(no subject)

[aridmoors]

С точки зрения генетика природа не знает слова "невозможно". Если вы скажете природе "невозможно увеличить продолжительность жизни в тысячу раз", она засмеется вам в лицо и поставит в один ряд для вашего обозрения червя-нематода и кита. Вы скажете: "ну хорошо, но все равно - против термодинамики не попрешь, все на свете разрушается и стареет, жить без старости невозможно!" - природа засмеется и даст вам гидру и черепаху.

Нельзя жить без рака? Ха, да пожалуйста! Голый землекоп.
Нельзя вернуться обратно в молодость? Да ничего проще, вот вам медуза.

Так почему же мы до сих пор не знаем, как все это делается? Ведь все это написано черным по белому в том самом коде жизни, который открыли еще 70 лет назад!

Ответ, если кратко, заключается в том, что у нас 1) мало компьютерной мощности и грамотности для того, чтобы как следует проанализировать различия между видами - до сих пор биологи вместе с программистами с большим трудом анализировали различия максимум между здоровым и больным представителем одного и того же вида, где разница в генетическом коде мизерная. Для анализа огромных межвидовых различий потребуются гигантские усилия сотен программистов и анализ с помощью машинного интеллекта; и 2) мы не знали, что анализ более долгоживущих особей одного вида не приведет к открытию генов, отвечающих за разницу межвидового уровня (т.е. разницу в десятки, сотни и тысячи раз).

Это не было очевидно. Это если сейчас так сказать, то вы подумаете - ну блин, неужели не очевидно, что если хочешь понять, почему птица живет 5 лет, а человек 85, то и надо анализировать разницу в генах птицы и человека! А на самом деле абсолютно не факт, что нельзя найти гены долголетия, сравнивая геномы людей, которые живут мало, с геномами людей, которые живут долго. А сравнивать человека с человеком чисто технически намного проще.

Поэтому так исторически сложилось, что у нас есть огромный массив данных, показывающих, как немноооожечко увеличить продолжительность жизни одной особи, всячески изворачиваясь. И ни одной догадки о том, что же все-таки отвечает за такую вопиющую разницу между мышью (2 года) и человеком (100 лет).

Что нужно, чтобы эти догадки появились? Нужен грамотный программист. Очень грамотный, лучше гениальный. И не один, а команда. И чтобы он знал, как анализировать код. Как сравнить терабайты и терабайты кода так, чтобы выудить оттуда что-нибудь значимое - притом, что никто не знает, что именно надо выуживать. Какие именно различия. Никто вам это не может сказать. Никто этого не знает. Задача - пойди туда не знаю куда, принеси то не знаю что. На гения.

В итоге у нас должен быть список генов. Тех, которые реально отвечают за разницу в продолжительности жизни. Между видами.
Кто может это сделать? Любой. Все эти геномы в открытом доступе. Умеешь программировать - садись, работай, если сможешь.

Comments

[mss-mila.livejournal.com]

Но между видами есть тысячи отличий. Как бы между черепахой и человеком продолжительность жизни не единственное и даже не главное, и в общей массе уже не важное. Как их привязать к продолжительности жизни? И главное зачем? А если для этого нужно будет стать хладнокровным, асоциальным и рожающим яйца?

[aridmoors.livejournal.com]

Вот в этом-то все и дело. Я и говорю: никто не знает, что именно отвечает за разницу между черепахой и человеком. Никто не знает даже примерно, где это искать. Отличий, как вы правильно заметили, между видами есть тысячи и тысячи. И только очень гениальный программист (возможно, только искусственный интеллект) может посмотреть на ВСЕ эти отличия так, чтобы прозреть и сказать: ах вот ты где спрятался, комплекс генов продолжительности жизни! Потому что то, что увидит обычный, не гениальный программист - это действительно, тысячи отличий, среди которых никто не знает, какое важное, а какое неважное.

То, кстати, что вы говорите - "для этого надо рожать яйца" - совершенно не факт, что надо. Природа, как я уже сказала, не знает слова "невозможно". Правда в том, что мы ВООБЩЕ не знаем, что отвечает за разницу в продолжительности жизни. То есть, вообще. Может быть, для этого надо рожать яйца. А может быть, не надо. Никто не знает.

