(no subject)

[aridmoors]

Блин. Этот параграф из Лема - он как реальным ножом по живой коже. Здесь и сейчас. Я так чувствую, в своей биологической лабе сейчас, хотя когда его рассказ был опубликован - меня еще не было на свете.



Я занимался этими ночными экспериментами практически полгода, и мне удалось узнать несколько вещей наверняка, но я все равно ничего не понимал. Когда компьютер был отсоединен от телетайпа, он замирал на пару секунд, и затем выдавал остаток новостей в течение 137 секунд. В течение этого промежутка времени он знал всё о рапортуемом событии - после этого ничего. Может быть, я смог бы как-то это объяснить, но к сожалению, мне стало понятно кое-что еще. Компьютер мог предсказывать будущее. Безошибочно. Неважно, случились ли рапортуемые события уже в действительности, или же компьютер говорил о событиях, еще не полученных нами в студии - если они попадали в промежуток из 137 секунд от настоящего времени, компьютер безошибочно их называл. Если я вмешивался, и печатал что-то на телетайпе - компьютер подхватывал это; однако если я отключал кабель - он останавливался, и затем продолжал рапортовать о реальных событиях так, будто они уже случились.

---
Это то, как биолог ощущает себя в лабе. Вот именно так. Происходит что-то экстраординарное, и ты смотришь на это, и не в силах реально что-либо интерпретировать. Это главное ощущение - во всяком случае для того, кто достаточно экспериментирует с реальными тканями и клетками, чтобы наткнуться на необъяснимые явления.

Когда я стала работать с человеческими перепрограммированными плюрипотентными клетками, мне стали понятны явления, которые я раньше отбрасывала в предыдущей лабе как "мусор от плохой постановки эксперимента". Сейчас я говорю себе - и всем другим биологам: не бывает плохих данных. Все данные это данные. Я не "плохо ставила эксперимент". Нет. Я наблюдала НОРМАЛЬНЫЕ явления, просто я тогда не знала, что они нормальные. Потому что в среде ученых не принято делиться провалами.

Это тоже одна из проблем: обыватели говорят - типа, "вот ученые счастливые, негативный результат это тоже результат" - нифига!
Негативные результаты замалчивают. Не публикуют ни в коем случае. Всячески стыдятся их. Вообщеьне принято говорить о негативных результатах.

А знаете, сколько негативных ВАЛИДНЫХ результатов вот СЕЙЧАС, ЗА ДВЕ НЕДЕЛИ, стало мне известно?
1. Плюрипотентные клетки дейтсивтельно невозможно перепрограммировать до конца! Несмотря на заявленную нобелевскую премию (господи Иисусе, не дай бог покуситься на святыню вообще)
2. Плюипотентные клетки ДЕЙСТВИТЕЛЬНО хреново выживают, это не просто я
3. Среди плюрипотентных клеток примерно 10% действительно имеют плюрипотентность
4. Плюрипотентные клетки на самом деле почти нквозможно заразить лентивирусом (несмотря на публикацию сами-знаете-кого), потому что они почти не вбирают посторонний материал

И всё это как-бы-есть, но как-бы-и-нет.

Потому что реальная наука - это вот как Лем пишет: "я занимался этими ночными экспериментами практически полгода, и мне удалось узнать несколько вещей наверняка, но я все равно ничего не понимал". Это реальная наука. Оно вот так происходит. И ты жизнь можешь прожить, и так и не узнаешь, что такое эти твои 137 секунд, вообще не узнаешь. Ты откроешь только что вот, есть 137 секунд, а что дальше, почему 137, почему секунд, почему вообще, что вообще за?!... - все это так и останется тайной, и будет принадлежать следующим поколениям.

И Лем 150 раз прав, и самый классный фантаст.

Рассказ 137 секунд:
http://liv.piramidin.com/belas/Lem/powesti_i_rasskazy/137_sec.htm

Comments

[baru-hashem.livejournal.com]

Про плюрипотентные клетки офигительно интересно!

10% по-настоящему плюрипотентных - это же супер! Разве нет?

А зачем заражать их лентивирусом?

[aridmoors.livejournal.com]

Ну то что 10% плюрипотентных - это интересно - так это интересно именно настоящим ученым; всем остальным надо было чтобы все 100% были плюрипотенты, иначе они не принимают. Им не нужен "человек, который дольше живет в 10% случаев", им надо чтобы вот сразу был бессмертный человек, а всё остальное им неинтересно. Они финансирование урежут. Так работает капитализм. Да-подай прям щас сенсационный материал.

