aridmoors: (Default)
[personal profile] aridmoors
Люблю ultraohr за вот этот коммент))))!!!!

---
Складывается впечатление, что для заметной части (оценка снизу) биологов понятие "стандартизация измерений" это нечто из параллельной Вселенной. Как и вся метрология в целом.
К примеру, вот эта заметка поразила в самую пятку. Процитирую основной изюм:
"Research exploring the interplay between the microbiome and health has yielded intriguing insights, but also discovered unsettling variability in the data obtained by different laboratories. A comparison [...] concluded that differences in the DNA extraction protocols led to significant changes in the observed ratios of Firmicutes and Bacteroidetes [...]
There seems (sic!) to be a systematic problem. “Relatively minor alterations in the DNA extraction procedure or in the bioinformatics analysis can give a distorted view...”
Похоже, пчёлы начали что-то подозревать.
---
))))))))
Абсолютно!!!! Вот в точку!!!

Я с этим бьюсь... ну... не знаю, не так долго, но несколько месяцев точно)))
Пчелы пока АБСОЛЮТНО ничего не подозревают в целом, и кажется им вообще неизвестно, что существует такая вещь как Теория Измерений))) И что до них пару столетий целые научные сообщества уже решали (успешно) и решают (успешно) проблемы сверх-точных измерений:) Биологи тут такие из песочницы вылезли:
- А? Чо? Распределения? Непараметрические? Не, не слышали.

У меня просто статья как раз про это. Про измерения сигнала, создаваемого при реакции ПЦР. Комменты ревьюеров меня просто, ну, убили.

"Авторы не смогли доказать, что на наблюдаемая ими эффективность ПЦР больше похожа [sic!] на истинную эффективность реакции, чем эффективность, определяемая другими методами"

Больше похожа, ё-моё, на ИСТИННУЮ эффективность!!!!
Перевожу на русский язык:

Тут авторы не смогли показать, что замеряемый ими 1 сепульколитр более похож на истинный сепульколитр нежели тот, который замеряется другими методами

*надо ли говорить, что стандарта сепульколитра не существует в природе?

Я пытаюсь как дура объяснить, что понимааааете, существует такая вещь как точнось измерений относительно случайных выбросов (которая корректируется статистическими методами) и точность измерений относительно какого-либо выбранного стандарта (коих стандартов в биологии, строго говоря, не существует), но мне пишут:

Хотя авторы и выполнили запрашиваемый эксперимент с 10-ю ступнчатыми разведениями, они почему-то фокусируются на нахождении пропорций разведений, а не нахождении истинной эффективности...

Подай им ИСТИННЫЙ сепульколитр! Истинную эффективность!
Интересно, насколько ИСТЕНЕН тот 1 метр в Париже в Палате Мер и Весов? Может он не ИСТИННЫЙ? А вдруг?! Где доказательства? Его попы освящали?! Нет!!!! Значит не ИСТИННЫЙ!!!!

Вот если ракету освятить с кадилами, то тогда настанет ИСТИННЫЙ запуск ее в космос. Точно вам говорю.

Date: 2019-03-17 11:16 am (UTC)
From: [identity profile] egatiro.livejournal.com
А калибровку приборов то у вас в биолабах проводят? Даже рефрактометры в оптиках раз в год нужно подвергать настройке по требованиям метрологии...

Date: 2019-03-17 11:46 am (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
Ну каких-то проводят. Но так. Время от времени. Это никому не надо. Максимум пипетки калибруют, а остальное так... Вяло.

Date: 2019-03-17 11:50 am (UTC)
From: [identity profile] egatiro.livejournal.com
тогда все плохо, можно лишь надеятся на надежность измер. оборудования, хотя как говорил Гераклит "все изменяется"...

Date: 2019-03-18 12:05 am (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
Ну в биологии пока что большинство данных не квантифицируемы и не рассматриваются как количественные. А как качественные, типа есть-нет. Так что пока что это не настолько проблема. Проблема начнется когда (как я уже написала) все эти квантификационные хреновины (как ПЦР, РНК-сек) станут мейнстримом. Вот тут пчёлы начнут что-то подозревать)))

Date: 2019-03-17 11:38 am (UTC)
From: [identity profile] vadperez.livejournal.com
а Вы зачем столь упорно бьетесь головой об стену, подавая статью в биологические журналы?
объясните метод и подавайте в математический

Date: 2019-03-17 11:41 am (UTC)
From: (Anonymous)
Ну это типо BMC Bioinformatics

Вроде там типа должны были знать какую-то математику. Откуда ж я знала, у них на лбу не написано что они математики не знают (((

Date: 2019-03-17 08:21 pm (UTC)
From: (Anonymous)
Людей с бирочкой "биоинформатики" стали выпускать сравнительно недавно. И в режиме потемкинской деревни, так что да, они не знают ни биологии, ни математики, ни CS.