Как пример: некоторое время считалось, что размер важен. Что мол, корреляция с размером. А сейчас все больше и больше открывают исключений из этого правила. Тот же голый землекоп, размером с мышь, живет в 15 раз дольше мыши. В пятнадцать(!!). Это как если бы внезапно открыли человека, прожившего 1500 лет.

[cheytobot.livejournal.com]

Проблема ещё в том, что как-то, ну по крайней мере в общественном сознании, нет понимания того, что человек в частности или любой организм вообще - не есть центр мироздания.

Гены бессмертны, генная линия не прерывается. То есть, вопрос бессмертия в общем-то давным-давно решён. А вот то, что организм-носитель этих генов отшелушивается, отжив своё - так никого же не удивляет, что у нас выпадают волосы, сшелушивается кожа. А ведь это тоже - клетки, живые организмы.

Генам не надо бессмертного организма-носителя, чтобы успешно продолжаться. Возможно, он им даже мешает. Но скорее всего им просто пофигу, по большому счёту. Поэтому вопрос бессмертия может не быть зарыт в каких-то генах вовсе, а может быть от обратного - комплекс всех остальных генов действует так, что постепенно накапливается старение, но это не цель, а лишь побочный эффект, который терпим и допустим в обмен на что-то другое, что там эти гены кодируют.

[aridmoors.livejournal.com]

Старение - согласна. Но продолжительность жизни однозначно задана в генах, т.к. она целенаправленно больше для одних видов, чем для других (это необходимо для их выживания).

[(Anonymous)]

Во первых сам феномен старения и умирания способствует прогрессу и выживаемости вида, не даром говорят, что новые идею побеждают исключительно через отправку на кладбище носителей предыдущих идей.

Во вторых есть вполне обоснованное мнение, что ДНК это не программа "создания" организма, а инструмент для этого создания. А значит с высокой долей вероятности изменяя гены нельзя сколько нибудь существенно отодвинуть старость.

[aridmoors.livejournal.com]

Непонятно, что вы имеете в виду под "ДНК - это инструмент, а не программа", и как вы от этого переходите к утверждению, что нельзя, изменяя гены, отодвинуть старость. Дайте более развернутое объяснение.

[andresol.livejournal.com]

Даже если ответ в генах, есть ли у нас достаточно полные геномы, чтобы этот ответ обнаружить? Может оказаться, что одномерной последовательности ACGT недостаточно. Важна упаковка генов, минорные основания (типа 5-метилцитозина), которые сейчас не секвенируются. Но если найдут с тем, что уже есть, я буду только рад.

[aridmoors.livejournal.com]

Да, я думаю, что вопрос может оказаться нетривиальнее, нежели просто комплекс генов. Но по крайней мере найти бы хотя бы участки ДНК, какие конкретно важны.

[frozen-cat.livejournal.com]

>> И ни одной догадки о том, что же все-таки отвечает за такую вопиющую разницу между мышью (2 года) и человеком (100 лет).

"У какого млекопитающего больше всего серцебиений в течение жизни ?:

Кхм, немного фактов:
"Общий показатель сердечных сокращений у двух этих видов млекопитающих на удивление схож: 439 миллионов у землеройки и 421 миллион у кита. Сравните сердце среднего человека: при семидесяти двух ударах в минуту на протяжении шестидесяти шести лет оно в общей сложности отстучит 2,5 миллиарда раз."

[cdf-easy.livejournal.com]

Это было бы ответом на вопрос старения, если бы все люди умирали от отказа сердца, с гладкой кожей и ясным мозгом.

[vsparrow.livejournal.com]

очень нравятся эти ребята, да: https://ru.wikipedia.org/wiki/Пренебрежимое_старение

только их всё равно кто-нибудь съедает. Вот в чем засада.

[razorbck.livejournal.com]

А каких чудес вы ждете от программистов? Даже если их миллион и все гениальные? Гениальный программист может придумать гениальный алгоритм решения задачи, но сформулировать ему эту задачу должен гениальный биолог.
Если бы хотя бы каждый ген отвечал за что-то конкретное, можно было бы искать таковой. Но, насколько я понимаю, это совершенно не так и один и тот же ген влияет на дофига всего, причем у разных видов на разное, а на один признак влияет множество генов и тоже по-разному у разных видов. А программисты про эти зависимости знают чуть меньше, чем ничего.