Лентивирусом заражать - это стандартная техника трансфекции каким-либо геном. Лентивирусы работают на вставление в геном материала. Правда в беспорядочном порядке. Ну то есть могут вставить в любое место генома, в том числе и внутрь рабочего гена какого-нибудь (и отключить рабочий ген). Это считается ай-яй-яй и некомильфо, и поэтому лентивирусы ипользуют только в работе с клетками когда надо создать стабильную клеточную линию.

Например, надо вам создать клеточную линию, которая помечает весь актиновый цитоскелет зеленым, можно использовать лентивирусы. Но в плюрипотентных клетках, неизвестно почему, они не очень удачно вбирают в себя плазмид, почти не вбирают, большие проблемы. Ну и это проблема. Только ее прячут. В официальной публикации пишут: "ой-ей-, мы создали супер-плазмид лентивирусный, который может помечать плюрипотентные клетки", а в реальности я пришла к сенсею, который автор этого плазмида, и он мне прямым текстом сказал: мы тестировали этот лентивирус в плюрипотентных клетках, и нашли, что они нифига не вбирают плазмид, жопа какая-то.

И вот это "жопа какая-то" никому неизвестно, потому что такие вещи не публикуют и прячут, а известно всем типа "официальная информация", где написано, что "ой-ей".

Это жутко ненаучно и несправедливо, но оно вот так.

[darkhon.livejournal.com]

плюрипотентные клетки -- это т.н. стволовые, если популярным языком?

[aridmoors.livejournal.com]

Да, в целом, но у "потентности" есть градация. Плюрипотентные - это когда многомного, мультипотентные - это когда много, и потом уже уменьшения.

[ultranomad.livejournal.com]

А почему трансфекция нужна обязательно после перепрограммирования?

[aridmoors.livejournal.com]

Ну если стабильную линию хочется создать после перепрограммирования, то трансфекция нужна после.

[scholarpunk.livejournal.com]

Ну и нафига эти лентивирусы додревние? CRISPR/Cas для кого уже придуман?

И щасс вроде бы что-то еще более вменяемое и удобное уже создано на эту же тему.

И не "ненаучно и нсправедливо" - а роскошнейшее вступление ко статье про способ, разрешающий эту проблему, когда кто придумает!

А по поводу доставки в клетки - так микровезикулы надо соответствующие разрабатывать.

[aridmoors.livejournal.com]

Ну вы меня совсем сейчас разочаровываете. Криспр - обычный плазмид, с какого перепугу он будет более эффективен, чем лентивирусы?

[scholarpunk.livejournal.com]

Чойта обычный?.. Хороший плазмид!

Этоя к том, что с ним не куда попало вставляется, а КУДАНАДО и что надо.Правда, по слухам он еще куда-то мест в 30 норовит что-то понапихать попутно, но с этим вроде успешно борются.

А ежели он аж в бластомеры залазит в непомню каком проценте случаев, то значит вполне себе эффективен!

А что иПСК их "плохо приемлют", то тут надо разбираться! Ящитайу, чтотам клетки попросту уже полуубитые - и банально ДОХНУТЪ после трансфекции в подавляющем большинстве, а так в остальном все без особенностей. Судьбу каждой конкретной клетки посчитать проблематично, вот и кажется, что просто "плохо трансформируются".

Так что чего там, кстати, по поводу "вечной культуры ЭСК с периодической пересадкой ядер"? Берёте, или не интересно оно Вам?

[levgilman.livejournal.com]

А вообще формат для публикации отрицательных или "неинтересных" результатов существует? Если одни не будут стесняться их подавать, а другие - принимать к публикации, не окажется ли, что формата просто нет, на статью материал не годится совершенно объективно по принятым нормам?

[aridmoors.livejournal.com]

Формат есть, желания публиковать нет. Типа, позориться не хочется, хочется выглядеть таким вумным-вумным, что у тебя ни один эксперимент не проваливается.

[d-kishkinev.livejournal.com]

"то что 10% плюрипотентных - это интересно - так это интересно именно настоящим ученым; всем остальным надо было чтобы все 100% были плюрипотенты, иначе они не принимают. Им не нужен "человек, который дольше живет в 10% случаев", им надо чтобы вот сразу был бессмертный человек, а всё остальное им неинтересно. Они финансирование урежут. Так работает капитализм."

