(no subject)

[aridmoors]

Наверное, мне все-таки надо в отпуск.

Я дочитываю книгу Ника Лейна Power, Sex, Suicide: митохондрии и смысл жизни. Мне кажется, я бы могла написать такую же. У него начало очень хорошее, убедительное, а к концу он все-таки натягивает носок на воздушный шар. В начале он меня убедил. Действительно, митохондрии когда-то были самостоятельными клетками. Действительно, возникновение эукариотов лучше всего объясняется слиянием двух независимых прокариотов (а не тем, что уже готовая эукариотическая клетка "нечаянно съела" митохондрии). Про возникновение жизни мне тоже понравилось: привязка к энергии, и, следовательно, клеточной мембране как основе жизни мне понравилась.

Очень понравились геометрические рассуждения, это просто потрясно. Ну, что если мы представим себе, что генерировать энергию для жизни мы можем только посредством клеточной мембраны, то тогда при увеличении клетки отношение поверхности мембраны (которая позволяет генерить энергию) к общему объему будет изменяться не так, как хочется! Мембраны начнет не хватать. Это как если увеличивать куб. Его объем увеличивается быстрее, чем поверхность. А если все зависит от поверхности - то мы сталкиваемся с тем, что клетка не может расти, т.е. по сути, жизнь ограничена чисто пространственной геометрией. И если она не изобретет способ генерить энергию не внешней мембраной, а какой-то другой, то особо вырасти в размерах она не сможет. Именно поэтому гигантская, уже готовая хищная эукариотическая клетка без митохондрий - это бред. Это становится очень хорошо понятно. Рост клеточных размеров возможен только тогда, когда генератор энергии УЖЕ перенесен внутрь. Только тогда мы можем увеличивать наш куб.

Ну в общем для первой части книги он очень хорошо прошерстил литературу. А вот в той части, которая касается старения, он просто свалил все в одну кучу, и абсолютно меня не убедил. Впрочем, возможно, что тот хаос, который он создал в последней части книги, просто перенесен из литературы. Возможно, литература про старение именно такая, хаотическая. Ну тогда там еще много работы в таком случае. Единственное, что мне стало понятно из всего этого - это что его утверждение, что мы стареем из-за митохондрий, неверно. Он пытается это доказать, но чем дальше, тем неубедительнее. Якобы причина старения - это реактивный кислород, который возникает в митохондриях при дыхании. Типа он все кругом повреждает. И у мелких животных, которые живут мало, он повреждает все быстрее, а у крупных он повреждает все медленнее. Мне кажется это притянутым за уши. Это насколько скорость повреждения должна разниться, чтобы червяк жил пару месяцев, мышь два года, а человек 100 лет? Нет, не сходится. Цифры правда, кажется, никто не считал. Ну вот надо посчитать, но мне интуитивно кажется, что не сходится - не может одна и та же реакция, эволюционно происходящая из одного и того же источника, иметь такую разную скорость. Нет, старение явно зашито в программе, причем очень конкретно, и не имеет большого отношения к простому износу. Как это так мышь "изнашивается" за два года, а человек за 100 лет? Нееее, не верю. Не износ это. Это программа.

Comments

[nil-0.livejournal.com]

Я как-то прикидывал, что слон и землеройка съедают за свою жизнь примерно одинаковое количество еды по отношению к собственному весу.

[freedom_of_sea.livejournal.com]

и кто живет впроголодь, живет долше. Совпадение? Не думаю.
Правда, хищники явно меньше должны есть в килограммах, например белый медведь ест меньше мяса чем буйвол - травы.

[aridmoors.livejournal.com]

Там как раз было подробно расписано, что как раз нет. Скорость метаболизма и потребление еды понижается с размерами животных. Крыса съедает половину веса своего тела в день. Я сомневаюсь, что вы съедаете 35 кг еды за день.

[freedom_of_sea.livejournal.com]

@ то особо вырасти в размерах она не сможет@

можно сделать мембрану в скалдочку, как кора головного мозга.

Или вытянутую клетку как у бактерий-палочек. Тогда при росте размера отношение площади мембраны к массе останется неизменным.

"Это программа."

машины тоже ломаются потому что злой производитель вставил специальные ломалки? И ездили бы вечно?

