(no subject)

[aridmoors]

Коронавирус.

Чо такое тест ПЦР, наглядно



ПЦР это очень простая и очень ненадежная техника. Но простая. Капец какая простая. И все тесты которые в данный момент существуют на коронавирус построены на ее основе.

Так вот.

Шаг 1. Вы берете ватную палочку, ЛЮБУЮ вообще блин ЛЮБУЮ ватную палочку и проводите ей по носоглотке.




Шаг 2. Вы суете полученную ватную палочку в пробирку, где находятся праймеры и реагент для ПЦР.


Да-да, можно МНОГО палочек насувать в эти пробирки, современные машины позволяют 362 образца за раз протестировать, очень быстро, мега-хай-срупут, как они там выражаются.

Реагент для ПЦР сам по себе стоит копейки. Праймеры сами по себе стоят копейки. Любой человек, обладающий данным знанием, может протестировать тысячи образцов за сутки.

Шаг 3. Вы суете пробирки с реагентом и праймерами и образцами которые вы пополоскали в них в ПЦР-машину.



Всё.

Да-да, вот там место, куда совать пробирки туда за раз вмещается от 96 до 362 образцов. Время прогона ПЦР-реакции составляет около 1-2 часа. Всё.

НИЧЕГО БОЛЬШЕ НЕ ДЕЛАЕТСЯ.
Там нечему больше делаться.

Вывод: не существует, НЕ МОЖЕТ СУЩЕСТВОВАТЬ такой херовины как "нехватка тестов". Нехватка ЧЕГО? Ватных палочек? Или модет копеечного реагента, который нужен для ПЦР? Или праймеров, которые стоят еще меньше, чем копейки?!

Когда говорят "закупили тесты" - они закупли ЧТО? Ватные палочки что ли? Или что именно они закупили?

Подозреваю, что когда говорят "закупили тесты", речь идет именно о ватных палочках. Ну потому что нечего больше закупать, остальное вообще идентично от реакции к реакции.

В любом случае, "тестов не хватает" - это бред сивой кобылы, это чистая политика. Нечему там не хватать. ПЦР - это самая рутинная, самая дешевая процедура, доступная в ЛЮБОЙ лабе, хоть в Зимбабве.

Comments

[vasia712.livejournal.com]

Хочу зарепостить (могут набежать). Можно?

[aridmoors.livejournal.com]

Мжно

[ultraohr.livejournal.com]

Так пишут что цепочка чуть сложнее: посредством обратной транскриптазы РНК вируса переводят в ДНК и только потом ПЦРят.
А, да. Там ещё ваш любимый RT-qPCR.

[aridmoors.livejournal.com]

Да, цепочка может быть чуть сложнее, но сути не меняет.

Голова сломалась

[vida-louca.livejournal.com]

Вы убили веру в то, что наше и любое другое правительство понимает, что такое наука, и что нужно делать для её развития.

Re: Голова сломалась

[aridmoors.livejournal.com]

///что наше и любое другое правительство понимает, что такое наука, и что нужно делать для её развития.

Вот да.

[vishniakov.livejournal.com]

Э... насколько я понимаю, реагенты для каждого анализа свои, а не так что и на гепатит, и на ВИЧ, и на короновирус одно и тоже?

[aridmoors.livejournal.com]

Нет, вы неправильно понимаете. Реагент ПЦР один и тот же для всех ДНК-последоватнльностей, независимо от их происхождения. Один и тот же! Праймеры разные, но как я уже сказала, заказать их стоит копейки.

[tasmanj.livejournal.com]

А праймер - он должен быть специфичен для того, что мы пытаемся найти, правильн? То есть в случак с вирусом - вполне конкретный, который "свяжется" с вирусной днк и размножит её? В таком случае не может ли тут быть затыка?
И как я понял из некоторых описаний, часто в "тест-кит" (что бы это не значило в данном случае) включают позитивный образец, что бы проверить все ли процессы прошли нормально (и заодно судя по вашему описанию, что трешхолды определены правильно)

[aridmoors.livejournal.com]

Праймеры заказать сотоит копейки, любые. Хотите такие, хотите сякие. Вы просто указываете последовательность букв, например ATGCATGCATCGCGTACTGACTG, всё. Вап это высылают на адрес. Копейки.

