aridmoors: (Default)
[personal profile] aridmoors
Сил вообще нет. Надо делать кучу экспериментов, включая сегодня - не смогла доделать, завтра надо будет идти доделывать. Сегодня тоже наблюдала, как Дзюнко делает тот же самый эксперимент, что и я, и поняла, что я совсем не так делаю вещи, как остальные. Может быть это плохо, может быть хорошо, я еще не определилась. Когда-то, когда я была студентом, я пробовала разные способы выполнения задачи "биологический эксперимент". Можно делать как? Есть два способа.

1. Прочитать все мануалы и делать все мееееедленно, прямо по мануалу, как написано. Сделать один раз и получить один результат.
2. Делать тупо КАК МОЖНО БОЛЬШЕ. Вот просто тупо делаешь как можно больше раз, делаешь как можно больше вариаций, просто тупо ДЕЛАЕШЬ БОЛЬШЕ.

Щас объясню разницу. Например, мы делаем скажем, АТФ-эссе. Это такой эксперимент, когда насыпаешь клетки в тарелку с 96 колодцами. Потом, там, в каждый колодец насыпаешь разное количество химиката, ждешь 1 день, потом применяешь в каждый колодец АФТ-реагент, и идешь измерять на машине сколько клеток подохло. Все это на слух выглядит очень прикольно и все такое, но тут начинаются нюансы. Например, клетки могут расти с разной скоростью в зависимости от того, сколько ты их насыпал. Поэтому допустим ты насыпал одно количество - получил результат, насыпал другое - получил другой. Потом, нюансы могут быть в том, что у тебя получаемые цифры будут зависеть от количества медицма, от количества АТФ-реагента, от чего угодно. В том числе если высокие концентрации вещества, допустим, результаты тоже могут давать более высокую цифру за счет отражения от стенок колодца и т.п. Много нюансов.

И вот Дзюнко делает как? Она делает все медленно и по мануалу. А я делаю все очень быстро, но зато делаю много ошибок. В результате моих ошибок мне становится интуитивно известно очень много вещей. Например, я уже знаю, что будет влиять на результат, а что нет. Я знаю, например, что полученные измерения будут больше всего зависеть вовсе не от количества клеток (как ни парадоксально), а от того сколько АТФ-реагента налить. Разница в 10 микролитров - уже хз какую разницу в цифрах даст. Соответственно, если ты ошибся на 10 микролитров - можешь сказать до свидания нормальным результатам. От количества медиума охрененно зависит. Поэтому если у тебя мульти-пипетка, которая хреново функционирует по краям, скажем (плохо насасывает), и ошибается там на те же 10 микролитров, у тебя погрешность вылетит за всякие рамки и ничем не пофиксишь.

Но! Но. Когда у меня накапливается массив всех этих знаний, я начинаю знать, как сделать по _своему_ протоколу, чтобы минимизировать погрешность.

Поэтому сегодня была очень странная картина. АТФ-реагент делается из добавления одной жидкости к порошку. Я по опыту знаю, что КАК ты смешиваешь эти вещи - абсолютно фиолетово, поэтому я тупо открываю один бутылек (с жидкостью), открываю другой (с порошком) да и наливаю жидкость в порошок. А слева от меня сидит Дзюнко и делают эту процедуру, знаете, когда берешь шприц, набираешь в него жидкость, протыкаешь эту резиновую крышечку и мееедленно вводишь жидкость с помощью шприца. У нее на это уходит час, у меня на все про все 5 минут. Зато я гораздо больше обращаю внимание на те вещи, которые важны: что надо следить за этой долбаной мульти-пипеткой, что надо следить чтобы все клетки растворились, что надо посдувать все пузыри, которые образуются (потому что иначе они работают как линза и корявят результаты потом) и т.д.

Я так и не знаю, хорошо ли это или плохо. Я могу сказать только, что я не в состоянии (у меня моя дурацкая совесть не позволяет) работать с системой и не понимать, как она работает.Я должна знать, чо за машина, чо она меряет, как она меряет, откуда она считывает, что именно считывает, какова погрешность, что больше всего влияет на систему, где провести срешхолд и так далее... А Дзюнко на белом глазу может делать по мануалу, тратить тучу времени, получить для каждой дозы реагента 2 (прописью: ДВЕ) цифры, УСРЕДНИТЬ их, и выдать за результат. При этом когда я ее прошу показать сырые данные, это пипец, у меня уши в трубочку сворачиваются. Она усредняет цифры с ТАКОЙ погрешностью, что мне страшно. Волосы дыбом. Получила две цифры, которые говорят об АБСОЛЮТНО разном результате, взяла усреднила и успокоилась...

