(no subject)
Jun. 12th, 2017 08:46 am![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
aridmoorsИнтересная штука про помидоры в комментах к предыдущему посту. Про то, что если мы улучшаем какой-то признак у растений (или у человека) путем генетических манипуляций, то нам придется за это платить - какой-то другой признак пострадает.
У меня на этот счет такое мнение. Представьте детский конструктор. Если ребенок будет с ним играть, он сможет, при хорошем раскладе, собрать 10-20 различных комбнаций осмыленных предметов. Если конструктор детский, то количество осмысленных ("хороших, функциональных") предметов будет ограничено тремя факторами: а) количеством деталей конструктора, б) знаниями ребенка о том, какие детали можно собирать вместе, и в) фантазией ребенка (способностью вообразить, какой конечный предмет он желает получить). В случае детского конструктора самый ограничивающий фактор из этих - а. Ребенок в конце концов выучит все возможные комбинации, и не будет ограничен в знаниях, а с фантазией как правило у всех более или менее нормально.
Если же мы ребенку дадим гипотетический взрослый конструктор (в котором количество деталей исчисляется десятками тысяч - как гены в организме), то самым ограничивающим фактором автоматически станет б. Сколько бы ребенок ни пытался выучить количество возможных комбинаций, у него все равно останется потенциал для улучшения, т.к. если деталей десятки тысяч, то возможных комбинаций там практически бесконечное количество (если учесть, что мы складываем не 1+1, а можем комбинировать группы).
Я думаю, что современные генетики, методом тыка пытающиеся улучшить помидоры, вышибая или вставляя по одному гену - это как раз такой ребенок, которому дали взрослый конструктор. Мы практически ничего не знаем, что с чем можно комбинировать. У нас есть фантазия, но деталей в конструкторе столько, и нам настолько ничего о них неизвестно, что мы можем собрать из них в лучшем случае кубик или колечко. Мы не можем собирать осмысленные предметы даже.
Но мне кажется, что там настолько бесконечные возможности, и настолько огромный потенциал, что беспокоиться о том, что за изменение какого-то признака придется платить - бессмысленно. Ну да, может быть если один какой-то ген вышибить или добавить, то в этот конкретный истоический момент в этом конкретном помидоре может быть, придется платить. Но это не значит, что нельзя создать помидор, в котором платить будет не надо. Мы же не знаем, что мы можем! А в природе, с таким количеством деталей, по-моему, возможно всё.
Я вчера ходила в осакский океанариум, там взяла гида на английском языке, так блин... у меня главная гигантская мысль была: В ЭТОМ КОНСТРУКТОРЕ НЕТ ОГРАНИЧЕНИЙ... можно не только новые зубы выращивать на месте выпавших, как у скатов, можно блин сделать бесконечно растущие зубы!!! Которые можно подтачивать, как мы состригаем ногти!!! Как у капибары. Да можно ВСЁ... если бы только знать...
У меня на этот счет такое мнение. Представьте детский конструктор. Если ребенок будет с ним играть, он сможет, при хорошем раскладе, собрать 10-20 различных комбнаций осмыленных предметов. Если конструктор детский, то количество осмысленных ("хороших, функциональных") предметов будет ограничено тремя факторами: а) количеством деталей конструктора, б) знаниями ребенка о том, какие детали можно собирать вместе, и в) фантазией ребенка (способностью вообразить, какой конечный предмет он желает получить). В случае детского конструктора самый ограничивающий фактор из этих - а. Ребенок в конце концов выучит все возможные комбинации, и не будет ограничен в знаниях, а с фантазией как правило у всех более или менее нормально.
Если же мы ребенку дадим гипотетический взрослый конструктор (в котором количество деталей исчисляется десятками тысяч - как гены в организме), то самым ограничивающим фактором автоматически станет б. Сколько бы ребенок ни пытался выучить количество возможных комбинаций, у него все равно останется потенциал для улучшения, т.к. если деталей десятки тысяч, то возможных комбинаций там практически бесконечное количество (если учесть, что мы складываем не 1+1, а можем комбинировать группы).
Я думаю, что современные генетики, методом тыка пытающиеся улучшить помидоры, вышибая или вставляя по одному гену - это как раз такой ребенок, которому дали взрослый конструктор. Мы практически ничего не знаем, что с чем можно комбинировать. У нас есть фантазия, но деталей в конструкторе столько, и нам настолько ничего о них неизвестно, что мы можем собрать из них в лучшем случае кубик или колечко. Мы не можем собирать осмысленные предметы даже.
Но мне кажется, что там настолько бесконечные возможности, и настолько огромный потенциал, что беспокоиться о том, что за изменение какого-то признака придется платить - бессмысленно. Ну да, может быть если один какой-то ген вышибить или добавить, то в этот конкретный истоический момент в этом конкретном помидоре может быть, придется платить. Но это не значит, что нельзя создать помидор, в котором платить будет не надо. Мы же не знаем, что мы можем! А в природе, с таким количеством деталей, по-моему, возможно всё.
