумительно и ярко запатентовать. Поэтому этот процесс в области антител не произошел. И они так и остались "ой это непонятно это еще надо верифицировать".
Заметьте. Заметьте! Ни один человек сейчас не задает вопрос, как ВОЗ, сморща рожу в складки, на международном телевидении: "а насколько точны эти ваши ПЦР-тесты?!"
Никто не предупреждал против ПЦР-тестов, блин!
Однако этот вопрос сплошь и рядом задают "антительникам".
Почему? На каком основании ПЦР избежало вопросов, и его молча принимают как "золотой стандарт" - хотя КТО его сравнивал? С ЧЕМ? На основании ЧЕГО определялось, что тест ПРАВИЛЬНО определяет хараженных и не зараженных? Когда его разрабатывали, вообще не было базы пациентов, на которой проверять! Почему ПЦР не надо было проверять на пациентах, а антитела надо?
Дальше мое мнение. ПЦР (по опыту просто) чаще дает ложно-негативный результат, чем ложно-позитивный. Вот тут аж китайцы написали, что он нихрена не ловит: The Chinese experience with testing has shown the accuracy is only 60 to 70% (https://www.aljazeera.com/news/2020/04/false-negatives-complicating-covid-19-testing-200411100741669.html)
Меж тем с антителами наоброт: у них чаще ложно-позитивные, чем ложно-негативные. (Точный процент разнится от теста к тесту, это просто в целом тенденция такая - ПЦР покажет вам меньше зараженных, чем в реале, а антительный тест больше, чем в реале).
Так вот причина, по которой сейчас ВОЗ и иже с ними "давят" антительников - это чтобы продолжать панику. Потому что если выяснится, что в реале больше людей имеют антитела, чем показал ПЦР, цифры смертности сложнее будет завышать. Нельзя допустить объективного тестирования всего населения, надо продолжать утверждать, что вирусом большинство еще не переболело, и что всем надо сидеть по домам. Такая у меня гипотеза. Есть и еще одна: просто от дури. Пфаффл же тоже когда-то сказал что ПЦР холотой стандарт - ну ему все поверили. Мож и тут так же, один кто-то сказал что вот, "у нас есть ТЕЕЕЕЕЕЕСТ!!!!!" - и всё, все забыли, откуда он, насколько точный... всё вылетело из головы. Если помните, там первые недели все носились с тем что "только бы нам тесты, где взять тесты..." - а щас вон, "предупреждают против тестов", ога. Переобулись в прыжке.
Вот тут ответ совершенно идиотский, но правдивый (изнутри смотрю): потому что биологи в массе консервативны и любят повторять за кем-то. Потому что ПЦР принято считать "золотым стандартом", хотя кто и когда установил этот стандарт? Если вы пороетесь в литературе, вы обнаружите одного-единственного человека, именуемого Майкл Пффаффл, который лет 25 назад подписал коммерческий контракт с производителями ПЦР-аппаратов, завёл связи с редакторами определенных журналов, и с тех пор успешно продвигал ПЦР как этот самый "золотой стандарт" в этих самых журналах. Это не журналистское расследование, это я специально искала, для себя, чтоб знать наверняка, кто и когда обозвал это чертово ПЦР "золотым стандартом", так вот это был Пфаффл, и сделал это он для того чтоб ему деньги капали с процента продаж ПЦР-машин еще 25 лет назад.
Но что написано пером, не вырубишь топором. Ученые не успели оглянуться, как привыкли к этому самому "золотому стандарту", Пфаффл написал учебники, мануалы, и все их дружно копируют и на них ссылаются. Хотя данных, обосновывающих точность этих тестов, ровно ничуть не больше, чем тех, что обосновывают тесты на антитела.
А почему в области антител не произошло обзывание "золотым стандартом"? Потому что в области антител там всё сложнее с реагентами и аппаратами, и там нельзя было че-нибудь вразумительно и ярко запатентовать. Поэтому этот процесс в области антител не произошел. И они так и остались "ой это непонятно это еще надо верифицировать".
Заметьте. Заметьте! Ни один человек сейчас не задает вопрос, как ВОЗ, сморща рожу в складки, на международном телевидении: "а насколько точны эти ваши ПЦР-тесты?!"
Никто не предупреждал против ПЦР-тестов, блин!
Однако этот вопрос сплошь и рядом задают "антительникам".
