(no subject)

[aridmoors]

С точки зрения генетика природа не знает слова "невозможно". Если вы скажете природе "невозможно увеличить продолжительность жизни в тысячу раз", она засмеется вам в лицо и поставит в один ряд для вашего обозрения червя-нематода и кита. Вы скажете: "ну хорошо, но все равно - против термодинамики не попрешь, все на свете разрушается и стареет, жить без старости невозможно!" - природа засмеется и даст вам гидру и черепаху.

Нельзя жить без рака? Ха, да пожалуйста! Голый землекоп.
Нельзя вернуться обратно в молодость? Да ничего проще, вот вам медуза.

Так почему же мы до сих пор не знаем, как все это делается? Ведь все это написано черным по белому в том самом коде жизни, который открыли еще 70 лет назад!

Ответ, если кратко, заключается в том, что у нас 1) мало компьютерной мощности и грамотности для того, чтобы как следует проанализировать различия между видами - до сих пор биологи вместе с программистами с большим трудом анализировали различия максимум между здоровым и больным представителем одного и того же вида, где разница в генетическом коде мизерная. Для анализа огромных межвидовых различий потребуются гигантские усилия сотен программистов и анализ с помощью машинного интеллекта; и 2) мы не знали, что анализ более долгоживущих особей одного вида не приведет к открытию генов, отвечающих за разницу межвидового уровня (т.е. разницу в десятки, сотни и тысячи раз).

Это не было очевидно. Это если сейчас так сказать, то вы подумаете - ну блин, неужели не очевидно, что если хочешь понять, почему птица живет 5 лет, а человек 85, то и надо анализировать разницу в генах птицы и человека! А на самом деле абсолютно не факт, что нельзя найти гены долголетия, сравнивая геномы людей, которые живут мало, с геномами людей, которые живут долго. А сравнивать человека с человеком чисто технически намного проще.

Поэтому так исторически сложилось, что у нас есть огромный массив данных, показывающих, как немноооожечко увеличить продолжительность жизни одной особи, всячески изворачиваясь. И ни одной догадки о том, что же все-таки отвечает за такую вопиющую разницу между мышью (2 года) и человеком (100 лет).

Что нужно, чтобы эти догадки появились? Нужен грамотный программист. Очень грамотный, лучше гениальный. И не один, а команда. И чтобы он знал, как анализировать код. Как сравнить терабайты и терабайты кода так, чтобы выудить оттуда что-нибудь значимое - притом, что никто не знает, что именно надо выуживать. Какие именно различия. Никто вам это не может сказать. Никто этого не знает. Задача - пойди туда не знаю куда, принеси то не знаю что. На гения.

В итоге у нас должен быть список генов. Тех, которые реально отвечают за разницу в продолжительности жизни. Между видами.
Кто может это сделать? Любой. Все эти геномы в открытом доступе. Умеешь программировать - садись, работай, если сможешь.

Comments

[mss-mila.livejournal.com]

Но между видами есть тысячи отличий. Как бы между черепахой и человеком продолжительность жизни не единственное и даже не главное, и в общей массе уже не важное. Как их привязать к продолжительности жизни? И главное зачем? А если для этого нужно будет стать хладнокровным, асоциальным и рожающим яйца?

[aridmoors.livejournal.com]

Вот в этом-то все и дело. Я и говорю: никто не знает, что именно отвечает за разницу между черепахой и человеком. Никто не знает даже примерно, где это искать. Отличий, как вы правильно заметили, между видами есть тысячи и тысячи. И только очень гениальный программист (возможно, только искусственный интеллект) может посмотреть на ВСЕ эти отличия так, чтобы прозреть и сказать: ах вот ты где спрятался, комплекс генов продолжительности жизни! Потому что то, что увидит обычный, не гениальный программист - это действительно, тысячи отличий, среди которых никто не знает, какое важное, а какое неважное.

То, кстати, что вы говорите - "для этого надо рожать яйца" - совершенно не факт, что надо. Природа, как я уже сказала, не знает слова "невозможно". Правда в том, что мы ВООБЩЕ не знаем, что отвечает за разницу в продолжительности жизни. То есть, вообще. Может быть, для этого надо рожать яйца. А может быть, не надо. Никто не знает.