И вообще - специальность бредовая. Проще взять в лабораторию профессионального математика средней руки и повесить на него около-математические задачи [корректируя по пути его непонимание биологии и снабжая биологическими вводными], чем скрещивать ежа с ужом.

А у исходной темы две проблемы:

1. да, биологи варварски используют математику, проводят измерения и все такое;

2. изменить эту ситуацию могут только "генералы", но не пост-доки.

Так что увы, вы боретесь с ветряными мельницами. Попутно наживая себе недоброжелателей.

Date: 2019-03-17 10:19 pm (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
Мне терять нечего))

И да, насчет биоинформатиков я с вами полностью согласна.
Edited Date: 2019-03-18 12:07 am (UTC)

Date: 2019-03-18 10:57 am (UTC)
From: (Anonymous)
Если согласны, тогда непонятно "откуда же я знала, что они не знают математики, у них же на лбу не написано"?

Так таки именно что на лбу и написано :)

Впрочем вы, скорее всего, тоже математики не знаете, если ваше первое образование не математика. И в этом нет ничего необычного или криминального, скорее удивительным было бы обратное.

Это я к тому, что ситуацию перевернуть сложно, так как мало быть генералом в своей области, надо еще, каким-то чудом, разбираться в математике на довольно высоком для своей области уровне. Иначе "переворот" может случиться не в ту сторону, куда надо.

Date: 2019-03-19 01:13 am (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
Да, я тоже математики не знаю, но я хотя бы учу!!! Хотя бы учебник открываю и прочитываю, прежде чем чо-то писать... а у биоинформатиков там... да. Все печально в этом смысле. Они, мне кажется, даже википедию не открывают, так статьи пишут, сразу.

Date: 2019-03-19 06:21 pm (UTC)
From: (Anonymous)
Фуфло под видом науки - печальная современная реальность. Но людей, которые честно наукой занимаются, тоже не мало.

Date: 2019-03-17 11:44 am (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
Это я не залогиеилась

Date: 2019-03-17 12:10 pm (UTC)
From: [identity profile] vadperez.livejournal.com
по-русски, то что Вы хотите сделать называется "прийти и порушить бизнес". делать это или нет - Ваше право и решение. можете посмотреть откуда вообще растут корни у этого метода. иногда это бывает маленькая статья с конфликтом интересов (там рисеч отдел компании написал) и опубликовали хоть где, где в математику не вникают.
хай контент скрининг, например - такая метода, которая была предложена компанией.

Date: 2019-03-17 10:20 pm (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
Да, в чем-то оно так.

А что за хай контент скрининг??

Date: 2019-03-19 01:45 am (UTC)
From: [identity profile] vadperez.livejournal.com
https://en.wikipedia.org/wiki/High-content_screening

Date: 2019-03-19 01:55 am (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
А, я думала в журнале какой-то скрининг.

Date: 2019-03-18 12:01 am (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
У меня вариантов нет, мне надо опубликоваться потому что это условие универа))

Бизнес я вряд ли кому-то порушу, у меня звания не те))

Я смотрела, откуда растут корни у куписиар-аппаратов. Ну да, как бы, бизнес. Это в Нейчер прикольно писали - блин, я не сохраняю эти статьи, а жаль, надо - про то, что финансирование науки выросло после войны в 2 раза за какой-то период, и они как ломанулись (с) все в науку... и в том числе и бизнес, в смысле ну все эти Рош, Инвитроген и иже с ними. Им тоже выгодно вс эти вещи предоставлять. Ну и в куписиаре есть Самый Главынй Чувак, и у него там патент вместе с кем-то, я уж не помню с кем, на весь метод. Он, естественно, в своих статьях в графе "конфликт интересов" этого не пишет, но я уже прям вот совсем разобралась в этом поле, там народу-то мало ходит. Пфаффл его фамилия. Он как застолбил себе эту территорию лет 20 назад, так он там теперь авторитетный авторитет, вор в законе))

Ну как бы да. Я не хочу эту тему дальше копать именно поэтому. Потому что метод сам по себе не подлежит улучшению на самом деле - если датчик писиар-машинки у нас не ловит ниже какого-то порога, улучшать цифры бессмысленно. Я это хорошо понимаю. Никакой, НИКАКОЙ статистический метод не может улучшить accuracy, это я хорошо из учебниов по статистике усвоила. Если у тебя датчик не ловит, ты хоть заулучшайся, хоть запишись этими алгоритмами - ты не получишь реального улучшения результата. Тут надо датчик улучшать. Сам датчик. А это физики должны делать, а не биологи. Это исторически тоже так: как только физики изобретут получше микроскоп, так наваливается толпа биологов делать кучу экспериментов с новой техникой. А суть прогресса-то ведь реально в технике лежит.

