(no subject)
Mar. 17th, 2019 07:18 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
aridmoorsЛюблю ultraohr за вот этот коммент))))!!!!
---
Складывается впечатление, что для заметной части (оценка снизу) биологов понятие "стандартизация измерений" это нечто из параллельной Вселенной. Как и вся метрология в целом.
К примеру, вот эта заметка поразила в самую пятку. Процитирую основной изюм:
"Research exploring the interplay between the microbiome and health has yielded intriguing insights, but also discovered unsettling variability in the data obtained by different laboratories. A comparison [...] concluded that differences in the DNA extraction protocols led to significant changes in the observed ratios of Firmicutes and Bacteroidetes [...]
There seems (sic!) to be a systematic problem. “Relatively minor alterations in the DNA extraction procedure or in the bioinformatics analysis can give a distorted view...”
Похоже, пчёлы начали что-то подозревать.
---
))))))))
Абсолютно!!!! Вот в точку!!!
Я с этим бьюсь... ну... не знаю, не так долго, но несколько месяцев точно)))
Пчелы пока АБСОЛЮТНО ничего не подозревают в целом, и кажется им вообще неизвестно, что существует такая вещь как Теория Измерений))) И что до них пару столетий целые научные сообщества уже решали (успешно) и решают (успешно) проблемы сверх-точных измерений:) Биологи тут такие из песочницы вылезли:
- А? Чо? Распределения? Непараметрические? Не, не слышали.
У меня просто статья как раз про это. Про измерения сигнала, создаваемого при реакции ПЦР. Комменты ревьюеров меня просто, ну, убили.
"Авторы не смогли доказать, что на наблюдаемая ими эффективность ПЦР больше похожа [sic!] на истинную эффективность реакции, чем эффективность, определяемая другими методами"
Больше похожа, ё-моё, на ИСТИННУЮ эффективность!!!!
Перевожу на русский язык:
Тут авторы не смогли показать, что замеряемый ими 1 сепульколитр более похож на истинный сепульколитр нежели тот, который замеряется другими методами
*надо ли говорить, что стандарта сепульколитра не существует в природе?
Я пытаюсь как дура объяснить, что понимааааете, существует такая вещь как точнось измерений относительно случайных выбросов (которая корректируется статистическими методами) и точность измерений относительно какого-либо выбранного стандарта (коих стандартов в биологии, строго говоря, не существует), но мне пишут:
Хотя авторы и выполнили запрашиваемый эксперимент с 10-ю ступнчатыми разведениями, они почему-то фокусируются на нахождении пропорций разведений, а не нахождении истинной эффективности...
Подай им ИСТИННЫЙ сепульколитр! Истинную эффективность!
Интересно, насколько ИСТЕНЕН тот 1 метр в Париже в Палате Мер и Весов? Может он не ИСТИННЫЙ? А вдруг?! Где доказательства? Его попы освящали?! Нет!!!! Значит не ИСТИННЫЙ!!!!
Вот если ракету освятить с кадилами, то тогда настанет ИСТИННЫЙ запуск ее в космос. Точно вам говорю.
---
Складывается впечатление, что для заметной части (оценка снизу) биологов понятие "стандартизация измерений" это нечто из параллельной Вселенной. Как и вся метрология в целом.
К примеру, вот эта заметка поразила в самую пятку. Процитирую основной изюм:
"Research exploring the interplay between the microbiome and health has yielded intriguing insights, but also discovered unsettling variability in the data obtained by different laboratories. A comparison [...] concluded that differences in the DNA extraction protocols led to significant changes in the observed ratios of Firmicutes and Bacteroidetes [...]
There seems (sic!) to be a systematic problem. “Relatively minor alterations in the DNA extraction procedure or in the bioinformatics analysis can give a distorted view...”
Похоже, пчёлы начали что-то подозревать.
---
))))))))
Абсолютно!!!! Вот в точку!!!
Я с этим бьюсь... ну... не знаю, не так долго, но несколько месяцев точно)))
Пчелы пока АБСОЛЮТНО ничего не подозревают в целом, и кажется им вообще неизвестно, что существует такая вещь как Теория Измерений))) И что до них пару столетий целые научные сообщества уже решали (успешно) и решают (успешно) проблемы сверх-точных измерений:) Биологи тут такие из песочницы вылезли:
- А? Чо? Распределения? Непараметрические? Не, не слышали.
У меня просто статья как раз про это. Про измерения сигнала, создаваемого при реакции ПЦР. Комменты ревьюеров меня просто, ну, убили.