Как пример: некоторое время считалось, что размер важен. Что мол, корреляция с размером. А сейчас все больше и больше открывают исключений из этого правила. Тот же голый землекоп, размером с мышь, живет в 15 раз дольше мыши. В пятнадцать(!!). Это как если бы внезапно открыли человека, прожившего 1500 лет.

[cheytobot.livejournal.com]

Проблема ещё в том, что как-то, ну по крайней мере в общественном сознании, нет понимания того, что человек в частности или любой организм вообще - не есть центр мироздания.

Гены бессмертны, генная линия не прерывается. То есть, вопрос бессмертия в общем-то давным-давно решён. А вот то, что организм-носитель этих генов отшелушивается, отжив своё - так никого же не удивляет, что у нас выпадают волосы, сшелушивается кожа. А ведь это тоже - клетки, живые организмы.

Генам не надо бессмертного организма-носителя, чтобы успешно продолжаться. Возможно, он им даже мешает. Но скорее всего им просто пофигу, по большому счёту. Поэтому вопрос бессмертия может не быть зарыт в каких-то генах вовсе, а может быть от обратного - комплекс всех остальных генов действует так, что постепенно накапливается старение, но это не цель, а лишь побочный эффект, который терпим и допустим в обмен на что-то другое, что там эти гены кодируют.

[aridmoors.livejournal.com]

Старение - согласна. Но продолжительность жизни однозначно задана в генах, т.к. она целенаправленно больше для одних видов, чем для других (это необходимо для их выживания).

[cheytobot.livejournal.com]

Тут тоже можно плясать от того, сколько нужно, чтобы было достаточно.

Типа, если мышь за год успевает повзрослеть и расплодиться, то ей и ни к чему жить 50. Если человек мало-мальски успешно может размножаться только годков с 15-16, а лучше с 20-25, то тут, понятно, нужен больший запас.

То есть, такое ограничение снизу - в принципе не важно, сколько, но не менее чем.

Сдаётся мне, смотреть надо, выстроив более-менее надёжную генетическую линию именно предков человека.

У человека есть очевидная задержка физического развития, которая нужна для развития конкретно мозга. Я не генетик, но сдаётся мне, что унаследованный нами от первых позвоночных признак ювенильности - большой мозг и глаза, тут играет важную роль. Если мозг развивается только в ювенильный период (есть ли позвоночные, которые это опровергают?), то для его всё большего и большего развития этот самый период нужно всё продлевать и продлевать. Что срок готовности к размножению несколько, э, отсрачивает. А значит, нужно и родителям пожить подольше, пока детишки дорастут. Что мы и наблюдаем.

Так вооот, хитрый план такой - строим линию предков, отслеживая растяжение детства в частности и срока жизни в целом. Корреляция тут должна быть обязательно, что чем длиннее детство, тем дольше живёт предок человека. Хотя не обязательно, что какой-нибудь дальний предок не будет совсем уж тупым, быстро созревающим, но долго живущим. Ограничение на долголетие снизу есть, но вот сверху - не факт.

Вот тут можно пытаться отсекать лишнее, надеясь добраться до конкретно наших генов, влияющих на продолжительность жизни.

А какие-нибудь медузы... Ну, они могут вовсе никакого отношения не иметь к нам с точки зрения старения-омоложения. Сколько в природе было независимых изобретений глаза. Даже вроде нервную ткань изобрели разные ветви животных независимо друг от друга. Так и стареть могут по разному совсем.

[(Anonymous)]

Во первых сам феномен старения и умирания способствует прогрессу и выживаемости вида, не даром говорят, что новые идею побеждают исключительно через отправку на кладбище носителей предыдущих идей.

Во вторых есть вполне обоснованное мнение, что ДНК это не программа "создания" организма, а инструмент для этого создания. А значит с высокой долей вероятности изменяя гены нельзя сколько нибудь существенно отодвинуть старость.

[andresol.livejournal.com]

Даже если ответ в генах, есть ли у нас достаточно полные геномы, чтобы этот ответ обнаружить? Может оказаться, что одномерной последовательности ACGT недостаточно. Важна упаковка генов, минорные основания (типа 5-метилцитозина), которые сейчас не секвенируются. Но если найдут с тем, что уже есть, я буду только рад.

[frozen-cat.livejournal.com]

>> И ни одной догадки о том, что же все-таки отвечает за такую вопиющую разницу между мышью (2 года) и человеком (100 лет).