Ну это так, философия.
(deleted comment)

Date: 2019-03-17 11:51 am (UTC)
From: [identity profile] egatiro.livejournal.com
он меняет значение от температуры и давления... поэтому перевели уже в более приемлемое значение.
From: [identity profile] freedom_of_sea.livejournal.com
Метр — длина пути, проходимого светом в вакууме за интервал времени 1/299 792 458 секунды.

с 1983 года так

Date: 2019-03-17 01:12 pm (UTC)
From: [identity profile] egatiro.livejournal.com
постранство то расширяется и длина пути тоже растет с ним.

О метрологии

Date: 2019-03-17 02:41 pm (UTC)
From: [identity profile] vida-louca.livejournal.com
Уели всех! ;-)
Метрический масштаб окружающего нас пространства может (и даже должен) определять,например, боровский радиус. Надо маленько подождать, пока его значение станет больше. :-)
Ну, или постоянная Планка (как у А.Липовки),или масса электрона, или скорость света, или постоянная тонкой структуры станут другими. :-)

Date: 2019-03-17 02:49 pm (UTC)
From: [identity profile] egatiro.livejournal.com
Пока пространство определяется как отношение между положением чувственно воспринимаемых вещей, оно не даст неизменного эталона своей меры.

Date: 2019-03-17 02:58 pm (UTC)
From: [identity profile] vida-louca.livejournal.com
Ну, да.
А я говорю о фундаментальных "константах", которые Вы не можете чувственно воспринять.

Date: 2019-03-17 03:05 pm (UTC)
From: [identity profile] egatiro.livejournal.com
Но ведь тогда возникает проблема их трансляции из мира ноуменов в мир феноменов. Это древняя проблема, которую вскрыл Аристотель и Парменид, критикуя теорию идей.

Date: 2019-03-17 03:16 pm (UTC)
From: [identity profile] vida-louca.livejournal.com
Как говорят: "Не решим, так хоть согреемся!" :-)

Date: 2019-03-17 12:33 pm (UTC)
From: [identity profile] vvz.livejournal.com
Я пытаюсь донести до своих коллег, что результаты контрольных экспериментов в первой тарелке должны быть такие же как в четвёртой. Они радостно соглашаются, но продолжают делать как раньше с сумасшедшими вариациями. А потом отсылают образцы в масс-спектроскопическую лабораторию, которая возвращает результаты с огромной вариацией данных, полученных двумя замерами из одного образца.
Ошибка измерений? Контроль качества? Что за чуждые концепции?

Date: 2019-03-17 10:22 pm (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
Вот это вот самый большой ужас. Самое главное, что потом это тщательно скрывается, берется какой-то один наиболее понравившийся результат, всё остальное выбрасывается, и выкладываются "данные РНК-сека". А потом все тщательно закрывают глазки и ни в коем случае не делают мета-исследования, чтобы не дай бог никого не задеть или самим не налететь на невоспроизводимость.

Date: 2019-03-17 01:06 pm (UTC)
From: [identity profile] freedom_of_sea.livejournal.com
в биологию люди приходят из зоологии или медицины.
Для них шоком становится, что тут нужно уметь в математику

Date: 2019-03-17 02:51 pm (UTC)
From: [identity profile] egatiro.livejournal.com
Я как то пытал девочек медиков, которые рекламировали контактные линзы Бауш плюс Ломб, про полиномы Цернике, о которых они вещали на презентации. Ответы были печально душераздирающие

Date: 2019-03-17 11:49 pm (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
Бедные девочки))
Они-то наверно там вообще ни при чем, их поставили рекламировать, они и рекламируют, у них работа такая))

Date: 2019-03-17 11:51 pm (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
Ну... э... я пришла в биологию из биологии, в смысле не из зоологии и не из медицины. Т.е. есть же там, биологический факультет чтобы напрямую в ад

Но да, исторически биология пока что вообще ни разу не точная наука.

Date: 2019-03-18 10:31 am (UTC)
From: [identity profile] russian-o.livejournal.com
Когда-то в Новосибирский универ на биологию вступительные были математика, физика и сочинение. Биологию было можно на собеседовании, если полу-проходной балл. Первая лекция была физ-химия с уравнением Шредингера. Первые два курса - матан, алгебра и физика были почти в объеме физфака. Органическая химия по балльной системе. На биологию времени почти не оставалось и ее воспринимали как необязательный расслабон :-).