[gray-bird.livejournal.com]

Ну, мож химия копеечная, но уникальная и запас ее не держат в достаточном количестве?
Примерно как с повязками на лицо, тож тупое поделие, тряпочка и две резинки на уши... Однако ж лютый дефицит.

[aridmoors.livejournal.com]

Нет, не уникальная химия, обычная химия, ОБЫЧНАЯ.

[ultranomad.livejournal.com]

Ну вот, скажем, исландцы несколько дней назад писали, что как раз наткнулись на нехватку в стране длинных стерильных ватных палочек, сертифицированных для генетического тестирования, и невозможность их заказать в разумные сроки.

[aridmoors.livejournal.com]

Ну длинных ватных палочек в самом деле модет не хватать. Но возьми ты твою мать обычную палочку, проведи по носоглотке - тебя кто держит?! Кроме политики.

[alex_dragon]

Вообще, насколько можно заметить, в прессе обычно упоминают некие обычные тесты — видимо то, о чём вы пишите, и некие «экспресс-тесты» — даже не знаю, на что это похоже.

То что копейки для Японии — то может оказаться деньгами для Зимбабве. Сами аппараты, наверное, тоже стоят денег и не в каждом универсаме продаются. А сами эти реактивы — тут тоже вопрос: а, скажем так, сколько их производит промышленность, много ли их на складах, каков срок хранения и способно ли производство удовлетворить ажитажный спрос? Это вопросы, естественно, профана, но они могут быть поставлены по поводу любого товара, от тех же ватных палочек до самолётов.

[aridmoors.livejournal.com]

Конкретно в Япнии аппаратами ПР располагает, не побоюсь этого слова, КАЖДАЯ лаба. Конкретно про Россию - ну уж в Москве их дохрена. По самые гланды. В Новосибирске - ну скажем каждая уважающая себя лаба, но даже при этом, один аппарат способен обеспечить тестирование сотен образцов, СОТЕН.

[marichek.livejournal.com]

Во первых, пока штук 100 не наберут пэцэарить не будут. А отловить 100 кроликов предположительно больных, да взять у них образцы, да все это в "скафандрах". А потом, ну спэцэарили 362 образца, из каждого же надо потом гель гнать.

[aridmoors.livejournal.com]

Насколько мне известно, гели сейчас не гонят (и это проблема, да, если вы об этом, то я согласна).

[schizophrenicat.livejournal.com]

Ну вот у нашей ПЦР-лабы вечно не хватает расходников на мутации BRAF, например. Диагностические наборы стоят, увы, не копейки, и заказываются, пардон, через жопу - аукционы, которые играются бесконечно долго, и реактивы в итоге могут идти год после заказа.
Возможно, всё упирается именно в бюрократию, а не в техническую возможность и наличие расходки.

[aridmoors.livejournal.com]

Какая-то у вас тяжелая лаба по описанию...

[aridmoors.livejournal.com]

Ничего, скорее всего. Выкидывают, я думаю.

[ratukas555.livejournal.com]

У нас тут один написал отзыа как у него брали анализ.
Говорит, что в нос совали палочку такого толстого размера, что она не влазила, в итоге до крови разодрали.

Что такое тест ПЦР, наглядно

[livejournal.livejournal.com]

User shainek referenced to your post from Что такое тест ПЦР, наглядно (https://shainek.livejournal.com/24776.html) saying: [...] это просто. https://aridmoors.livejournal.com/655337.html?embed [...]