"Авторы не смогли доказать, что на наблюдаемая ими эффективность ПЦР больше похожа [sic!] на истинную эффективность реакции, чем эффективность, определяемая другими методами"
Больше похожа, ё-моё, на ИСТИННУЮ эффективность!!!!
Перевожу на русский язык:
Тут авторы не смогли показать, что замеряемый ими 1 сепульколитр более похож на истинный сепульколитр нежели тот, который замеряется другими методами
*надо ли говорить, что стандарта сепульколитра не существует в природе?
Я пытаюсь как дура объяснить, что понимааааете, существует такая вещь как точнось измерений относительно случайных выбросов (которая корректируется статистическими методами) и точность измерений относительно какого-либо выбранного стандарта (коих стандартов в биологии, строго говоря, не существует), но мне пишут:
Хотя авторы и выполнили запрашиваемый эксперимент с 10-ю ступнчатыми разведениями, они почему-то фокусируются на нахождении пропорций разведений, а не нахождении истинной эффективности...
Подай им ИСТИННЫЙ сепульколитр! Истинную эффективность!
Интересно, насколько ИСТЕНЕН тот 1 метр в Париже в Палате Мер и Весов? Может он не ИСТИННЫЙ? А вдруг?! Где доказательства? Его попы освящали?! Нет!!!! Значит не ИСТИННЫЙ!!!!
Вот если ракету освятить с кадилами, то тогда настанет ИСТИННЫЙ запуск ее в космос. Точно вам говорю.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2019-03-17 11:16 am (UTC)no subject
Date: 2019-03-17 11:38 am (UTC)объясните метод и подавайте в математический
no subject
Date: 2019-03-17 11:41 am (UTC)Вроде там типа должны были знать какую-то математику. Откуда ж я знала, у них на лбу не написано что они математики не знают (((
no subject
Date: 2019-03-17 11:44 am (UTC)no subject
Date: 2019-03-17 11:46 am (UTC)no subject
Date: 2019-03-17 11:50 am (UTC)no subject
Date: 2019-03-17 11:51 am (UTC)no subject
Date: 2019-03-17 12:10 pm (UTC)хай контент скрининг, например - такая метода, которая была предложена компанией.
no subject
Date: 2019-03-17 12:33 pm (UTC)Ошибка измерений? Контроль качества? Что за чуждые концепции?
no subject
Date: 2019-03-17 01:06 pm (UTC)Для них шоком становится, что тут нужно уметь в математику
нет, это просто забытая линейка
Date: 2019-03-17 01:09 pm (UTC)с 1983 года так
no subject
Date: 2019-03-17 01:12 pm (UTC)О метрологии
Date: 2019-03-17 02:41 pm (UTC)Метрический масштаб окружающего нас пространства может (и даже должен) определять,например, боровский радиус. Надо маленько подождать, пока его значение станет больше. :-)
Ну, или постоянная Планка (как у А.Липовки),или масса электрона, или скорость света, или постоянная тонкой структуры станут другими. :-)
no subject
Date: 2019-03-17 02:48 pm (UTC)no subject
Date: 2019-03-17 02:49 pm (UTC)no subject
Date: 2019-03-17 02:51 pm (UTC)no subject
Date: 2019-03-17 02:58 pm (UTC)А я говорю о фундаментальных "константах", которые Вы не можете чувственно воспринять.
no subject
Date: 2019-03-17 03:05 pm (UTC)no subject
Date: 2019-03-17 03:16 pm (UTC)no subject
Date: 2019-03-17 03:43 pm (UTC)no subject
Date: 2019-03-17 08:21 pm (UTC)И вообще - специальность бредовая. Проще взять в лабораторию профессионального математика средней руки и повесить на него около-математические задачи [корректируя по пути его непонимание биологии и снабжая биологическими вводными], чем скрещивать ежа с ужом.
А у исходной темы две проблемы:
1. да, биологи варварски используют математику, проводят измерения и все такое;
2. изменить эту ситуацию могут только "генералы", но не пост-доки.