Я вчера ходила в осакский океанариум, там взяла гида на английском языке, так блин... у меня главная гигантская мысль была: В ЭТОМ КОНСТРУКТОРЕ НЕТ ОГРАНИЧЕНИЙ... можно не только новые зубы выращивать на месте выпавших, как у скатов, можно блин сделать бесконечно растущие зубы!!! Которые можно подтачивать, как мы состригаем ногти!!! Как у капибары. Да можно ВСЁ... если бы только знать...
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2017-06-12 12:35 am (UTC)Моя позиция на сегодняшний день такова: каждый ген влияет на весь фенотип в целом, но может иметь более или менее явное выражение в определенных признаках.
Попросту говоря - гены - не кубики, потому как от того как гены взаимодействуют может полностью поменяться получающаяся фигура, даже если гены одни и те же.
Фенотип в данном случае - эмерждентное свойство генотипа, он не следует напрямую из набора наличных генов.
И количество деталей тут ни при чем)))
no subject
Date: 2017-06-12 03:44 am (UTC)Я писала так, чтобы было проще понять. С моей точки зрения конструктор у нас даже еще сложнее, чем просто гены. Там еще надо принимать во внимание, что у одного и того же гена может быть еще туча фичей, начиная от альтернативного сплайсинга и заканчивая посттнарнсляторными модификациями. Но это же делает конструктор только сложнее и интереснее! Это совершенно не значит, что мы не может понять, как он работает, и строить из него то, что нам нужно.
Эмерджентное-эмерджентное... не верю я в эту эфемерную терминологию. В итоге все равно любой ген - это конкретная молекула, которая в результате дает очень конкретный конечный набор клеточных протеинов с определенными функциями. Я сужу по своим силиям. До того, как стало известно, что такое силии, гены, которые отвечают за их построение, тоже давали такой вот "эмерджентный фенотип". Ну грубо говоря, если вышибить там, скажем, INPP5E, то в результате у нас как бы ломалось много всего сразу - появлялись проблемы с дыханием, гипотония, проблемы с балансом, атаксия и прочее, и называлось все это "синдромом".
Зато когда стало ясно, что такое INPP5E, и что он ломает силии, то тут-то и стало понятно, что аааааа, вот оно чё михалыч! Просто во всех клетках, где есть силии в которых этот протеин функционирует, получают вот такие-то косяки.
Как бы, проблема прогнозирования нужного фенотипа на основании знаний о том, какие протеины делаются - это вопрос времени. Но, конечно, без AI и machine learning не обойтись будет.
no subject
Date: 2017-06-12 11:31 am (UTC)Вот Вы говорите "конструктор" и сразу представляются дискретные блоки, определяющие дискретные признаки в конструкции. Я говорю - нет, они не определяют дискретные признаки, а определяют всю конструкцию, отдельные ее части в большей степени, другие - в меньшей, но всю. Конструкция (у разных организмов - в разной степени; это то, что известно под степенью мозаичности) не выводится напрямую из наличных кубиков. Там возникает совсем другой уровень сложности, не столько из-за количества дискретных генов, сколько из-за взаимодействия самих генов и их продуктов на разных уровнях организации, которые (уровни сложности) не выводятся однозначным образом из списка наличных генов.
Вы наверно помните созданный Вентером первый синтетический организм, у которого оказались необходимыми гены, отвечающие непонятно за что. http://www.sciencemag.org/news/2016/03/synthetic-microbe-lives-less-500-genes
И помните, наверно, я Вам давал ссылку на понятие такое - тенсегрити (https://en.wikipedia.org/wiki/Tensegrity). Мне кажется, если очень грубо, что к генам и их взаимодействиям (и к взаимодействиям их продуктов) можно попытаться это понятие приспособить. Это такая паутина, в которое все связано со всем, где-то сильнее (гуще), где-то слабее (реже). И такое внутреннее натяжение не позволяет всей структуре развалиться.
no subject
Date: 2017-06-21 07:18 pm (UTC)no subject
Date: 2017-06-21 07:33 pm (UTC)Справедливости ради напомню, что, к примеру, транскрипционные факторы связываются со своими местами посадки не по принципу все или ничего, а вероятностно, и вероятность эта зависит от степени соответствия сайта посадки и его контекста этому белку. То же касается и ферментов с их мультисубстратностью и градуальной регуляцией всем подряд, и несть числа подобному, вплоть до того, что даже традиционно железобетонно-дискретный генетический код тоже _иногда_слегка_мажет_ в процессе функционирования.
