(no subject)

[aridmoors]

Хотите мы с вами "разработаем тест на коронавирус" прям щас?



На самом деле те, кто занимается исследованиями коронавируса, понимают, что все немного сложнее, но я тут опишу базовую последовательность, шоб так сказать дать пример.

Дак вот. Во-первых, сразу скажу, что меня корежит от словосочетаний "разработали тест" или "закупили столько-то тестов", потому что это жутчайшее искажение реальности. В мире, полном ДНК-последовательностей, накосячить последовательность и прогнать ее - это не может обзываться гигантским словосочетанием "РАЗРАБОТАЛИ ТЕСТ" или "ПРОДАЛИ ТЕСТ". Продали ЧТО? Последовательность ДНК? Она в открытом, лять, доступе в интернете лежит.

И потому что вообще-то подгонкой праймеров и тестированием их занимается чуть ли не каждая вторая био-лаба в мире. Это стандартная процедура, в которой нет никаких тайн.

Итак, "разработаем тест".

Для этой самой, прости господи, разработки нам нужна последовательность вируса. Она лежит в интернете в открытом доступе гигантскими количествами.

Например, взять статью:
https://mra.asm.org/content/9/11/e00169-20

Из нее уже дофига линков ведут на конкретные последовательности. Берем любую, например самую первую, Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate 2019-nCoV WHU01, complete genome
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN988668)
Можете прям идти по линкам, они все рабочие.





Как вы могли заметить, справа вверху там есть список, в котором есть "pick primers". Жмем туда.
Вылетит следющий скрин:





В этом скрине вы видите, что у нас уже высталвена последовательность (Enter accession, gi, or FASTA sequence (A refseq record is preferred): MN988668.1), нам надо только выставить параметры.

Выставляем стандартные (убираем из поля "organism" номер, который там, и нажимаем кнопочку внизу Get Primers). Получаем результат (иногда надо подождать, если сервер у них перегружен):



Итого: вам нагенерилось дофига праймеров (последовательностей TGAGCCAGTGCTCAAAGGAG).

Всё.
Вы типа "разработали тест". Урааааа, сколько работы!!!!

Дальше надо попробовать пронать эти праймеры на конкретном вирусе (а вот разрешение на работу с ним, или его образцами, может быть ДАЛЕКО НЕ В КАЖДОЙ лабе) - но когда вы прогоните, можете смело заявлять, "я разработал тест!"

Хотя по сути вы три минуты посидели в интернете, ога.

Нет, я серьезно, процедура "разработки теста" вот именно примерно так и выглядит. Понятно что надо потом проверить, насколько хороши праймеры, однако судя по современной ситуации, они все где-то вот так и делались. То есть "посидел 3 минуты в интернете".

Так. Дисклеймер. Это я не для дискредитации труда биологов говорю, я сама биолог. Я для того, чтобы вы понимали, что такое "разработка теста", и почему не надо смотреть на словосочетание "разработали тест" восторженными глазами. Не надо. Потому что нифига там не надо "разрабатывать". Там 3 минуты посидеть в интернете, а потом надо ручками-ручками, проверять-проверять-проверять". Чего делалось или не делалось - неизвестно в каждом конкретном случае.

Comments

[p2004r.livejournal.com]

Ну вот например заказать на хеликобактер пилари праймер, что бы в микробиоме случайных 200 человек в популяции поискать, сколько обойдется? Или это вообще не проханже?

PS

Пусть сам пцр аппарат будет из говна и палок самодельным. И это не рокетсайенс в виде "Секвенирование ДНК в домашних условиях: как на коленке собрать прибор за 10 миллионов", пусть будет простой амплифер в стиле "Arduino PCR (thermal Cycler) for Under $85"

[russian-o.livejournal.com]

Праймер(ы) обойдуться долларов в 20-30, реагенты для ПЦР дороже, но их хватает надолго. Или можно купить набор - реакций меньше, но общая цена ниже. Скажем, баксов в 300 можно уложиться. Потом, для электрофореза почти все можно сделать на коленке, рактивы кое-какие нужны, однако. Ну еще сотни две. Обязательно нужна хоть простенькая центрифуга, пластик всякий, автоматические пипетки (можно купить б.у. недорого). Трансиллюминатор можно самому смастерить какой-никакой. Короче, в тысячу - полторы наврное можно уложиться.

[p2004r.livejournal.com]

Спасибо!

[snyders.livejournal.com]

Вижу, что в Европе народ предпочитает покупать киты, вероятно потому, что они откалиброваны, плюс наверно ватные палочки должны быть определенной длинны и не ломаться в носу. Т.е. тест на коленке собрать можно, но если надо делать тысячи тестов, нужны стандартные киты. Соответственно, если киты нужны всем, в количестве миллионов штук, то производители не справляются и даже такие страны как Швейцария сильно ограничивают критерии тестирования. Правильно?

Или, скажем, не весь процесс автоматизирован и слишком много ручной работы? Или патенты фирмы Роше? Где bottleneck?

[nicolas83.livejournal.com]

Аукционы лаб.оборудования. Можно за 5-10% от обычной цены купить.

https://www.labx.com/product/bio-rad-mycycler