[aridmoors.livejournal.com]

Ну да, я потому этот пост и написала, как контраст к длинному описанию. Потому что когда обычный человек начинает читать все эти "олигонуклеотиды" и "полимеразы", у него возникает ложное ощущение, что процедура сложна.А она простая как пень на самом деле. И вот это вот меня еще бесит - "разработали тест" когда говорят. Потому что под этим подразумевается "подобрали праймеры", а это ОЧЕНЬ тупая и простая процедура, чисто техническая.

[baru-hashem.livejournal.com]

В Москве есть частная лаба, где желающим делают ПЦР тест на коронавирус. Желающий должен предъявить паспорт. Если тест прложительный, лаба докладывает в Роспотребнадзор, и человека забирают в карантин. При этом лаба не проводит тестов людям с симптомами (температурой и т.д.)
Интересно, сколько желающих за свои деньги так тестироваться?

[aridmoors.livejournal.com]

хм, интересно.

[baru-hashem.livejournal.com]

Можно спросить про тест на антитела к коронавирусу? (Чтобы выявлять тех, кто уже переболел и иммунен.) Возможен ли такой тест? Насколько он может быть дорогим и сложным, или наоборот, дешевым и простым?

[rei-tanna.livejournal.com]

да, вот мне тоже интересно. Делают вроде - https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.17.20037713v1

[miketiv.livejournal.com]

>НИЧЕГО БОЛЬШЕ НЕ ДЕЛАЕТСЯ.
>Там нечему больше делаться.

Погодите, надо же как-то потом распознать пробирку, в которой вирус.
Это делает человек, визуально?

[marvellous-lynx.livejournal.com]

Это делает машина. В посте же написано.
На пробирки в наше время везде клеятся штрих-коды, наверное,тут так же.

[marvellous-lynx.livejournal.com]

Если я правильно поняла, то оказалось, проблема Европы в диагностике не в том, что произвести эти тесты дёшево, а в том, что производитель монополист, который ещё и то ли не успевает, то ли наживается, то ли всё сразу. Посмотрите статью по ссылке https://nos.nl/l/2328393 (перевести можно с помощью гугл.переводчика).
Мне очень интересен будет ваш комментарий.

[aridmoors.livejournal.com]

Хм... вообще в принципе материалы, неоьходимые для тестов, производит не только Рош, их можно купить в десятке других компаний. Но в целом я допускаю, что в связи с увеличенным потреблением их может начать не хватать. Но в статье правильно написано, что материалы можно сделать "на коленке". Нет, не думаю что надо будет их "проверять" в этом случае, любой грамотный биолог может их сделать (друге дело что в мед-учреждениях может не быть этим "грамотных биологов" - но тут уже затык получается не в нехватке тестов, а в том что учреждения не понимают смысл теста и не могут сообразить, что надо тупо позвать биолога).
Про машины фигня полная, машин как грязи и они УЖЕ есть в огромных количествах, их закупать не надо.

То есть в целом думаю, что проблема может действительно существовать, но заключается не в том что "не хвататает тестов", а в том что тесты проводят мед-цчреждения, в которых нет биологов, кто мог бы правильно руководить процессом. А врачи на эти тесты смотрят именно как на страшную черную коробку, в которой боятся поменять хотя бы одну ступенечку процесса. Ну например сказано "возьмите набор из фирмы Рош", и они боятся, что если другая фирма, то типо работать не будет. Ну да, такое можно допустить. С моей точки зрения, надо привлекать специалистов из био-лаб в таком случае.

[oleg96345.livejournal.com]

https://lenta.ru/articles/2020/03/26/genetik/

Но пациенты хотят знать, болеют они или нет. И возмущаются, почему даже за личные средства не могут сдать анализы. На основании этого рождается подозрение, что государство что-то скрывает.

Не надо тут прибегать к конспирологическим теориям. Государство почему не хочет, чтобы люди сами тестировались? Просто хочет знать реальное распространение вируса. Вполне вероятно, что если граждане самостоятельно будут проходить диагностику, то могут «забыть» поделиться результатами. То есть в этой стратегии ничего неразумного нет. Россияне, конечно, любят попенять на правительство, но я не вижу, что российское государство сегодня делает какие-то плохие или неправильные действия, вредные для людей. Больших косяков я уж точно не вижу.