Почему? На каком основании ПЦР избежало вопросов, и его молча принимают как "золотой стандарт" - хотя КТО его сравнивал? С ЧЕМ? На основании ЧЕГО определялось, что тест ПРАВИЛЬНО определяет хараженных и не зараженных? Когда его разрабатывали, вообще не было базы пациентов, на которой проверять! Почему ПЦР не надо было проверять на пациентах, а антитела надо?
Дальше мое мнение. ПЦР (по опыту просто) чаще дает ложно-негативный результат, чем ложно-позитивный. Вот тут аж китайцы написали, что он нихрена не ловит: The Chinese experience with testing has shown the accuracy is only 60 to 70% (https://www.aljazeera.com/news/2020/04/false-negatives-complicating-covid-19-testing-200411100741669.html)
Меж тем с антителами наоброт: у них чаще ложно-позитивные, чем ложно-негативные. (Точный процент разнится от теста к тесту, это просто в целом тенденция такая - ПЦР покажет вам меньше зараженных, чем в реале, а антительный тест больше, чем в реале).
Так вот причина, по которой сейчас ВОЗ и иже с ними "давят" антительников - это чтобы продолжать панику. Потому что если выяснится, что в реале больше людей имеют антитела, чем показал ПЦР, цифры смертности сложнее будет завышать. Нельзя допустить объективного тестирования всего населения, надо продолжать утверждать, что вирусом большинство еще не переболело, и что всем надо сидеть по домам. Такая у меня гипотеза. Есть и еще одна: просто от дури. Пфаффл же тоже когда-то сказал что ПЦР холотой стандарт - ну ему все поверили. Мож и тут так же, один кто-то сказал что вот, "у нас есть ТЕЕЕЕЕЕЕСТ!!!!!" - и всё, все забыли, откуда он, насколько точный... всё вылетело из головы. Если помните, там первые недели все носились с тем что "только бы нам тесты, где взять тесты..." - а щас вон, "предупреждают против тестов", ога. Переобулись в прыжке.
no subject
Date: 2020-05-06 12:13 pm (UTC)no subject
Date: 2020-05-06 12:24 pm (UTC)no subject
Date: 2020-05-06 01:07 pm (UTC)Это он про антительные тесты сказал. Критикует, типа. А то что к ПЦР это же самое никогда не применялось, и никто никогда ПЦР тесты по этим критериям не проверял, его мало интересует.
(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:no subject
Date: 2020-05-06 12:32 pm (UTC)no subject
Date: 2020-05-06 12:32 pm (UTC)Вроде ж уже все, кто хотел и мог, напрыгались вокруг темы коронавируса и подуспокоились (или устали), инфоволна пошла в другое русло.
no subject
Date: 2020-05-06 01:11 pm (UTC)(no subject)
From:no subject
Date: 2020-05-06 12:58 pm (UTC)no subject
Date: 2020-05-06 01:08 pm (UTC)(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:no subject
Date: 2020-05-06 01:09 pm (UTC)no subject
Date: 2020-05-06 01:15 pm (UTC)Да вон меня тестировали дважды, оба раза негативно, но я почти уверена, что у меня был этот САРС, слишком похоже. Вот был бы тест на антитела - можно было было бы ХОТЯ БЫ сравнить. Хотя бы. А так получается, что правительству надо чтобы был ПЦР, но они зачем-то запрещают антитела. Спрашивается: зачем? Зачем запрещать дополнительное тестирование, когда они сами два месяца назад орали на всех углах, что "не хватает тестов"??? Причем ПЦР никогда не был верифицирован "на сотнях пациентов", если просто приняли как есть и всё. Чем антитела-то принципиально в этом смысле отличаются?
(no subject)
From:(no subject)
From:no subject
Date: 2020-05-06 01:42 pm (UTC)"изнутри смотрю"
Сейчас то самое время, когда за такое сочетание издания готовы платить деньги. Если вам нужны деньги.
no subject
Date: 2020-05-06 01:56 pm (UTC)(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:no subject
Date: 2020-05-06 03:38 pm (UTC)Как патентный эксперт могу сказать, что 90% современных заявок в области фармацевтики так или иначе касаются антител. Так что запатентовать что-то антительное - проблем нет. Нужен лишь адекватный поверенный. Причем не имеет значения, куда пихать антитела - лечение, диагностика, все отлично патентуется.