Я так просто не могу. Если я вижу цифры, мне надо чтоб машина мне их выдавала всегда, постоянно, идеально. Я не могу когда у меня два одинаковых образца, один намерялся как 250,000, а второй как 350,000 (при том что соседний образец в котором в два раза меньше клеток намерялся как 150,000!) - я просто не могу усреднять такие цифры в здравом уме.

Это наверное горе от ума. Вот Дзюнко живет и не парится. Делает себе хрень какую-то 1 раз, не повторяет, ну все же по мануалу сделано... блин. Не знаю. У меня явно перфекционизм. Всем же насрать. Надо тупо взять и забить. Не искать истину. Не делать как надо. Все равно никто проверять не будет. Все равно всегда можно сказать, "ой, это у нас такая клеточная линия была"...

Date: 2019-08-25 05:19 am (UTC)
From: [identity profile] vvz.livejournal.com
А в чем проблема со Standard deviation на трёх точках? Всё нормально. Ой да ладно вероятность того, что мы примем false null hypothesis as a true, становится 50%, но мы же не можем бесконечно повторять одни и те же эксперименты, они денег и времени стоят, а у нас гранты и дедлайны, и вообще можно и только два раза вместо трёх. А не шёл бы ты, мальчик, со своими придирками, мы всегда так делали и статьи публиковали, и результаты дальше по процессу проводили...

У меня был особенно чувствительный к вариациям в измерениях процесс (синергия двух веществ - там ошибки в измерениях перемножаются и сам алгоритм даёт ещё вариацию). Я делал 16 параллельных измерений, и на меня смотрели как на сумасшедшего.

Date: 2019-08-25 10:50 am (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
Со стандартным отклонением на трех точках проблема та, что стандартное отклонение - это статистическое понятие, которое характеризует разброс данных (dispersion). В случае трех точек вероятность того, что эти точки упадут далеко от медианы (в районе 2 сигма) достаточно большая. В случае, если эти три точки там упали, то мы совершим большую ошибку, оценивая стадндарнтное отклонение как маленькое (поскольку оно на самом деле большое - но три точки нам не дали достаточно данных чтобы это обнаружить).

Тот же критерий хи-квадрат указывает в правилах (а стандартное отклонение это частный случай его применения), что для валидной оценки следует иметь как минимум 50 точек.

Если более простым языком, то статистика потому и статистика, что она требует большого количества данных. Грубо говоря, существует очень большая вероятность выпадения подряд трех шестерок на кубике в последовательных его бросках. Чем больше бросков, тем меньше вероятность выпадения подряд трех шестерок. При трех точках она слишком большая. Если же мы возьмем не шестерки, а близкие по значению точки (скажем там, чо у нас в пределах двух сигма если мы берем CellTiterGlo) - то у нас вероятность попадения трех точек одновременно в район двух сигма и при этом далеко от медины - она огромная получается.

Я не знаю понятно я выражаюсь или нет.

Date: 2019-08-25 12:48 pm (UTC)
From: [identity profile] vvz.livejournal.com
Да я с вами полностью согласен, мой комментарий наверху был сарказмом. Подавляющее большинство химиков и биологов очень слабо себе представляют правильную работу со статистикой. И пытаться их переучить на ходу - неблагодарный труд :-(

Date: 2019-08-25 10:54 am (UTC)
From: [identity profile] aridmoors.livejournal.com
Я согласна в целом что селл-титер-гло это в целом настолько резкий уровень измерений, что там не надо больше 4 точек. 4 должно быть достаточно.

Но если в целом смотерть например на куписиар - то 3 точки это идиотизм. 3 точки в куписиар- это суицид.

Date: 2019-08-25 12:50 pm (UTC)
From: [identity profile] vvz.livejournal.com
3 точки в qPCR это не суицид, это «ну все же так делают, чего вы придираетесь». Хотя, конечно, глядя на некоторые опубликованные результаты, хочется выброситься из окна :-)

Profile

aridmoors: (Default)
aridmoors

January 2026

S M T W T F S
    123
45678910
11121314151617
18192021222324
25262728293031

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jan. 20th, 2026 06:17 pm
Powered by Dreamwidth Studios