Так что увы, вы боретесь с ветряными мельницами. Попутно наживая себе недоброжелателей.
no subject
Date: 2019-03-17 08:37 pm (UTC)no subject
Date: 2019-03-17 10:19 pm (UTC)И да, насчет биоинформатиков я с вами полностью согласна.
no subject
Date: 2019-03-17 10:20 pm (UTC)А что за хай контент скрининг??
no subject
Date: 2019-03-17 10:22 pm (UTC)no subject
Date: 2019-03-17 10:24 pm (UTC)У меня и простую-то не пропускают вон уже полгода. Где я осторожненько никого не громлю.
no subject
Date: 2019-03-17 10:24 pm (UTC)no subject
Date: 2019-03-17 10:25 pm (UTC)Эмоциональность моих постов - это не баг, это фича(с) ))
no subject
Date: 2019-03-17 11:29 pm (UTC)no subject
Date: 2019-03-17 11:40 pm (UTC)no subject
Date: 2019-03-17 11:49 pm (UTC)Они-то наверно там вообще ни при чем, их поставили рекламировать, они и рекламируют, у них работа такая))
no subject
Date: 2019-03-17 11:51 pm (UTC)чтобы напрямую в адНо да, исторически биология пока что вообще ни разу не точная наука.
no subject
Date: 2019-03-18 12:01 am (UTC)Бизнес я вряд ли кому-то порушу, у меня звания не те))
Я смотрела, откуда растут корни у куписиар-аппаратов. Ну да, как бы, бизнес. Это в Нейчер прикольно писали - блин, я не сохраняю эти статьи, а жаль, надо - про то, что финансирование науки выросло после войны в 2 раза за какой-то период, и они как ломанулись (с) все в науку... и в том числе и бизнес, в смысле ну все эти Рош, Инвитроген и иже с ними. Им тоже выгодно вс эти вещи предоставлять. Ну и в куписиаре есть Самый Главынй Чувак, и у него там патент вместе с кем-то, я уж не помню с кем, на весь метод. Он, естественно, в своих статьях в графе "конфликт интересов" этого не пишет, но я уже прям вот совсем разобралась в этом поле, там народу-то мало ходит. Пфаффл его фамилия. Он как застолбил себе эту территорию лет 20 назад, так он там теперь авторитетный авторитет, вор в законе))
Ну как бы да. Я не хочу эту тему дальше копать именно поэтому. Потому что метод сам по себе не подлежит улучшению на самом деле - если датчик писиар-машинки у нас не ловит ниже какого-то порога, улучшать цифры бессмысленно. Я это хорошо понимаю. Никакой, НИКАКОЙ статистический метод не может улучшить accuracy, это я хорошо из учебниов по статистике усвоила. Если у тебя датчик не ловит, ты хоть заулучшайся, хоть запишись этими алгоритмами - ты не получишь реального улучшения результата. Тут надо датчик улучшать. Сам датчик. А это физики должны делать, а не биологи. Это исторически тоже так: как только физики изобретут получше микроскоп, так наваливается толпа биологов делать кучу экспериментов с новой техникой. А суть прогресса-то ведь реально в технике лежит.
Ну это так, философия.
no subject
Date: 2019-03-18 12:05 am (UTC)no subject
Date: 2019-03-18 04:04 am (UTC)А про "рецензентов", которые проявляют чудеса тупости и слабоумия, тоже упоминать надо. В дискурсе "Рецензент Вася по скудоумию зарубил гениальную статью. Не будь как Вася!"
Пропустят. не в нейчур, так в сайнсе!..
no subject
Date: 2019-03-18 07:52 am (UTC)https://eighteenthelephant.com/2019/03/14/science-small-groups-and-stochasticity/
no subject
Date: 2019-03-18 08:25 am (UTC)А сейчас и килограмм переопределили (вот буквально в прошлом году) - https://en.wikipedia.org/wiki/2019_redefinition_of_SI_base_units
no subject
Date: 2019-03-18 10:31 am (UTC)no subject
Date: 2019-03-18 10:57 am (UTC)Так таки именно что на лбу и написано :)
Впрочем вы, скорее всего, тоже математики не знаете, если ваше первое образование не математика. И в этом нет ничего необычного или криминального, скорее удивительным было бы обратное.
Это я к тому, что ситуацию перевернуть сложно, так как мало быть генералом в своей области, надо еще, каким-то чудом, разбираться в математике на довольно высоком для своей области уровне. Иначе "переворот" может случиться не в ту сторону, куда надо.
no subject
Date: 2019-03-18 01:28 pm (UTC)no subject
Date: 2019-03-19 01:13 am (UTC)no subject
Date: 2019-03-19 01:21 am (UTC)no subject
Date: 2019-03-19 01:28 am (UTC)no subject
Date: 2019-03-19 01:45 am (UTC)no subject
Date: 2019-03-19 01:55 am (UTC)no subject
Date: 2019-03-19 06:21 pm (UTC)Фейсбук зовёт вас...
Date: 2019-03-25 06:48 pm (UTC)Re: Фейсбук зовёт вас...
Date: 2019-03-26 02:08 am (UTC)no subject
Date: 2019-03-27 06:53 pm (UTC)Scientists rise up against statistical significance.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30894741/ (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30894741/)