Другое дело, что тесты на антитела, как правило, дороже, и в силу методик дольше делаются, чем ПЦР, где вообще все автоматом. Загрузил эффпендорфики, и вперед.
no subject
Date: 2020-05-06 10:07 pm (UTC)(no subject)
From:no subject
Date: 2020-05-06 04:34 pm (UTC)Вот именно в этом и причина. Потому что пойдет условный Вася Пупкин в больницу, сделает себе тест на антитела, получит результат с подписью врача "антитела имеются" и радостно побежит в любимую пивную.
А потом окажется, что тест был ложно-позитивным, так что в пивной Вася заразился и, поболев 2 недели, умер.
В результате безутешная вдова выкатывает иск к больнице на много миллионов долларов, и суд их ей присуждает. Врача в тюрьму, больницу закрывают. А оно им надо?
no subject
Date: 2020-05-06 05:05 pm (UTC)Вам самому не смешно?
(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:no subject
Date: 2020-05-06 05:19 pm (UTC)У нас в Америках как раз наоборот - все носятся сейчас с тестами на антитела и публикуют "шокирующие репортажи". Tипа, на мясоперерабатывающем заводе в Миссисипи проверили всех на антитела, и оказалось, что каждый второй уже переболел и все бессимтомно! Ура! Фуфло ваш коронавирус! Надо немедленно снять карантин!!!
Хотя в штате Нью-Йорк тестирование дало достаточно вменяемый, на мой взгляд, результат - переболел каждый восьмой. Если учесть false positives и тех, кто уже заболел, но ещё не умер, летальность выйдет процента в полтора плюс-минус лапоть.
no subject
Date: 2020-05-06 10:14 pm (UTC)Пример тому - калифорнийский случай, когда они набрали народ из фейсбука. Там их чуть не растоптали нахрен, хотя блин, исследование совершенно нормальное было, ну и что что они набрали народ из фейсбука, ну и что что там мог быть бОльший процент переболевших, это же не делает их МЕНЕЕ ПЕРЕБОЛЕВШИМИ и ВЫЖИВШИМИ блин.
(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:Пфаффл
Date: 2020-05-06 05:40 pm (UTC)no subject
Date: 2020-05-06 06:15 pm (UTC)Да воз ж именно и предупреждает в том контексте, что по тестам на антитела собираются определять, есть коллективный иммунитет у населения или нет. Так если они часто ложноположительные, это как раз и подрывает в корне всю концепцию смягчения карантинных мер по результатам тестов на антитела, нет?
По-моему, они правы.
no subject
Date: 2020-05-06 06:37 pm (UTC)То, что там ВОЗ предупреждает... Это чтобы опять не дали по жопе и не отобрали финансирование. Удивительно, сколько влияния у этой крайне мутной конторы с частным финансированием. Прям планетарного масштаба.
(no subject)
From:no subject
Date: 2020-05-06 06:33 pm (UTC)Политический детектив просто...
"Bing was on the verge of making very significant findings toward understanding the cellular mechanisms that underlie SARS-CoV-2 infection and the cellular basis of the following complications," his colleagues at the university's Department of Computational and Systems Biology said in a statement.
no subject
Date: 2020-05-06 10:16 pm (UTC)0_о Политический триллер какой-то прям...
no subject
Date: 2020-05-06 08:25 pm (UTC)ПЦР первичен поскольку регистрирует сам вирус (его РНК). А антитела - нечто, на вирусный белок рагирующее.
Чувствительность разная. Количественные возможности разные опять таки. ПЦР даст наличие вируса,а антитела - что вирус был. Либо тот самый, либо очень похожий...
no subject
Date: 2020-05-06 10:17 pm (UTC)(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:no subject
Date: 2020-05-06 08:45 pm (UTC)И если посмотреть, скажем, типичную картину течения скажем гепатита B, то мы увидим, что хоть какие-то антитела появляются в определяемом количестве где-то через месяц после HBsAg / HBeAg.
Т.е. тест на антитела несколько проигрывает по информативности.
no subject
Date: 2020-05-06 10:20 pm (UTC)Плюс, ПЦР-тесты на разные вирусы, как вы правильно заметили, будут иметь достоинства и недостатки в зависимости от конкретной инфекции. И реальную информативность ПЦР относительно конкретно коронавируса вообще никто не проверял - просто заявили что "это ТОТ САМЫЙ ТЕСТ КОТОРЫЙ НАМ НУЖЕН", и никто это не подверг сомнению.