[aridmoors.livejournal.com]

Наверное, чтобы сформулировать задачу как следует, надо сесть вместе с этим программистом вместе, чтобы по ходу дела дообъясневывать. Но если кратко, то задача заключается в том, чтобы взять полные геномы всех доступных видов, рассортировать по продолжительности жизни (это уже сделано) и попытаться найти такие общие знаменатели (общие последовательности), которые бы относились именно к продолжительности жизни и ни к чему больше.

Не надо искать конкретные гены, надо просто искать любые последовательности - вот что найдете, то найдете. Тут сложность в том, чтобы это изолировать от посторонних зависимостей. То есть это как-то надо сортировать, сортировать - я не знаю, я не спец. Могу привести только пример работы, которую уже один раз сделали, но не со всем геномом, а только с митохондриальным, и нашли(!) таки зависимость:

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1474-9726.2007.00349.x/epdf


Now, в биологии программистские работы такого типа встречаются очень часто, и главное в них (с точки зрения меня, как биолога, т.е. непрофессионала) - это то, что я знаю, что другие программисты будут это же самое делать по-другому. Ну вот я и говорю: важно, чтобы как можно больше людей взялось и сделало вот это же самое, но еще и еще круче с точки зрения программирования. Чтобы потом можно было найти зависимости, подобные той, которая дана по ссылке.

[aridmoors.livejournal.com]

А, увидела. Имхо, все равно это не делает их менее резистентными. Кроме того, дофига многоклеточных животных (не-mammals), у которых рака не бывает. Мне кажется, будут открыты mammals без рака еще.

Но в целом да, рак - это такая штука, которая проистекает из самой эволюции, так что она в каком-то смысле свойственна жизни.

[zlyuk.livejournal.com]

знаете, это примерно как искать объяснение тому, почему феррари круче чем фиат, при помощи спектрального анализа поверхности автомобиля. теоретически, можно даже найти какие-то зависимости. на самом деле - даже исследовательский вопрос не поставлен как следует.
что бы мы (вы) посчитали за объяснение?
кстати, видимо, ни голый землекоп, ни акула от рака не защищены.

[aridmoors.livejournal.com]

Почему же это поверхности, когда нам известно, что именно ДНК отвечает за приобретение признаков?

Для программиста это - найти участки ДНК.

Для биолога задача - это выявить экпериментальным путем (т.е. проверяя то, что дал программист, тот список) минимальный набор этих участков, вставив которые в геном мыши, мы получим мышь, живущую 30, 100, 500 лет.

иммортологически бухтя...

[scholarpunk.livejournal.com]

"Если вы скажете природе "невозможно увеличить продолжительность жизни в тысячу раз", она засмеется вам в лицо и поставит в один ряд для вашего обозрения червя-нематода и кита. Вы скажете: "ну хорошо, но все равно - против термодинамики не попрешь, все на свете разрушается и стареет, жить без старости невозможно!" - природа засмеется и даст вам гидру и черепаху.

Нельзя жить без рака? Ха, да пожалуйста! Голый землекоп.
Нельзя вернуться обратно в молодость? Да ничего проще, вот вам медуза."

Да они издеваются!..

[aridmoors.livejournal.com]

Эээ... классифицированы.
Дело в том, что в зависимости от того, как конкретно вы подойдете к этой задаче, вы можете захотеть выкинуть какие-то геномы (чтобы не загружать), но взять другие. Так обычно делают. Как я поняла, потому, что когда начинают че-то находить (работа же трудная, огромная), то начинают свои алгоритмы как-то модифицировать. Поэтому каждый сортирует сам. Но если хочется взять какой-то готовый список, то надо заходить в google scholar и там искать отдельные работы, которые уже рассортировали для своего анализа, и брать как у них. Конкретно в этой теме я не специалист и особо не искала.

Как пример (я выше в комменте написала) вот работа:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1474-9726.2007.00349.x/epdf

Сами геномы можно брать в NCBI (раздел "геномы").

[staerum.livejournal.com]

Проблему эмерджентности решить очень трудно. Казалось бы - все элементы таблицы менделеева на ладони, а сверхпроводника для комнатной температуры все нет.

post

[livejournal.livejournal.com]

User vladimir_krm referenced to your post from post (http://vladimir-krm.livejournal.com/3499775.html) saying: [...] Оригинал взят у в post [...]

