(no subject)
Mar. 28th, 2020 08:51 am![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
aridmoorsХотите мы с вами "разработаем тест на коронавирус" прям щас?
На самом деле те, кто занимается исследованиями коронавируса, понимают, что все немного сложнее, но я тут опишу базовую последовательность, шоб так сказать дать пример.
Дак вот. Во-первых, сразу скажу, что меня корежит от словосочетаний "разработали тест" или "закупили столько-то тестов", потому что это жутчайшее искажение реальности. В мире, полном ДНК-последовательностей, накосячить последовательность и прогнать ее - это не может обзываться гигантским словосочетанием "РАЗРАБОТАЛИ ТЕСТ" или "ПРОДАЛИ ТЕСТ". Продали ЧТО? Последовательность ДНК? Она в открытом, лять, доступе в интернете лежит.
И потому что вообще-то подгонкой праймеров и тестированием их занимается чуть ли не каждая вторая био-лаба в мире. Это стандартная процедура, в которой нет никаких тайн.
Итак, "разработаем тест".
Для этой самой, прости господи, разработки нам нужна последовательность вируса. Она лежит в интернете в открытом доступе гигантскими количествами.
Например, взять статью:
https://mra.asm.org/content/9/11/e00169-20
Из нее уже дофига линков ведут на конкретные последовательности. Берем любую, например самую первую, Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate 2019-nCoV WHU01, complete genome
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN988668)
Можете прям идти по линкам, они все рабочие.
Как вы могли заметить, справа вверху там есть список, в котором есть "pick primers". Жмем туда.
Вылетит следющий скрин:
В этом скрине вы видите, что у нас уже высталвена последовательность (Enter accession, gi, or FASTA sequence (A refseq record is preferred): MN988668.1), нам надо только выставить параметры.
Выставляем стандартные (убираем из поля "organism" номер, который там, и нажимаем кнопочку внизу Get Primers). Получаем результат (иногда надо подождать, если сервер у них перегружен):
Итого: вам нагенерилось дофига праймеров (последовательностей TGAGCCAGTGCTCAAAGGAG).
Всё.
Вы типа "разработали тест". Урааааа, сколько работы!!!!
Дальше надо попробовать пронать эти праймеры на конкретном вирусе (а вот разрешение на работу с ним, или его образцами, может быть ДАЛЕКО НЕ В КАЖДОЙ лабе) - но когда вы прогоните, можете смело заявлять, "я разработал тест!"
Хотя по сути вы три минуты посидели в интернете, ога.
Нет, я серьезно, процедура "разработки теста" вот именно примерно так и выглядит. Понятно что надо потом проверить, насколько хороши праймеры, однако судя по современной ситуации, они все где-то вот так и делались. То есть "посидел 3 минуты в интернете".
Так. Дисклеймер. Это я не для дискредитации труда биологов говорю, я сама биолог. Я для того, чтобы вы понимали, что такое "разработка теста", и почему не надо смотреть на словосочетание "разработали тест" восторженными глазами. Не надо. Потому что нифига там не надо "разрабатывать". Там 3 минуты посидеть в интернете, а потом надо ручками-ручками, проверять-проверять-проверять". Чего делалось или не делалось - неизвестно в каждом конкретном случае.
На самом деле те, кто занимается исследованиями коронавируса, понимают, что все немного сложнее, но я тут опишу базовую последовательность, шоб так сказать дать пример.
Дак вот. Во-первых, сразу скажу, что меня корежит от словосочетаний "разработали тест" или "закупили столько-то тестов", потому что это жутчайшее искажение реальности. В мире, полном ДНК-последовательностей, накосячить последовательность и прогнать ее - это не может обзываться гигантским словосочетанием "РАЗРАБОТАЛИ ТЕСТ" или "ПРОДАЛИ ТЕСТ". Продали ЧТО? Последовательность ДНК? Она в открытом, лять, доступе в интернете лежит.
И потому что вообще-то подгонкой праймеров и тестированием их занимается чуть ли не каждая вторая био-лаба в мире. Это стандартная процедура, в которой нет никаких тайн.
Итак, "разработаем тест".
Для этой самой, прости господи, разработки нам нужна последовательность вируса. Она лежит в интернете в открытом доступе гигантскими количествами.
Например, взять статью:
https://mra.asm.org/content/9/11/e00169-20
Из нее уже дофига линков ведут на конкретные последовательности. Берем любую, например самую первую, Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate 2019-nCoV WHU01, complete genome
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN988668)
Можете прям идти по линкам, они все рабочие.
Как вы могли заметить, справа вверху там есть список, в котором есть "pick primers". Жмем туда.
Вылетит следющий скрин:
В этом скрине вы видите, что у нас уже высталвена последовательность (Enter accession, gi, or FASTA sequence (A refseq record is preferred): MN988668.1), нам надо только выставить параметры.
Выставляем стандартные (убираем из поля "organism" номер, который там, и нажимаем кнопочку внизу Get Primers). Получаем результат (иногда надо подождать, если сервер у них перегружен):
Итого: вам нагенерилось дофига праймеров (последовательностей TGAGCCAGTGCTCAAAGGAG).
Всё.
Вы типа "разработали тест". Урааааа, сколько работы!!!!
Дальше надо попробовать пронать эти праймеры на конкретном вирусе (а вот разрешение на работу с ним, или его образцами, может быть ДАЛЕКО НЕ В КАЖДОЙ лабе) - но когда вы прогоните, можете смело заявлять, "я разработал тест!"
Хотя по сути вы три минуты посидели в интернете, ога.
Нет, я серьезно, процедура "разработки теста" вот именно примерно так и выглядит. Понятно что надо потом проверить, насколько хороши праймеры, однако судя по современной ситуации, они все где-то вот так и делались. То есть "посидел 3 минуты в интернете".
Так. Дисклеймер. Это я не для дискредитации труда биологов говорю, я сама биолог. Я для того, чтобы вы понимали, что такое "разработка теста", и почему не надо смотреть на словосочетание "разработали тест" восторженными глазами. Не надо. Потому что нифига там не надо "разрабатывать". Там 3 минуты посидеть в интернете, а потом надо ручками-ручками, проверять-проверять-проверять". Чего делалось или не делалось - неизвестно в каждом конкретном случае.