"У какого млекопитающего больше всего серцебиений в течение жизни ?:

Кхм, немного фактов:
"Общий показатель сердечных сокращений у двух этих видов млекопитающих на удивление схож: 439 миллионов у землеройки и 421 миллион у кита. Сравните сердце среднего человека: при семидесяти двух ударах в минуту на протяжении шестидесяти шести лет оно в общей сложности отстучит 2,5 миллиарда раз."

[cdf-easy.livejournal.com]

Это было бы ответом на вопрос старения, если бы все люди умирали от отказа сердца, с гладкой кожей и ясным мозгом.

[vsparrow.livejournal.com]

очень нравятся эти ребята, да: https://ru.wikipedia.org/wiki/Пренебрежимое_старение

только их всё равно кто-нибудь съедает. Вот в чем засада.

[razorbck.livejournal.com]

А каких чудес вы ждете от программистов? Даже если их миллион и все гениальные? Гениальный программист может придумать гениальный алгоритм решения задачи, но сформулировать ему эту задачу должен гениальный биолог.
Если бы хотя бы каждый ген отвечал за что-то конкретное, можно было бы искать таковой. Но, насколько я понимаю, это совершенно не так и один и тот же ген влияет на дофига всего, причем у разных видов на разное, а на один признак влияет множество генов и тоже по-разному у разных видов. А программисты про эти зависимости знают чуть меньше, чем ничего.

[frozen-cat.livejournal.com]

Не будучи, по проф. деятельности связанный с боилогией - просто отметил ззабавное, на мой взгляд, совпадение.

[zlyuk.livejournal.com]

знаете, это примерно как искать объяснение тому, почему феррари круче чем фиат, при помощи спектрального анализа поверхности автомобиля. теоретически, можно даже найти какие-то зависимости. на самом деле - даже исследовательский вопрос не поставлен как следует.
что бы мы (вы) посчитали за объяснение?
кстати, видимо, ни голый землекоп, ни акула от рака не защищены.

иммортологически бухтя...

[scholarpunk.livejournal.com]

"Если вы скажете природе "невозможно увеличить продолжительность жизни в тысячу раз", она засмеется вам в лицо и поставит в один ряд для вашего обозрения червя-нематода и кита. Вы скажете: "ну хорошо, но все равно - против термодинамики не попрешь, все на свете разрушается и стареет, жить без старости невозможно!" - природа засмеется и даст вам гидру и черепаху.

Нельзя жить без рака? Ха, да пожалуйста! Голый землекоп.
Нельзя вернуться обратно в молодость? Да ничего проще, вот вам медуза."

Да они издеваются!..

[aridmoors.livejournal.com]

Да, я думаю, что вопрос может оказаться нетривиальнее, нежели просто комплекс генов. Но по крайней мере найти бы хотя бы участки ДНК, какие конкретно важны.

[aridmoors.livejournal.com]

Непонятно, что вы имеете в виду под "ДНК - это инструмент, а не программа", и как вы от этого переходите к утверждению, что нельзя, изменяя гены, отодвинуть старость. Дайте более развернутое объяснение.

[staerum.livejournal.com]

Проблему эмерджентности решить очень трудно. Казалось бы - все элементы таблицы менделеева на ладони, а сверхпроводника для комнатной температуры все нет.

[aridmoors.livejournal.com]

А, увидела. Имхо, все равно это не делает их менее резистентными. Кроме того, дофига многоклеточных животных (не-mammals), у которых рака не бывает. Мне кажется, будут открыты mammals без рака еще.

Но в целом да, рак - это такая штука, которая проистекает из самой эволюции, так что она в каком-то смысле свойственна жизни.

[aridmoors.livejournal.com]

Наверное, чтобы сформулировать задачу как следует, надо сесть вместе с этим программистом вместе, чтобы по ходу дела дообъясневывать. Но если кратко, то задача заключается в том, чтобы взять полные геномы всех доступных видов, рассортировать по продолжительности жизни (это уже сделано) и попытаться найти такие общие знаменатели (общие последовательности), которые бы относились именно к продолжительности жизни и ни к чему больше.