[aalitvin.livejournal.com]

Нудануда. Гений прийде - порядок наведе. Ога.

"Прах ты и в прах возвратишься"

[aridmoors.livejournal.com]

Вообще-то работа программиста - это только начало.

post

[livejournal.livejournal.com]

User sokura referenced to your post from post (http://sokura.livejournal.com/9073846.html) saying: [...] нал взят у в post [...]

[evgeniirudnyi.livejournal.com]

В 2009 году Руперт Шелдрейк решил таки выяснить, когда же можно будет из ДНК узнать детали организма. На этом пути он подбил Льюиса Вольперта на спор. Последний после ряда колебаний сделал заключение, что «к 1 мая 2029 года, имея геном оплодотворенного яйца животного или растения, мы будем в состоянии предсказать, по меньшей мере в одном случае все детали организма, который разовьется из этого яйца, включая дефекты». Спор заключен в рамках Королевского общества, на которое возложена ответственность решить в 2029 году кто же выиграл спор.

Делайте ставки. До 2029 года осталась совсем немного.

[aridmoors.livejournal.com]

Я понимаю, что он имел в виду, но имхо, его задача сводится к двум вариантам: она либо уже решена, либо некорректно сформулирована и не может быть решена никогда.

Потому что что значит "иметь геном оплодотворенного яйца"? Это значит иметь последовательность ДНК этого яйца. Что значит иметь последовательность ДНК? Это значит иметь текстовый файл на 3 терабайта, который руками ты никогда не прочитаешь. Следовательно, как именно мы будем искать по нему, какие там гены? Правильно, сравнивая его с датабазами уже имеющихся геномов. Это можно сделать уже сейчас, т.е. мы уже сейчас можем сказать - "о, эта последовательность на 99,9% совпадает с последовательностью курицы, значит это курица".

Но мне не кажется, что он это имел в виду. Мне кажется он хотел сказать, что мы сможем понять, какие именно гены за что именно отвечают. Но это никогда не сможет быть известно из последовательности ДНК в том смысле, в каком он это сформулировал - "мы будем иметь последовательность и сможем предсказать все детали организма", потому что мы никогда не сможем посмотреть на эту последовательность. Мы всегда будем вынуждены анализировать ее только компьютерными методами, а компьютерный анализ - это всегда сравнение с уже имеющимися данными, даже в случае моделирования.

[link0ff.livejournal.com]

Занимался я программами генетиков (приделывал к ним интерфейс). Какое убожество! Такой же стиль, как у начинающих программистов. Вот и ясен корень проблемы: генетики сами очень плохие программисты, а толковых программистов они близко не подпускают, наверное, для них это унизительно передать свою работу тому, кто сделает ее лучше.

[aridmoors.livejournal.com]

Естественно, генетики не программисты. Наоборот, ищут программистов, которые к ним пойдут работать.

[progzi2.livejournal.com]

наверное надо ещё эпигены под влиянием среды учитывать?
например, человеческая зигота в утробе человеческой самки VS она же в землекопе под землёй.
то есть, видимо, надо описание среды в базе данных также иметь.

[aridmoors.livejournal.com]

Нет, эпигенетику учитывать не надо. Она (по большей части) не передается по наследству и не может определять разницу в продолжительности жизни между видами. Если вы будете анализировать эпигенетику, вы получите список тех факторов среды, которые влияют на продолжительность жизни одной особи, а нам это не надо. Нам надо понять, почему разные виды живут по-разному долго.

[zyxman.livejournal.com]

Там не просто программирование нужно, а нужно железо специализированное применять - типа память 16-канальную (обычно в компьютере 2-4 канала - что не позволяет одновременно сравнивать больше 2-4 последовательностей сразу, и в результате хоть 64 ядра поставить, а все равно будет только 2-4 эффективно работать).

Ну и кстати, я как раз могу сделать это железо, но сейчас у меня нет на этот проект денег.
А если и будут деньги, не понятно зачем мне свои тратить именно на это - не вижу пока в этом такую задачу, результат которой можно было-бы продать, а зато есть другие приложения, где как раз возврат вполне виден.

[kuzia-aka-zmey.livejournal.com]

по хорошему тут сначала нужно алгоритмы понять. а потом уже под них суперкомп строить или распределенные вычисления организовывать.