(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:no subject
Date: 2020-05-06 11:16 pm (UTC)Может что-то из них просто дешевле, как дешевле и не тестировать большинство?
no subject
Date: 2020-05-07 04:08 am (UTC)Про тесты на грипп
https://www.cdc.gov/flu/professionals/diagnosis/overview-testing-methods.htm
Хотя я понимаю что лучше мне переписать своими словами, но не щас, щас у меня зум-митинг с лабой будет.
The PCR test for Corona is as good as…
Date: 2020-05-06 11:39 pm (UTC)The Corona Simulation Machine: Why the Inventor of The "Corona Test" Would Have Warned Us Not To Use It To Detect A Virus
by Celia Farber
https://uncoverdc.com/2020/04/07/was-the-covid-19-test-meant-to-detect-a-virus/
no subject
Date: 2020-05-07 06:14 am (UTC)Т.е. сама идея ПЦР логичная, прямая и правильна - а давайте мы будем искать специфичные куски вирусной ДНК.
Основной головняк - откуда и как брать материал. Эта зараза может изначально закрепиться и в носоглотке, и лёгких, и в кишках, прежде чем разползтись по организму через кровоток. Анализ нынче берут только из первой, от этого и вылазят ложноотрицательные диагнозы. По идее логика понятна - если он в лёгких, то по идее и в носоглотке должен быстро появиться, а если попал с едой в кишки, то это не так уж и заразно для окружающих - сомневаюсь, что вирус вылетает с пердежом :). Возможно не всё так просто и в носоглотке он зацепляется менее охотно, чем в лёгких.
Плюс где-то я уже читал, что если мазок взять неправильно, то на анализ пойдут сопли пациента, а не соскоб нужных клеток и материала будет мало. Потому так много неуверенных диагнозов.
Биопсию лёгких брать у каждого кашляющего - нууу такое, это больно и скорее всего несёт риски. В итоге у нас минздрав в последних рекомендациях в качестве надёжной проверки рекомендует КТ, или если рентгенолог очень умный и нет КТ в доступе, то может хватить и обычного ретнгентовского снимка. Но КТ по рекомендациями положен только тем, кто 100% контактный с уже больными и тоже имеет симптомы - а это уже дофига поздно, чтоб остановить распространение инфекции. Тест на антитела тоже не очень хорош с точки зрения остановки распространения - антитела появляются уже тогда, когда больной всех уже давно позаражал.
В общем я понимаю почему эпидемиологи в воз молятся на ПЦР - других способов ранней диагностики, которые помогают понизить репродуктивное число больно-то и нет. А вот то, что из-за проблем с данными по вирусу (все считают как попало) нельзя принять решения - забить на карантин или нет, это уже серьёзная проблема. Решение политическое - и срач вокруг соответственно тоже люто политизируется. При этом оба решения будут плохими - в одном случае мы ставим колом экономику, а в другом ставим раком врачей.
no subject
Date: 2020-05-07 08:23 am (UTC)no subject
Date: 2020-05-07 07:32 am (UTC)no subject
Date: 2020-05-07 08:38 am (UTC)У японцев отличный результат, эпидемии по сути нет, цифра как была в районе 10 тыщ, так и висит там уже третью неделю. Результат - больницы справляются, паники нет. У японцев вообще походу стратегия - избегать паники и не делать резких движений. По сути дела это самое правильное - избегать паники, она вообще никогда не помогает.
(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:no subject
Date: 2020-05-07 07:38 am (UTC)вам нужен хоть какой-то опыт в медицине.
Вся официальная диагностика тяжеловесна и негибка. Идет на аналогии и традициях. Протокол диагностики вич знаете? Дети от вич+ по 18-24 месяцев жили без диагноза, не имели статуса усыновления, содержались в полузакрытых условиях , потому что мы диагностируем вич антителами и хоть кол на голове чеши. своем недавно разрешили использовать пцр.
Но с вичом понятно. инфекция медленная.
А тут помереть можно раньше полноценного запуска гуморального иммунного ответа.
Поэтому грипп никто не диагностирует антителами, как и большинство респираторных инфекций.