Мне кажется вы преувеличиваете тут. Это интересно и публикабельно. Если хорошо запаковать, то такой или иной "негативный" результат можно опубликовать даже в очень сильных журналах. Я не буду голословным и приведу примеры публикаций с негативными результатами (своих и коллег)

Вот работа дружественной лабы из Вены, где они полностью опровергли "гуру" из нашей области, которые полтора десятилетия утверждали о наличии магниточувствительных железосодержащий клеток в надклювье птиц. Эти ребята не нашли никаких магниторецепторов и опубликовали это в Nature.
https://www.nature.com/articles/nature11046

Здесь мы с коллегами опровергли выдвинутую нами же гипотезу "двойных часов" как основы долготной навигации. Да, журнал намного менее exciting но поверьте, всё это можно и нужно публиковать. Другое дело что многие действительно леняться это делать, т.к. impact и цитируемость таких статей меньше
https://www.jstor.org/stable/10.1525/auk.2010.10032?seq=1#page_scan_tab_contents

или вот еще статья где я потратил много времени на репликацию статья и в Nature с другими видом птиц и не получил того же результата
https://link.springer.com/article/10.1007/s10336-012-0847-x

при этом в этой статье мы работали с автором первой Nature публикации и она признала, что метод не работает

[aridmoors.livejournal.com]

Спасибо. Ваши примеры как раз демонстрируют мой поинт. Как правило группы, публикующие в Нейчер (я имею в виду сам нейчер, не нейчер-груп) - это лабы, которые там УЖЕ публиковали. В остальных случаях это журналы, специализируюзиеся или в принципе ниже рангом.

Это рахговор о рангах сейчас.

Если в принципе и негативных результатах - если их подать специфическим образом, можно ожидать публикации, но тоже как правило не в Сайенс.

[d-kishkinev.livejournal.com]

""Шедевр", который надо выполнить сегодня - это статья в Нейчер или Сайенс. Которую практически невозможно опубликовать, если у тебя нет нужных знакомств и если ты не в лабе нужного Мастера (у которого знакомства в журналах Нейчер и Сайенс). Устроить богатое угощение - это иметь ресурсы для получения должности Мастера (необходимое количество публикаций, которые тоже не сами из воздуха берутся, а только с воли Мастера, у которого служишь - сам ты ничего не можешь, любая публикация стоит денег, кто платить будет, как говорится...), вступительный взнос - это принадлежность к определенной касте: ты будешь пущен в высшие круги только если ты сам из определенных кругов. "

Это не совсем так. Я принимаю критику о множестве случайных факторах, которые часто даже хорошие статьи "убивают" при подаче в большие журналы. Принимаю также критику trendy topics, т.е. повышенная вероятность публикации горячих тем, но всё же материал должен быть сильным. Принимаю критику о кризисе с reproducability, т.к. многие исследования в последствии нереплицируются (но сразу это неочевидно). Принимаю критику о загруженности рецензентов и часто поверхностном рецензировании из-за этого. Многое чего принимаю, но то что "практически невозможно опубликовать, если у тебя нет нужных знакомств и если ты не в лабе нужного Мастера (у которого знакомства в журналах Нейчер и Сайенс)." Это не так.

Любая группа когда-то публикуется в Nature, Science и подобных первый раз. Моя PhD группа Animal Navigation образовалась в 2002 г. 31 летним молодым руководителем. Я был в группе PhD student'ом в 2006-2012 гг. и на моей уже памяти они первый раз опубликовались в Nature. У еще молодого руководителя до этого не было таких публикаций во время его докторанства и постдоков, т.е. попадал он в "большие" журналы de novo, а не по старой памяти. Да, сильные группы "стреляют сильно" и у них часто грубо процентов 10-30% outputs попадает в сильную когорту журналов (к примеру PNAS, Current Biology, "сестринские" журналы Nature и Science типа Nat Comm, Science Advances. В вашей области в Cell, Nat Genetics). Ну и иногда выстреливает в большую двойку. Не по блату или договоренности с редактором, а потому что материал такие группы выдают сильный и да, редакторы и рецензенты смотрять на весь track record группы.

Нет никаких заданных рангов. Естественно есть сильные и слабые лабы. Но даже в слабой лабе можно сделать сильную работу. Особенно если вы уже early career researcher т.е. уровень постдока (не первого срока) или researcher, senior researcher, ст науч сотрудника и подобное. И не обязательно иметь Nature Science публикации для известности и получения грантов. Можно иметь сильную цитируемость, набор публикаций типа 10-30% сильная середина или даже выше, 50-60% узнаваемые середнячки - специализированные журналы. Остальное еще где-то. И всё равно люди получают гранты и постоянные позиции, становяться PIs. Скорее всего в среднего ранга универах, ну и что - это всё равно хорошо и дает возможность дальше работать. Делать что любишь и продвигать свою область.

Вот покликайте по academic staff нашего Bangor University по PIs (lecturers/senior lecturers). Посмотрите их selected publications. Они всё же стали PIs в средненьком но узнаваемом европейском университете
https://www.bangor.ac.uk/natural-sciences/staff/en#academic

[d-kishkinev.livejournal.com]

Если кратко - я хочу вас приободрить примерами, пройдя весь этот путь от провинциального студента, PhD students, множество постдоков до постоянной позиции. Это сложно и система очень несовершенна, многое плохо, но не так плохо и беспросветно, как вы пишете. Пробуйте публиковать этот и иные материалы. Не в самых топовых, то в иных журналах. Вы reject в журнале попыше, вы чуть ниже и так до упора. Упорство и настойчивость победять. Удачи

[staerum.livejournal.com]

Как церковь от государства отделить науку от экономики.