Вы знаете что мутации могут повреждать любые механизмы организма и если бы старение было механизмом, оно бы время от времени ломалось и были бы бессмертные. Но, ничего такого не происходит.

"мышь "изнашивается" за два года, а человек за 100 лет"

ну если говорить о раке то мы уже знаем что чем крупнее животное тем больше в нем генов отвечающих за защиту от рака. Вероятно и с другими факторами старения так же. Например миокард толще.

[aridmoors.livejournal.com]

В бактериях есть две мембраны - внешняя (твердая) и внутренняя (которая параллельна внешней и генерит энергию). Существуют бактерии, которые сделали свою внутреннюю мембрану в сладку. Однако вот я цитирую абзац, который относится к проблеме таких бактерий: "Такие бактерии, как Nitrosomonas и Nitrosococcus контролируют скорость дыхания своим единственным геномом. Теперь давайте сделаем бактерию больше, давайте удвоим поверхность внутренней мембраны. Наверняка мы начнем терять контроль над какими-то областями мембраны. Если вам этого кажется мало, удвойте поверхность внутренней мембраны еще раз, и еще, и еще. Нам придется удвоить ее 6 или 7 раз, прежде чем мы достигним размера эукариотической клетки. Я сомневаюсь, что после этого возможно все еще удерживать контроль над скоростью дыхания в этой огромной мембране с помощью одного набора генов. Придется начать экволюционировать для создания специальных отобранных для контроля генов. Однако у эволюции отсутствует механизм отбора таких специальных генов (нужно знать, какие именно отбирать, а эволюция никогда е действует направленно). Единственный способ - это скопировать весь геном, а потом терять какие-то его части, до тех пор, пока не останутся только нужные гены (так сработало в митохондриях, которые перенесли часть генов в ядро эукариотической клетки). Однако тогда как мы будем знать, какие из геномов можно разрушать, а какие нет? И все это время, заметьте, бактрия будет под огнем селекции, вынужденная тратить время и энергию на копирование излишних геномов, в то время как ее соперники будут очень быстро делиться, так как у них только один геном. Селекционное давдение не позволит дать время такой клетке развиться."

Машина не ломаются одна за пару месяцев, а другая за100 лет.

Старение - не механизм, старение - программа. Это разные вещи. Развитие эмбриона никогда не ломается. Оно всегда проходит в тех или иных, запрограммированных временых рамках. Вы никогда не наблюдаете эмбрион, который внезапно развился полностью за 2 месяца вместо 9.

//мы уже знаем что чем крупнее животное тем больше в нем генов отвечающих за защиту от рака
Это вот откуда? У меня нет такой информации.

[lafeeducafe.livejournal.com]

> машины тоже ломаются потому что злой производитель вставил специальные ломалки?

Дейсвительно вставляют ломалки, иначе лампочка накаливания работала бы 100 лет, а пылесос 50.

[melnikovvv.livejournal.com]

Гм. Если окисление, то скорее всего липидов, а это цепная реакция. А там скорость от размера практически не зависит. Тем более что в объеме клетки идёт.

[aridmoors.livejournal.com]

Там есть интересная информация, которую он плохо рыл, и я хочу порыть сама. Она о том, что ученые не смогли найти никаких данных, подтверждающих большее повреждение молекул в клетках старых людей, чем в клетках молодых. Выглядит так, как будет повреждения примено на одинаковом уровне. Автор объясняет это тем, что мы не видим поврежденных молекул потому что когда они возникают, клетка самоуничтожается апоптохом, и у нас впечатление, что будто бы все клетки нормальные.
Но я просто прикинула, в голове, с той скоростью, как он утверждает, происходит повреждлени, сколько клеток должны умирать и не восстанавливаться - и мне кажется, мы тогда должны были бы сильно уменьшаться в размерах с возрастом, а этого не происходит. Но тут конечно надо конкретно мерить, сколько реально клетков молодых организмах, а сколько их остается в старых. Это точно никто никогда не мерил, кроме возможно червяка c.elegans, данных по которому я не читала.

[cheytobot.livejournal.com]

Если бы всё дело при старении было в митохондриях, Скулачёв со своими ионами давно бы всех от смерти вылечил, конечно. Кстати что там у него, надо глянуть...