Там не 16 и даже не 65536 каналов нужно будет, подозреваю.

post

[livejournal.livejournal.com]

User operblok referenced to your post from post (http://operblok.livejournal.com/97839.html) saying: [...] нал взят у в post [...]

[kuzia-aka-zmey.livejournal.com]

ИМХО тут не столько программисты нужны, сколько своя математика, которую откровенно говоря пока еще только нащупывают в обработке больших объемов данных. И не факт что нащупывают именно ее, а не просто смотрят в нужном направлении.

И задачи нужно на мой взгляд ставить пока что более простые (ну как простые, там только формулировка будет на монографии).

А то пока с точки зрения математики это выглядит: найди мне то не знаю что, там не знаю где, вот карты мира отсортированные по размеру и ни в чем себе не отказывай. ;-)

Т.е. тут имхо опять же как с ИИ. максимально сложная задача звучит как описание простого теста (том самый тьюринговский), а все что по пути имеет огромную сложность.

Ну или как с теоремой Ферма Утверждение на 8 знаков и несколько только направлений в математике в процессе его доказательства.

[aridmoors.livejournal.com]

Ну да, я поэтому и думаю, что вообще-то надо садиться вместе с программером (если он один) и объяснять ему, где ты думаешь надо искать. Как в том случае с митохондриальным геномом они искали целенаправленно только в митохондриях. Так еще как-то можно.

А для решения большой задачи, действительно, надо что-то гораздо более мощное - новую математику, новую эру компьютеров. Оно туда двигается, и оно туда дойдет.

Скульптура создается так: берется кусок мрамора, и отс

[livejournal.livejournal.com]

User marafonec referenced to your post from Скульптура создается так: берется кусок мрамора, и отсекается все лишнее... (http://marafonec.livejournal.com/3272961.html) saying: [...] нал взят у в post [...]

Re: Скульптура создается так: берется кусок мрамора, и о

[oleg berezin (from livejournal.com)]

Кстати, давно хотел поинтересоваться - а вы каким софтом свои биологические работы обрабатываете? Ну, статистика там, и все такое. R, питон, что-то проприетарное? Или эксель банальный?

[knyasa-o.livejournal.com]

как что так программисты сразу.

[levgilman.livejournal.com]

Виды надо сначала искать такие, для которых большое увеличение долголетия - предположительно результат быстрой адаптации по сравнению с близкими видами. А уж если формы с разной продолжительностью жизни (притом что к короткоживущих старение обычного типа) скрещиваются и дают плодовитое потомство - тут уж можно получить расщепление инбредных линий и задача сравнительно лёгкая.

Да, а селекцию на увеличение/уменьшение долголетия пробовали? Причём на уменьшение лучше не напрямую, а через отбор на ускоренное созревание (не только половое, а по всем показателям) - повидимому, это со старением механистически сопряжено.

[aridmoors.livejournal.com]

Хм... скрещивание... я не знаю, насколько технически реально скрестить голого землекопа с волосатым, например. У людей гигантские проблемы чтоб вообще содержать голых землекопов. Но да, как идея - интересно.

А как вы себе представляете селекцию на долголетие, объясните? Вопрос весьма нетривиальный. Представьте, что у вас есть 3 пары мышей. Мышь живет 2 года. Потомство дает через пару месяцев после рождения и продолжает его давать всю жизнь. Как вы себе представляете селекцию на долголетие в этой ситуации?

[diakin.livejournal.com]

Да все уже эта.. открыли уже!
Надо где-то затариться GDF-ом...
---------------
Научные сотрудники из Университета Джорджии определили, что на процесс старения, а также на склонность к хроническим недугам, напрямую влияет наследственность и гены человека.
Авторы работы говорят о том, что они смогли разъяснить, почему в одной семьей почти все доживают до глубокой старости, а в другой, наоборот, умирают до шестидесяти лет. В этом виноват гормон GDF11. Эксперимент осуществили на лабораторных грызунах, с помощью которого удалось понять, что у животных, которым дополнительно вводили ген GDF11, улучшилось состояние головного мозга, мышц и сердечно-сосудистой системы.
Количество указанного гормона в определенном организме зависит от определённого генотипа. Получается, что еще до того, как родится человек, можно определить, как долго он проживет.