Date: 2019-03-17 02:48 pm (UTC)
From: [identity profile] 5cr34m.livejournal.com
излишне эмоционально и без фактического материала.

Date: 2019-03-17 10:25 pm (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
Вам зачем фактический материал? Вы ж все равно в нем не поймёте нифига, он очень специализированный.

Эмоциональность моих постов - это не баг, это фича(с) ))
Edited Date: 2019-03-18 12:08 am (UTC)

Date: 2019-03-17 03:43 pm (UTC)
From: [identity profile] scholarpunk.livejournal.com
СТАТЬЮ РАЗГРОМНУЮ ПИШИИТЕ, сколько раз можно повторять!..

Date: 2019-03-17 10:24 pm (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
Не пропустят.
У меня и простую-то не пропускают вон уже полгода. Где я осторожненько никого не громлю.

Date: 2019-03-18 04:04 am (UTC)
From: [identity profile] scholarpunk.livejournal.com
Потому и не пропускают, что "острожненько"!..

А про "рецензентов", которые проявляют чудеса тупости и слабоумия, тоже упоминать надо. В дискурсе "Рецензент Вася по скудоумию зарубил гениальную статью. Не будь как Вася!"

Пропустят. не в нейчур, так в сайнсе!..

Date: 2019-03-17 08:37 pm (UTC)
From: [identity profile] rbs-vader.livejournal.com
Всё-таки Вы настоящий, хардкорный учёный. Примите мои заверения в совершеннейшем уважении и всё такое. :3

Date: 2019-03-17 10:24 pm (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
Спасибо.

Date: 2019-03-17 11:29 pm (UTC)
From: [identity profile] miss-linguini.livejournal.com
Вам надо в журнал, направленный на сами методы, какой-нибудь breafings in functional genomics, можно и в биоархив выложить.

Date: 2019-03-17 11:40 pm (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
Мне раньше в постах предлагали более математические журналы, если сейчас тут не пройдет, попробую туда. На биархиве давно лежит, просто в биологиеском мире необходимы публикации в журналах, а не на архиве.

Date: 2019-03-18 07:52 am (UTC)

Date: 2019-03-18 08:25 am (UTC)
From: [identity profile] gateya.livejournal.com
Хочешь прикол? Уже когда я в школе училась, стандартом метра был не тот метр в палате мер и весов, а "Метр — длина пути, проходимого светом в вакууме за интервал времени 1/299 792 458 секунды."
А сейчас и килограмм переопределили (вот буквально в прошлом году) - https://en.wikipedia.org/wiki/2019_redefinition_of_SI_base_units

Date: 2019-03-19 01:21 am (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
Почему - прикол? Я об этом и говорю: стандарт назначается людьми, и "истинным" быть не может.

Date: 2019-03-18 01:28 pm (UTC)
From: (Anonymous)
Но ведь истинный — стандартный метрологический термин, нет? true quantity value, true value of a quantity, true value, — значение величины, которое соответствует определению измеряемой величины. Только в стандарте сразу идёт примечание, что «существуют подходы оценивания точности измерений, которые избегают понятия истинного значения величины и опираются на понятие метрологической совместимости результатов измерения».

Date: 2019-03-19 01:28 am (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
В теории измерений по умолчанию предполагается, что любой акт измерения представляет собой создание некоего числа, отражающего "истинную" величину, но никогда не будет самой этой величиной.

Фейсбук зовёт вас...

Date: 2019-03-25 06:48 pm (UTC)
From: [identity profile] two-comments.livejournal.com
Ну что, разобрались с настойками фейсбук? Когжда там ждать ваших "разгромных" постов". Степень расшаривания в фб в 10000 раз круче, чем в ЖЖ.

Re: Фейсбук зовёт вас...

Date: 2019-03-26 02:08 am (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
Спасибо большое, я не разбиралась с натройками пока, поскольку занята переездом на новое место в связи со сменой работы. Вы правы, конечно, и когда я завершу переезд, то вернусь к этому вопросу (буду благодарна за помощь с настройками)

Date: 2019-03-27 06:53 pm (UTC)
From: (Anonymous)
Это что, для биологов пока что вот какие откровения на повестке:
Scientists rise up against statistical significance.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30894741/ (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30894741/)

Profile

aridmoors: (Default)
aridmoors

January 2026

S M T W T F S
    123
45678910
11121314151617
18192021222324
25262728293031

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jan. 20th, 2026 10:37 am
Powered by Dreamwidth Studios