[aridmoors.livejournal.com]

Да, он тоже этого касался. Он говорит, что скулачевы (их много и на западе, там целая индустрия антиоксидантов) отбрехиваются тем что типа "просто трудно доставлять антиоксиданты в митохондрии". Но это уже противоречит их утверждению, что идет повреждение ВСЕХ молекул, а не только митохондриальных, а во-вторых, я не вижу доказательств что антиоксиданты не поступают в митохондрии (не знаю таких исследований, тоже интересная тема кстати).

[aridmoors.livejournal.com]

Мыши имеют теломеры НАМНОГО длиннее человеческих, а живут намного короче, чем люди.Теломеры ни при чем, явно.

[shamaner.livejournal.com]

мышь 2 года, а вороны могут доживать и до 70 ...

[aridmoors.livejournal.com]

Да, он конкретно касается птиц как очень интересного исключения. У птиц наблюдается та же тенденция, что и у остальных животных - чем крупнее птица, тем дольше она живет. Однако вся эта зависимость находится как бы "выше" на графике, чем остальные животные. То есть птицы живут в целом дольше. Почему это так, после всей этой книге, мне стало понятно: никто не знает почему. Нету ни одного внятного объяснения. Он пытался объяснить митохондриями, меня не убедил. Жалко, нету исследований, я не знаю никого, кто сейчас плотно работает с птицами над этой проблемой в мире.

[lenivtsyn.livejournal.com]

ну голый землекоп же!

[aridmoors.livejournal.com]

Да, у меня мысля была податься на Хоккайдо, там есть лаба, занимающаяся голым землекопом. Но надо сначала придумать, что я буду с ним делать. Что именно искать.

Есть одна вещь, меня сильно интригующая, называется "метилирующие часы". В человеке эти часы пока работают лучше, чем что бы то ни было еще. Но я пока не понимаю, как именно они анализируют, и когда сравнивать разные виды, то как они приводят к общему знаменателю. Это вопрос высочайшей важности, на который, насколько мне известно, пока нету ответа. Это было бы крайне интересно.
https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%AD%D0%BF%D0%B8%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%B5%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B5_%D1%87%D0%B0%D1%81%D1%8B

[uxus.livejournal.com]

Тут вот пишут, что у человека за жизнь - больше 3 млрд раз.

[aridmoors.livejournal.com]

Вот все эти факты надо для начала выверить, а то они собраны хрен знает когда. Для меня вопросы следующие: 1) Что такое скорость метаболизма, как определяли, как меряли, надо перемерить современными методами, 2) Надо включить в графики намного больше "точек", ато они строят графики из 5-6 животных, это не статистика, это фигня на постном масле, 3) Если уж мерить скорость и размер, надо померить как следует, а не "на глаз", как это делалось в прошлом веке.
Вот если все это сделать, можно наверняка открыть что-нибудь новое и неожиданное.

[vida-louca.livejournal.com]

// Ну, что если мы представим себе, что генерировать энергию для жизни мы можем только посредством клеточной мембраны...
- Забавно бывает читать биологов по поводу физических процессов в клетках. Ну какая генерация энергии на поверхности? Какой энергии? А вот следующая мысль автора блога очень хороша: "А если все зависит от поверхности - то мы сталкиваемся с тем, что клетка не может расти, т.е. по сути, жизнь ограничена чисто пространственной геометрией".
- Только не "всё" зависит от поверхности, а конкретно ПОТОКИ. Поток массы, поток энергии, поток тепла. Их производство определяется объёмом, а перенос ограничиваются поверхностью мембраной. Есть такая теорема Остроградского-Гаусса о связи объёма и поверхности, изучается на первом курсе матанализа в университете.
- Вот правильно пишет в самом первом комментарии физик nil_0: "слон и землеройка съедают за свою жизнь примерно одинаковое количество еды по отношению к собственному весу". Одинаковая "интегральная" характеристика у слона и у землеройки указывает на примерно одинаковую скорость производства внутри клеток, но уменьшенную на время жизни животного.
- Нужно помнить, что живая клетка потому живая, что постоянно находится в неравновесном термодинамическом состоянии. Рассматривая потоки, мы можем увидеть основное, что определяет поведение клетки.
- И СТАРЕНИЕ - сюда же. Это тоже стремление к равновесию в виде некоторого потока. Скорость которого определяется, похоже, не клеткой, а их совокупностью - то есть всем огранизмом. Скорость старения разная у разных животных, как разными бывают теплопроводность или электропроводность у всяких неживых веществ. О которых мы тоже, кстати, знаем немного. А уж о "живых" процессах - тем более.