Не надо искать конкретные гены, надо просто искать любые последовательности - вот что найдете, то найдете. Тут сложность в том, чтобы это изолировать от посторонних зависимостей. То есть это как-то надо сортировать, сортировать - я не знаю, я не спец. Могу привести только пример работы, которую уже один раз сделали, но не со всем геномом, а только с митохондриальным, и нашли(!) таки зависимость:

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1474-9726.2007.00349.x/epdf


Now, в биологии программистские работы такого типа встречаются очень часто, и главное в них (с точки зрения меня, как биолога, т.е. непрофессионала) - это то, что я знаю, что другие программисты будут это же самое делать по-другому. Ну вот я и говорю: важно, чтобы как можно больше людей взялось и сделало вот это же самое, но еще и еще круче с точки зрения программирования. Чтобы потом можно было найти зависимости, подобные той, которая дана по ссылке.

[aridmoors.livejournal.com]

Эээ... классифицированы.
Дело в том, что в зависимости от того, как конкретно вы подойдете к этой задаче, вы можете захотеть выкинуть какие-то геномы (чтобы не загружать), но взять другие. Так обычно делают. Как я поняла, потому, что когда начинают че-то находить (работа же трудная, огромная), то начинают свои алгоритмы как-то модифицировать. Поэтому каждый сортирует сам. Но если хочется взять какой-то готовый список, то надо заходить в google scholar и там искать отдельные работы, которые уже рассортировали для своего анализа, и брать как у них. Конкретно в этой теме я не специалист и особо не искала.

Как пример (я выше в комменте написала) вот работа:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1474-9726.2007.00349.x/epdf

Сами геномы можно брать в NCBI (раздел "геномы").

[aridmoors.livejournal.com]

Ну хорошо, "не бывает" - так нельзя говорить. Но на этом этапе неизвестно. Всякие c.elegans, hydra, насекомые и иже с ними. Честно говоря, я не особо знаю, насколько люди вообще этим занимались - кто реально будет, скажем, долго наблюдать муравья, чтоб узнать, бывает у него рак или нет?

[aridmoors.livejournal.com]

Ээээ... я как-то тотально несогласна с тем, что там написано. В области молекулярной онкологии опухоль называется злокачественной, если она инвазивна и распространилась за пределы своей ниши возникновения. Доброкачественная опухоль (например, полип) - это опухоль, которая может образоваться, может расти, но не выказывает признаки "раковости" - т.е. не инвазивна и не пускает матестазы. Некоторые опухоли могут оставаться доброкачественными всю жизнь человека, и даже уменьшаться и исчезать. То есть само наличие размножения клеток - это еще не рак. Это во-первых.

Во-вторых, для того, чтобы опухоль можно было называть раковой, она должна пройти определенное количество ступеней, или hallmarks of cancer (http://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(11)00127-9), и это преподают в университетах на общей лекции по карциногенезу уже, то есть опухоль должна содержать не одну, не две, не три, а целую кучу мутаций, которые обеспечили бы ей те свойства, которые и делают ее раковой опухолью.

Лектор в видео сказала, что опухолей из соматических клеток нету, а опухоли из germline есть, но опухоль, как я уже сказала, не равно cancer.

[aridmoors.livejournal.com]

Ну cancer (как имеющая смысл концепция с точки зрения человека) определяется как совокупность определенных свойств клетки, которые прописаны в hallmarks of cancer. Я не знаю, в данном случае эти вещи в тех клетках присутствуют или нет (скорее всего нет).

Мы тут вступаем на скользкую почву, где можно и колонию бактерий обозвать раком на том основании, что они же размножаются и занимаются все доступное пространство. С субъективной точки зрения червя - у него, наверно, рак. С точки зрения комплексности и сложности феномена злокачественности (как он проявляется у человека) - у червя не рак, а че-то подобное бактериальной инфекции.

Наверно. Еще раз, я их не секвенировала и не проверяла. Не в курсе, секвенировал ли кто-то другой или нет.

По-хорошему надо бы мне заглянуть внимательнее на те работы, в которых рассказано про обнаружение опухолей у землекопа. Вопрос в принципе интересный - если есть опухоли, что с ними потом у землекопа происходит, имеют ли они те же способности, что и у других видов (у человека, в частности), или все-таки у землекопа настолько мощный механизм подавления рака, что эти опухоли не могут нормально развиваться все-таки. Скорее всего щас они все это будут только начинать изучать, надо будет следить.

post

[livejournal.livejournal.com]

User vladimir_krm referenced to your post from post (http://vladimir-krm.livejournal.com/3499775.html) saying: [...] Оригинал взят у в post [...]

[aalitvin.livejournal.com]

Нудануда. Гений прийде - порядок наведе. Ога.

"Прах ты и в прах возвратишься"