[aridmoors.livejournal.com]

Вот ваши слова бы да богу в уши.

[staerum.livejournal.com]

Бог в курсе. Осталось эти слова в уши всем ЛПРам налить. Задача непростая, но попробовать можно.

[aridmoors.livejournal.com]

Тяжело. Капитализм сейчас всех сожрал. Мне отец прислал клип Газманова, там строчки есть (я не фанат Газманова вообще ни разу) - "как мы можем победить, если нас легко купить, как мы можем побеждать, если нас легко продать" - вот блин да. Это про всю Россию сейчас, если не про весь мир.

[staerum.livejournal.com]

О, мы мало верим в способность людей к трансформации. Вот прямо сейчас мне пишет мой ближайший друг, про свой (наш совместный до некоторой степени) опыт последних лет, просто в тему:

[15.06.19 16:54]
За год от убежденного редукциониста к уверенному спиритуалисту, за следующий от мистика прямо в лоно церкви, но все равно постоянное ощущение опаздывающего

У него до некоторой степени уже была начальственная должность в том, чем он занимался. И он понял что он делал зря и почему прибыль не главное.

[rbs-vader.livejournal.com]

Плюсану. Иначе наука будет обслуживать только сиюминутные хотелки буржуев и заниматься генерацией бессмысленных бумажек (к чему уже практически и пришло).

[scholarpunk.livejournal.com]

А вот как "отделится" - то тут-то одни бесмысленные бумажки и останутся!..

Отличнейший пример - средневековый Китай.

[rbs-vader.livejournal.com]

Да как-то и с этим надо бороться. Придётся.
Как? А не знаю. Поумнее меня люди - и то не знают.

[scholarpunk.livejournal.com]

Но только вот без таких кавалерийских наскоков а-ля "Аааа!.. Хачю в Савецкий Саююуус!!" (ц) Вовочка.

[rbs-vader.livejournal.com]

В такой как был - не хочу. Хотя и помню много хорошего.
А в Светлое Будущее(tm) - разумеется, хочу. "А при трансгуманизме всё будет за...ись"(с)

[scholarpunk.livejournal.com]

Ога, у нас ужо отделено, ога...

Как наука от экономики отделится, так усё, науке и кирдыкъ настанет!

[staerum.livejournal.com]

Мера нужна во всем. Задача ее искать же, ну )

[rbs-vader.livejournal.com]

Не от самой экономики - прикладная-то наука никуда не денется. От хрематистики - в точности по Аристотелю, да-с. А многие эти понятия путают, от чего делают мне крайне печально.

[scholarpunk.livejournal.com]

У Аристотеля и у мухи-то - четыре ноги было!.

[rbs-vader.livejournal.com]

А не восемь? (Так-то понятно, что шесть).
Однако ж "плохую" экономику от "хорошей" он вполне отличал.
В пределе вопрос же звучит так - "должна ли наука служить людям?"
И ответ мой простой: разумеется, должна. Но людям, а не единицам сверхбогачей.

[levgilman.livejournal.com]

Читал разоблачение. Что на самом деле Аристотель пишет лишь об одном экзотическом виде мух, известном с чужих слов.
Зная людей и общество, можно предположить и то, и другое.

Живые клетки

[vida-louca.livejournal.com]

Слушал недавно начало лекции профессора Савельева об искусственном интеллекте от апреля 2019 года, размещённой на ЮТубе. Впечатлило его замечание, что нейроны могут существовать только в неравновесном состоянии. Иначе они теряют "память", погибают и что-то ещё.
Поэтому вопрос: "В каком состоянии вы в лабе изучаете эти плюрипотентные клетки? Заботитесь ли вы об их окружении? Или это какая-то питательная среда и всё?"
А "заметание под ковёр" неудобных результатов имеет место в любой естественно-научной области. У нас в физике тоже есть.

[victor-chapaev.livejournal.com]

Тем, он да

[vashu11.livejournal.com]

Программисты тоже часто получают невозможные результаты: умножение 2 на 2, бросающее исключение, программы не выводящие результат несмотря на введенную команду, компьютеры говорящие тебе "Привет, Дэйв".

Сначала подозреваешь чудовищные ошибки компилятора / процессора / операционки одновременно. Только при тщательном расследовании^D^D^D^D^D^D потом зог промывает мозги и все оказывается очень скучным и понятным.