Для пациентов важнее знать не о том, что они заболели, а есть ли у них антитела к вирусу, и, следовательно, иммунная защита. Пока таких тестов в коммерческих лабораториях еще нет. Но думаю, что скоро появятся, сделать их не так легко, как тест на вирус, но проблема решаемая.

Насколько я (с дивана) понимаю тесты эти довольно бесполезны, просто потому, что довольно неточны и алгоритм действий при выявлении не сильно меняется. Допустим покажет тест, что нет вируса, а вирус на самом деле есть (какова вероятнось не знаю)? Человек будет ходить и всех спокойно заражать? А если есть симтомы, то просто по статистической вероятности и без теста можно считать, что это зараженый?
Поэтому выход один - все на карантин. Который все равно не даст 100% результат. Но потом те, у кого появился иммунитет - становятся свободны от каранина и их надо как-то стимулировать (деньгами?) к тому, чтобы помогали зараженным пережить сложный период.

[leeuwis.livejournal.com]

Я тоже думаю, что собака зарыта здесь: тесты (хоть и просты в применении) столь ненадёжны, что просто нет смысла тестировать.

[melnikovvv.livejournal.com]

Гм. А где электрофорез после амплификатора?
А термостабильная ДНК-полимераза сама в пробирки поступает?
А праймер волшебным образом возникает, его производить не надо?

[aridmoors.livejournal.com]

Естественно реагенты надо заливать в пробирки и праймер туда же добавлять - работа технишена, которая стоит дороже чем сами реагенты.

[worry-mess.livejournal.com]

[vishniakov.livejournal.com]

Есть вот такая статья по ситуации в РФ - https://meduza.io/feature/2020/03/18/na-pike-epidemii-rech-mozhet-idti-o-millionah-testov

1) Был монополист по производству тестов (владелец формулы праймера, как я понимаю) - Вектор
2) Тесты у монополиста появились раньше других, но были на два порядка менее чувствительными, чем более поздние разработки
3) Завышенные требования по безопасности к лабораториям, в которых можно проводить тест
4) Один из производителей может производить порядка 100 тыс. комплектов тестов в день и удвоить ее при необзодимости. Для страны со 140 млн. населения - это не очень много.
5) И только они - производитель оборудования в России (ПЦР машин?)
6) В России практически не делают одноразовые пробирки (привет импортозамещению, ага) - и узким местом оказывается именно они. Хорошо, что Китай восстанавливает производство.
7) Россия и Япония не подпадают под патент Роше на ПЦР в реальном времени и поэтому в этих странах ПЦР более доступен (привет копирастам)

[gateya.livejournal.com]

Нет РЕАГЕНТОВ.

[aridmoors.livejournal.com]

Как нет, продаются вон.

[motek.livejournal.com]

Если вы палочкой с РНКовым вирусом потыкаете в реакцию ПЦР, то много не наамплифицируете. :) Самый трудоемкий этап это выделение РНК. То ли незнание дела, то ли намереное введенее в заблуждение.

[aridmoors.livejournal.com]

Ну я бы не говорила прям так сразу, что "самый трудоемкий". Выделение можно мультипипетно делать. Потом, есть разные варианты - можно и не трахаться с этими китами, а сделать свои реагенты (но тут уже надо спецов привлекать). Как там написали - проблема логистики и привлечения нужных рук в процесс. Просто никому это все нафиг не надо, надо вон, политику сделать с олимпийскими играми и бабла срубить.

[need need (from livejournal.com)]

Где идет речь о нехватке тестов? Будем честны, Россия на начальных этапах была просто в лидерах по количеству сделанных тестов, шла где-то после Кореи. Когда Европа еще даже и не чесалась.

[aridmoors.livejournal.com]

В Японии и кажется в США че-то такое было, новости про "нехватку тестов".