Соотв., дискретной регуляции на самом деле нету, есть аналоговая. Это обычно мало влияет на наши построения моделей, но в философской беседе об этом надо помнить ;)
no subject
Date: 2017-06-29 11:56 am (UTC)http://batrachospermum.ru/2017/06/omnigenic-model/
no subject
Date: 2017-06-12 03:18 am (UTC)Когда она достаточно разовьётся, из прикладной биологии останется разве что медицина, ну и борьба с вредными организмами (вне, опять же, медицины это будет совсем по мелочи).
no subject
Date: 2017-06-12 03:44 am (UTC)no subject
Date: 2017-06-12 07:09 am (UTC)no subject
Date: 2017-06-12 10:53 am (UTC)no subject
Date: 2017-06-12 04:19 am (UTC)Когда в супере я покупаю совершенно новые фрукты и овощи - разработки института Вайцмана из Реховота, то испытываю одновременно и гордость, и страх.
no subject
Date: 2017-06-12 07:05 am (UTC)no subject
Date: 2017-06-12 07:59 am (UTC)no subject
Date: 2017-06-12 08:07 am (UTC)В каком супере вы отовариваетесь? Спрашиваю серьезно, хотелось бы тоже глянуть.
no subject
Date: 2017-06-12 08:14 am (UTC)no subject
Date: 2017-06-12 08:25 am (UTC)no subject
Date: 2017-06-12 04:35 am (UTC)Ключевые слова :) Как... почему... зачем... и можно ли переделать... а если да, то какие будут (и будут ли) побочные эффекты.
no subject
Date: 2017-06-12 06:03 am (UTC)Это же как программа, написанная под какую-то древнючую давно изжившую себя систему, но эта программа настолько разрослась своими костылями и заплатками, что не так-то просто взять и заменить её на другую.
Разберутся до построения моделей - нужен будет софт и хард, способные эти модели обрабатывать. Появится софт и хард - появится возможность и для построения моделей с нуля. Ну а там и до синтетической биологии недалеко. Свободной от всяких паразитических взаимозависимостей.
Впрочем, всё это в любом случае настолько сложно, что сначала придётся изобрести какой-то очень умный искусственный интеллект, а там того и гляди до порабощения человеков недалеко...
no subject
Date: 2017-06-12 07:30 am (UTC)скрестили львов с тиграми - получили огромную ленивую скотину...может быть на шубы и годно, но всё равно кормить их дорого.
создали генномодифицированной картошки, которую не ест жук, но она гниёт за месяц, как помидоры - крестьяне матерятся, им же не чипсов хотелось.
создали соевое мясо, тающее при попытке превратить его в котлеты через две недели...кормить бы им этого создателя (
создали цветных мышей...не дай бог их выпустят, а они окажутся как скрещенные пчёлы, и коты откажутся их жрать.
странные эти все игрушки. хорошо если инопланетяне сохранят вид человечество...или надоест им смотреть те забавы и сделают как крестьяне с той картошкой.
no subject
Date: 2017-06-12 10:16 am (UTC)лучше молиться, поститься и слушать радио радонеж.
no subject
Date: 2017-06-12 11:05 am (UTC)no subject
Date: 2017-06-12 07:43 am (UTC)Такой же наивный идеализм чувствуется в романах Жюля Верна. В конце 19 века казалось, что возможности механики в сочетании с ископаемой энергией безграничны. А на самом деле возможности исчерпались за 100 лет. И новое развитие пошло только после развития электроники и компьютеров. И сейчас от достижений механики отказываются: у Теслы нет дифференциала (просто представьте себе, что вы изобретаете дифференциал, я не смог) и коробки передач. У нее просто по электромотору на каждом колесе, которые управляются компьютером.
no subject
Date: 2017-06-12 10:52 am (UTC)no subject
Date: 2017-06-12 05:49 pm (UTC)Так и организмы. Они сложны, но в дело пойдут простые и надежные конструкционные элементы. Мускул сложен, но биоинженера будет интересовать только усилие, развиваемое им, скорость сокращений, потребление энергоносителя, то есть 5-6 простых механических параметров.
no subject
Date: 2017-06-12 09:10 am (UTC)Упрощенно говоря, есть те, кто занимается производительным трудом УВЕЛИЧИВАЯ количество ценностей, а есть те кто распределяют. Вот у вторых в голове засело, что если кому то дали - значит у другого станет меньше.
Дурь все это, достаточно посмотреть на эволюцию, постепенно организмы становятся всё сложней и эффективней. И это прекрасно!
no subject
Date: 2017-06-12 11:03 am (UTC)эффективные и разнообразные новые болезни, от которых нет лекарств.
и самое эффективное бактериологическое оружие, ваще наше всё.
no subject
Date: 2017-06-12 12:25 pm (UTC)no subject
Date: 2017-06-12 12:26 pm (UTC)no subject
Date: 2017-06-12 03:00 pm (UTC)> протеинов с определенными функциями
Какая дает, а какая и не дает!.. Вот, микроРНК там всякие, а там (самый примитив прпивожу) энхансеры-сайленсеры - это хто?
no subject
Date: 2017-06-13 06:36 am (UTC)no subject
Date: 2017-06-13 10:28 am (UTC)мне кажется, вы правы, что идея свободного программирования/конструирования генома оставляет все эти вещи далеко позади. и что не умеем мы ни хрена тоже, и всё важное в этой области - дело будущего.
post
Date: 2017-06-15 02:58 pm (UTC)Не пиши, читай...
Date: 2017-06-17 01:31 pm (UTC)