Это все равно что сказать, что измерить скорость течения воды надо не по скорости течения воды , а по флагу на верхушке катера, который по реке плывет. Тоже работает. При некоторых условиях. Иногда лучший способ. Если издалека и . Но зачем же всегда?
no subject
Date: 2020-05-07 08:31 am (UTC)Точно так же неизвестно, достаточно ли собрать с носоглотки мазок, чтоб в нем что-то найти (достаточно ли вирусного материала). Если достаточно, то КОГДА надо этот мазок собирать, а когда уже поздно (или может у кого-то вообще на носоглотке никогда достаточно вируса не будет). Ни то, ни то никто реально не проверял. Нету данных для сравнения. Может оказаться и так, что без разницы чем тестить, потому что вирус вообще хреново будет определяться хоть тем тестом, хоть тем.
Нету логичных аргументов критиковать избирательно тесты на антитела, НЕ-ТУ. Данных за это НЕТ.
no subject
Date: 2020-05-07 10:21 am (UTC)Далее, можно проверять тесты по результатам вскрытия. Если на образцах из лёгких ПЦР-тест положителен, а в горле отрицателен, значит данный по случай по горлу не определяется. Можно изучать процент таких случаев.
Странно, если это не делается. С этого должна начинаться научная работа.
no subject
Date: 2020-05-07 11:51 am (UTC)Помимо этого, могут быть и ложноотрицательные результаты - это когда хреново приклеивается. Это более частая проблема. Ее тоже выявить не очень-то просто: в чистеньком растворе, когда разрабатывается тест, всё клеится на ура, а помести ты это в грязный раствор, где плавает дохрена фрагментов человеческой ДНК и всяких там еще бактерий, которых понасобирали с носоглотки, там всё может начать клеиться очень хреново.
Насчет идеи того, что надо бы делать вскрытия и проверять - согласна. И да, вообще надо как можно больше информации собирать, а не хватать первый попавшийся тест и заявлять, что он "золотой стандарт", ни на чем не основываясь.
no subject
Date: 2020-05-07 10:27 am (UTC)Уже не так. Москва тестирутся голландскими тестами на антитела. Цитирую
Голландский экспресс-тест позволяет получить результат в течение 15 минут. По уточнению депздрава, это самый быстрый способ проверки на коронавирус из существующих. Кроме того, это единственный быстрый тест для обнаружения иммунного ответа организма на инфицирование коронавирусом, зарегистрированный в России.
Тест-система показывает наличие в крови человека не самого коронавируса, а иммуноглобулинов: белков, которые иммунная система вырабатывает как ответ на инфекцию. Их присутствие в зависимости от типа (IgG и IgM) позволяет установить, переболел ли человек коронавирусной инфекцией и выработал иммунитет, а также помогает провести диагностику на позних стадиях инфицирования (более чем три дня с момента инфицирования), когда методы ПЦР могут быть неэффективны. «
Особенно важно это для пациентов стационаров, которые как правило уже не первый день болеют, и ПЦР может показать для них ложноотрицательный результат», — говорится в пояснениях депздрава.
Чем дальше, тем страннее
Date: 2020-05-07 09:39 pm (UTC)Мйонг О (Oh Myoung), инфекционист из Сеульского национального университета, сообщил Korea Herald, что, по всей видимости, положительные тесты на коронавиурс у выздоровевших людей были связан с тем, что метод ПЦР обнаруживал частицы мертвых вирусов, которые все еще выделяли пациенты.
По словам О, эпителий дыхательных путей живет несколько месяцев (половина его клеток сменяется за три месяца). Поэтому РНК вируса, сохранившаяся в этих эпителиальных клетках, может выделяться и неожиданно обнаруживаться в мазках из носоглотки уже здоровых людей.
no subject
Date: 2020-05-07 10:29 pm (UTC)Recovered patients who tested positive for COVID-19 likely not reinfected
By Yasemin Saplakoglu - Staff Writer 7 days ago
COMMENT FROM THE FORUMS
sb5k 02 May 2020 15:33
"Culturing" the virus would have to be done in host cells, not just a plain lab dish. The dish would have to contain cells the virus could infect. Unlike bacteria, viruses are not "alive" in the sense of having a metabolism. They are only genetic material (DNA or RNA) and a protein shell used to bind to a host cell and inject the genetic material.
They use the host cell's metabolism to create copies.
This is why antiviral drugs are so difficult - they cannot have much of an effect on the host cells, and the binding sites already have their uses.
Ну, то есть здорово получается. Мертвые в вирусном смысле фрагменты вируса могут попасть в пробирку 3 месяца спустя и дать позитивный результат методом полимеразно-цепной реакции.
no subject
Date: 2020-05-08 01:27 am (UTC)(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From:(no subject)
From: