ковид новый африканский вариант

[aridmoors]

Че-то мне вообще не нравится все это, оно не звучит нормально. Новости (Си-Эн-Эн) начинаются тем, что репортер говорит, "новый вариант был идентифицирован в Южной Африке, в нем нашли более 30 новых мутаций". Через три минуты приглашенный ученый (или его взять в кавычки, я не знаю), сообщает, что "в отличие от полного секвенирования, которое может занять долгое время, некоторые намеки [sic!] могут получены на некоторых [sic!] ПЦР-машинах".

WTF?!

Что значит "секвенирование может занять долгое время" (нет, секвенирование не занимает долгое время, кого вы дурите?) и как, пардон, вы узнали, что мутаций "более 30", если вирус не был секвенирован УЖЕ? Что такое "намеки" (нет, я вас реально спрашиваю, ЧО ТАКОЕ "НАМЕКИ" на вирус? ЧО ЭТО?) и какие это такие "некоторые" ПЦР-машины? Что такое "некоторая" ПЦР-машина?! Они все без исключения работают по одному и тому же принципу.

Блин, я не могу. Вот как их слушать с нормальным лицом?

АПДЕЙТ
Рядом в ленте: "Новые таблетки от коронавируса оказались не такими эффективными, как ранее заявлялось."
Ой ну кто бы мог подумать, а?
Уже вообще можно телевизор не смотреть, новости не слушать и просто забить болт. Я думаю население придет к этому постепенно. “You can fool all the people some of the time and some of the people all the time, but you cannot fool all the people all the time.”

АПДЕЙТ 2
Нет, я не могу. Представьте себе инженера, который запроектировал и построил дом, и который на полном серьезе сообщает вам, собирающемуся заселиться в этот дом: "в отличие от полного расчета по структурной безопасности вашего дома, которое может занять долгое время, некоторые намеки на проблемы могут быть получены при использовании некоторых брэндов инструментария". Вы будете жить в этом доме?

Comments

[alexanderr.livejournal.com]

CNN не надо смотреть. это давно уже не новости никакие.
это 100% голая пропаганда, дубиной по башке

[aridmoors.livejournal.com]

Вот у меня такое же ощущение. Что им сказали "сделайте историю про южноафриканский вариант, пригласите кого попало с какой угодно степенью и специализацией и скажите ему чтоб он сказал то-то и то-то".

Теперь у вас не ковид. У вас "намеки" на ковид! Которые не обнаруживаются на любой машине, а только на "некоторых"...

[hexacorallia.livejournal.com]

Праймеры разные, наверное, могут показать, что есть новые мутации.

[aridmoors.livejournal.com]

Праймеры уж точно не могут показать сколько мутаций... кроме того, насколько я знаю, тестирование больных все равно делается одной парой.

Потом, на самом деле, если у нас имеется допустим праймеры 20баз каждый, и мы между ними берем отрезок (типично что купцр) в 200пар, то праймеры либо приклеются, либо не приклеются, и результат на купцр конкретно будет либо позитивный, либо негативный. Саму мутацию праймеры не покажут.

Собственно, когда клонируешь ген по-старому, с использованием ресктриктивных энзимов, праймеры могут все равно приклеиваться и амплифицировать все как надо, даже если есть различие более 3 баз. Показать, что там за мутации, есть ли они и сколько их (всего в вирусе), ПЦР не может.

Другими словами, если они заявляют с такой уж вот точностью, что даааа, новый вариант, более 30 мутаций, вирус ДОЛЖЕН был быть секвенирован.

И это все все равно не отвечает на вопрос, что за такие таинственные НЕКОТОРЫЕ МАШИНЫ, что мне например совершенно сносит башку, это какое-то идиотское заявление, полностью идиотское.

[pa3-the-dog.livejournal.com]

Получается, индустрия - нам врёт.

[strannik1.livejournal.com]

"Лучшие стоматологи рекомендуют зубную пасту YYY! Фтор, добытый из самого сердца ромашки и освежающие частицы прополиса предотвратят кариес и дадут Вам белоснежную улыбку! Только в ближайший час Вы можете купить нашу пасту по уникальной цене 99.99 рублей!"

Это из того же теста

[aridmoors.livejournal.com]

Да. Денег сделать на всех этих "вариантах ковида" можно бешеное количество. Главное заявлять о появлении нового варианта каждые полгода. Предсказываю: будут заявлять. Посмотрим, сбудется ли предсказание.

[strannik1.livejournal.com]

Да уже 2 года как.
ЮАР, Англия, Индия, опять Англия, опять ЮАР.
"Ааа, обнаружен новый, потенциально опасный штамм вируса с новыми мутациями в стране XXX!" Какой ужас!!!
Правда "новые варианты" они тысячами в любой заражённой тушке, хоть у соседки по подъезду. И, разумеется они "с мутациями". И разумеется любой "потенциально опасен", кто бы спорил.
Так что даже не врут!


На счёт полугода Вы я думаю ошибаетесь — 4 месяца, после чего на очередной плановый укол. В некоторых странах Европы уже так будет. Так что "новый ужасный" будут находить чаще.

[levgilman.livejournal.com]

Может, речь о том, что я предлагал в Вашем посте, где Вы предлагали использовать кривую рекомбинации для подтверждения, что последовательность соответствует искомой.

Я тогда предложил удалить одну нить (средство вроде должно быть), и внести вместо неё стандарт искомой последовательности. Тогда будет не просто правильная кривая рекомбинации версус неправильная, а рекомбинация версус отсутствие таковой (если вообще мусор подцепили).

Ну а в случае мутации рекомбинация будет, но кривая должна бы сильно измениться (тут не сравнение слегка различных совершенных пар нитей, а совершенная версус несовершенная).

Беря разные таргеты ПЦР, а к каждому - стандарты к разным участкам, можно приблизительно установить место мутации, так что не зная точной последовательности, можно с высокой достоверностью (plausibility) установить, если у разных пациентов мутация общая.
А если знать конкретную мутацию, то можно сделать стандарты для выявления именно её.
А "некоторые" ПЦР-машины - вероятно потому, что не каждая способна на часть нужных манипуляций. В массовом масштабе - это надо манипулировать множеством дополнительных жидкостей в сравнении с обычным ПЦР, ещё, возможно - разливать жидкость из одной пробирки (или что там используется) в несколько.

[aridmoors.livejournal.com]

Так вы разверните, народу же интересно.

[aridmoors.livejournal.com]

Я написала чушь или комментатор, которому вы отвечали? Не перепутайте.

[levgilman.livejournal.com]

А как бы Вы оценили мою версию?
С учётом того, что журналисты постоянно искажают информацию просто по незнанию контекста и наведённой рынком неаккуратности (в смысле качества журналистской работы, а не умышленного искажения), плюс то (повидимому), что не наука как институт (пусть в масштабе отдельной страны) работает с доступными ей как целому ресурсами, а отдельный учёный работает с ресурсами, доступными лично ему.

Не бойтесь обидеть меня, это не опус на рецензию.

[aridmoors.livejournal.com]

Конкретно по вашему комменту, нет, речь не шла о "кривых рекомбинации" (я думаю, вы имели в виду плавильные кривые), их не используют сейчас. Чувак в новостях имел в виду просто ПЦР (хотя я хз, что он вообще имел в виду, у меня создалось ощущение, что он ВООБЩЕ никогда не работал с ПЦР ни каких машинах, потому что заявить, что "находка может быть подтверждена на НЕКОТОРЫХ машинах" - это надо быть полным дебилом, не имеющим никакого опыта работы с ПЦР, чтобы так сказать. Никто в здравом уме, кто работал с ПЦР, такого (про "некоторые" машины) сказать просто не может. Язык не повернется.

Насчет удаления одной нити, вы действительно написали (простите) чушь, потому что при ПЦР конкретно с РНК и так создается cDNA (ssDNA=single strand DNA). Она там и так в одной нити.

///в случае мутации рекомбинация будет, но кривая должна бы сильно измениться

Бессмысленное словосочетание, не могу ничего сказать про него, понятия не имею что вы имели в виду.

///А "некоторые" ПЦР-машины - вероятно потому, что не каждая способна на часть нужных манипуляций.
Все "манипуляции" которые выполняет ПЦР-машина - это нагревание или охдаждение обзразца. Нету никаких других манипуляций. ПЦР это ОЧЕНЬ простая техника. Нагрел-охладил-нагрел. Все. Никаких супер-пупер технологий там нет. Абсолютно все машины ПЦР работают по принципу нагревания и охлаждения, все. Больше ничего.

[levgilman.livejournal.com]

Да, плавильные кривые.

"при ПЦР конкретно с РНК и так создается cDNA (ssDNA=single strand DNA). Она там и так в одной нити"
Так это же на начальном этапе. Дальше-то чередуются во времени одинарные и двойные нити, но присутствуют всегда обе (а на этапе собственно ПЦР - на обеих идёт синтез).
А я говорю о том, чтобы одну из нитей убрать в конце, когда ПЦР проводиться больше не будет. И добавить стандартную, предположительно ей комплементарную. Учтите, что я не знаю терминологию. Поймите по смыслу, чтО я подразумеваю под "стандартной". Может, этот термин зарезервирован за чем-то другим, но я-то имею в виду своё, для которого у Вас вероятно есть терминология (а может, без длинного объяснения простых вещей всё же не обойтись).


"///в случае мутации рекомбинация будет, но кривая должна бы сильно измениться

Бессмысленное словосочетание, не могу ничего сказать про него, понятия не имею что вы имели в виду."

Судя по предыдущему, Вы просто не поняли контекста. Вот есть плавильная кривая последнего цикла, по которой, как Вы говорите, можно различить последовательности. А если рассматривать не последний цикл ПЦР, а этап после той манипуляции, которую я предлагаю. Полимеразная реакция отключена (способ не должен составлять проблему), при изменениях температуры идёт просто склейка-расклейка имеющихся нитей - целевой и стандартной. Если между ними есть mismatch, это должно заметно сдвинуть кривую плавления.

Что касается машин, то я не знаю реалий, но почему не предположить манипуляторы широкого спектра применения, для которых ПЦР - лишь одно из многих применений (и соответственно не упроминается в названии машины)? Никаких супертехнологий, просто капать в сосуды, перемещать сосуды (если надо), задавать температуру. В конце - несколько дополнительных манипуляций с жидкостями из нескольких дополнительных резервуаров.
Не знаю, насколько Ваш опыт позволяет исключить применение таких машин.

Причём два разных вопроса: один - можно ли это сделать (и есть ли выгоды в сравнении с секвенированием), и другой - можно ли предположить, что в передаче имеется в виду что-то подобное.

Вот исчерпывающий (вроде бы) список причин, по которым моя версия (в любом из указанных вопросов) может быть негодной:

1. Несоответствие техническим реалиям (в смысле только машин). Если эта причина единственная, соответственно возникает идея такие машины создать (ничего прорывного).

2. Уже упомянутая возможная невыгодность в сравнении с секвенированием.

3. Несоответствие физическим данным - вроде бы, можно допустить в единственном пункте: если одиночный mismatch не сдвигает достаточно заметно плавильную кривую.

4. Недостаточность молекулярного инструментария (или его дороговизна). Всего-то надо:
а. Выключить механизм ПЦР (проблемы с этим маловероятны)
б. Иметь нуклеазу, делающую ник на одной нити в специфической последовательности, каковая должна быть в праймере (он соответственно удлинён, чтобы вместить и эту последовательность, и если надо, неспецифический участок для посадки этой нуклеазы)
в. Иметь нуклеазу, которая гидролизирует всю нить от ника и далее (в нужную сторону), оставив вторую нить обнажённой. Если надо, добавить комплемент того, что осталось по другую сторону ника (и провести дополнительный цикл повышения температуры, на этапе, когда ник сделан и создавшая его нуклеаза больше не нужна, а вторая нуклеаза ещё не добавлена).
Это не единственный вариант (речь о п.4), но в других более мутное пространство поиска вариантов, и выше вероятность, что в тех направлениях решения действительно нет.

[levgilman.livejournal.com]

Я на этот коммент давно ответил, но Вы тогда явно не могли ответить на это. ЧтО бы Вы сказали сейчас?

[aridmoors.livejournal.com]

Простите пожалуйста, болезнь, работа, я могла не заметить. Повторите что вы хотели сказать, пожалуйста.

[levgilman.livejournal.com]

Вот начало треда, в котором мы сейчас:
https://aridmoors.livejournal.com/793355.html?thread=15982091#t15982091
Там увидите мой длинный коммент, на который ещё не отвечали.

Вы смотрите уведомления о комментах в сообщениях самого ЖЖ, не на почте, и поэтому не видите на чтО был коммент?

[aridmoors.livejournal.com]

я смотрю в основном в почте поэтомку почти ничего не вижу

[levgilman.livejournal.com]

Так наоборот же, в посте есть текст коммента, на который был ответ, и ссылка на начало треда — в сообщениях ЖЖ этого нет.

[alex_dragon]

Эта музыка будет вечной
Если я заменю батарейки
©Наутилус-Помпилиус

[aridmoors.livejournal.com]

Хм. Я думаю, не будет вечной. Как там цитата точная, кто помнит? "Можно врать некоторым людям все время, можно врать всем людям некоторое время, но нельзя врать всем людям все время". Че-то такое.

[alex_dragon]

Ну не знаю. Пока что конца и края этому не видно. Мне так сдаётся, что эту тему перебить может только что-то ещё более ядрёное. И боюсь, в самом буквальном смысле — типа кто-нибудь кого-нибудь ядерным зарядом долбанёт. Вот тогда всё станет совсем не понарошку. А если нет — пока Китай со Штатами в войне не сцепился, сложно придумать какой-то раздражитель. Вон, что выстрелит именно эпидемическая тема, никто не ждал. Чего угодно ждали ещё пару лет назад — прилёта инопланетян, победы жёлтых жилетов, но только не этой вирусной аферы.

[az-from-belarus.livejournal.com]

Если время от времени вранье торжественно называть враньем и опять же торжественно искоренять, внедряя вместо отвергнутого вранья вранье новое, объявляя его правдой... То этим можно заниматься бесконечно. Пока все не умрут и некому будет сочинять вранье и некому будет ему верить.
Да, некоторая часть людей будет иметь иммунитет к вранью. Но эта часть ничего не решает. Вранье всегда ориентировано на верование и поддержку широких масс, а с ними все проходит хорошо.
Ну, весь 20-й век и прошедшую часть 21-го это очень хорошо просматривается и подтверждается знакомыми очевидцами, если внимательно слушать. А еще какую-то часть этого времени имел возможность наблюдать лично это чередование вранья.

[dennab.livejournal.com]

Просто нужна новая истерика, а то народец на прошлый коронавирус уже болт положил.

[aridmoors.livejournal.com]

100%.

[bisey]

Насколько я знаю, Вы - микробиолог, при этом работаете именно в науке.
Я вообще не представляю, как Вы эту всю хрень слушаете.

[aridmoors.livejournal.com]

Как-как... высоко задрав бровь)))

[strannik1.livejournal.com]

Ну у нас в русском ЖЖ есть деятели из ВОЗ и профессора по биологии-медицине, которые на полном серьёзе весь этот цирк "мы все умрём, больницы переполнены, морги не справляются" обсуждают.

[aridmoors.livejournal.com]

Я конкретно живу в Японии.

[zaharov.livejournal.com]

Среди ученых тоже много дураков, которые просто повторяют выученный текст, как попугаи. Ученых в каждой стране - миллионы. Столтко умных и понимающих дело людей нет в природе. И, кстати, именно дураки-попугаи лучше делают карьеру.

[liolio.livejournal.com]

Не надо читать CNN, там не биологи работают, пишут что услышат, а что они услышат - что им в уши надышат :)
Читайте профессиональные источники, там хотя бы обычно чушь не несут.

[alexbreeze.livejournal.com]

Новости уже давно смотреть не нужно

[shibzdya.livejournal.com]

Телевизор? Года так с 2005 не смотрю) Из знакомых-ровесников только один человек смотрит, и то там человек... специфический.

[levgilman.livejournal.com]

"Вы будете жить в этом доме?"
Вообще-то от альтернативы зависит.
Причём, когда она особо нехороша - это ещё не значит, что это нарочно подстроено людьми в значительной степени и со значительной достоверностью (хотя и исключать такого нельзя).
Вот построили что-то для погорельцев, беженцев и так далее. Что-то при этом наворовали, но нарочно нехорошую альтернативу не создавали.

[strannik1.livejournal.com]

некоторые намеки на проблемы могут быть получены при использовании некоторых брэндов инструментария

Мир победившей идиократии. (https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%98%D0%B4%D0%B8%D0%BE%D0%BA%D1%80%D0%B0%D1%82%D0%B8%D1%8F)

[wolfswarte.livejournal.com]

У Эль Мюрида написано о политической стороне этого дела. https://el-murid.livejournal.com/4964613.html
В переводе на русский построение нового мирового порядка буксует. Народ сопротивляется. Надо усилить санитарный террор. Поэтому НаВОЗ и вылез с очередной страшилкой.

[annbeaker.livejournal.com]

Нужен предлог для бойкота зимней олимпиады в Пекине, как раз в феврале 2022 начало. Вирус вдруг появился в начале декабря, цикл истерии за два месяца реально раскрутить, так что это все для бойкота. Запад не поедет в Пекин, остальные станут автоматически изгоями, те кто поедут.

[az-from-belarus.livejournal.com]

Ну, тут похожен не на информацию, а на информационную поддержку, вброс для неких политических задач.
Можно предположить, что решается задача по обеспечению большей терпимости ко всяческим мероприятиями связанным с "пандемией" и кризисом. Терпимость обеспечивается с одной стороны усилением страшилом, и с подведением мероприятий под существующее законодательство.
Я обратил внимание на то, что в связи с этой новинкой звучало то, что он появился, видимо, у человека со сниженным иммунитетом и вирусом ВИЧ. Осознаю, что тут уже начинается нечто далекое от науки. Но очень уж заметен именно характер информационного воздействия. Ковид ставится в один ряд с ВИЧ. Если не в публикациях, то для начала в головах обывателей создается идея вируса возникшего через скрещивание ВИЧ и КОВИД. Затем можно и оспорить, но заявить, что предположительно новый КОВИД имеет часть свойств и последствий похожих на ВИЧ. Потом это тоже можно поставить под сомнения и начать длительные исследования. Но уже будет иметься вирус стремительно распространяющийся и несущий предположительную страшную угрозу аналогичную ВИЧ. Предположительность еще проверяется, но необходимость что-то делать, предпринимать — уже есть. И ведь все как-бы верно. Не так ли? А вот на вопрос что делать уже хорошим подспорьем становится правовая база подведенная под ВИЧ. Есть уже и давно в законодательствах уголовная ответственность и всяческие предписания по поведению для инфицированных ВИЧ — вот на них и опираться. Всего лишь дополнить статьи отнесенные к ВИЧ еще одной болячкой — Ковид. Отказ от ограничений в контактах с окружающими приравнять к отказу от ограничений в половых контактах и приравнять к умышленному распространению — уголовная ответственность.