[sdtsdt.livejournal.com]

тогда голый землекоп выбивается из этой теории

[meloco-go.livejournal.com]

У мыши частота сердечных сокращений что-то порядка 500 в минуту, у слона 30. Уже разница.
Пероксиды мне тоже не шибко внушают доверие в качестве _единственной_ причины старения, но чем вам так не нравится "изнашивание"? Интересно, ошибки накапливаются только при репликации или при эксрессии тоже? В ходе экспрессии ДНК как минимум также разматывается с гистонов, так что на нее также могут действовать повреждающие факторы. Скорость экспрессии кмк позволяет здорово "нормировать" продолжительность жизни.

[aridmoors.livejournal.com]

Вы задали вопрос, ответ на который я для себя не полностью продумала, и когда продумаю, это может привести к написанию гранта и постановке интересных экспериментов. Действительно, чем мне не нравится изнашивание? Интуитивно мне теория изнашивания не нравится тем, что а) слишком сильная разница в скорости изнашивания между мышью и человеком, хотя "скорость метаболизма" вроде не настолько разнится - тут вопрос в том, чтобы как следует измерить "скорость метаболизма" - кстати, для начала надо дать ей определение, а то щас она определяется как "скорость потребления кислорода", мне не нравится это, в клетке пмимо кислорода ХРЕНОВА ТУЧА реакций, и что, вы мне будете утверждать они все протекают в сотни раз быстрее у мыши? Бред). б) ошибки в ДНК не накапливаются с необходимой скоростью для объяснения разницы в скорости старения между мышью и человеком - это уже показано до меня, так что нельзя объяснить изнашиванием ДНК; автор книги объясняет изнашиванием митохондриального генома (т.к. подавляющее большинство свободных радикалов вообще-то никуда не вылезают за пределы митохондрий, а реагируют с тем, что там попало под руку сразу - т.е. с митохондриальными протеинами и геномами), и типа когда слишком много повреждений накапливается в митохондриях, то клетка погибает апоптозом. Я не могу поверить в это, т.к. не вижу чтобы мы уменьшались в размерах с возрастом. Мы по большей части сохраняем размеры. А некоторые так даже и толстеют. Ну и чтобы такие выводы сделать, надо реально посчитать количество апоптоза по мере жизни, что никогда никем е было сделано и является крайне интересным экспериментом. Тока я не знаю как его сделать. Наверно можно маркер какой-то присобачить... надо подумать.

[vladimirow.livejournal.com]

Дон Хуан сказал, что древние видящие смогли увидеть неописуемую силу, являющуюся источником бытия всех существ, хотя для этого им и приходилось подвергать себя невероятным опасностям. Эту силу древние видящие назвали Орлом, поскольку те немногие взгляды мельком, которые позволили им увидеть эту силу, создали у них впечатление, что она напоминает нечто похожее на бесконечно огромного черно-белого орла. Они увидели, что именно Орел наделяет осознанием. Он создает живые существа таким образом, чтобы они в процессе жизни могли обогащать осознание, полученное от него вместе с жизнью. И еще они увидели, что именно Орел пожирает обогащенное осознание, отбирая его у существ в момент их смерти.
https://chaparral.space/wiki/Цитаты_об_Орле

[levgilman.livejournal.com]

Вроде же интенсивно экспрессируемые участки генома у эукариот и так образуют дополнительные копии.

И причём вообще мембрана в рассуждениях?
При больших размерах требуется увеличенное количество всего, в том числе энергии. Может быть, особо интенсивные функции и составляют вышеуказанную проблему с генами, но что при этом особенного в мембране? Ну впятил мембрану, ну отпочковал - в чём сложность по сравнению с остальными функциями и эволюционными изменениями? Не вижу никаких объяснений, кроме того, что автор на мембране попросту зафиксировался.

- Чёнрый, живёт под землёй, ест камни, как называется?
- Чёрный подземный камнеед.
...
...
...
...

- Если камень бросить к центру Земли, что с ним будет?
- Его съест чёрный подземный камнеед.

[aridmoors.livejournal.com]

//интенсивно экспрессируемые участки генома у эукариот и так образуют дополнительные копии

чего? 0_о поподробнее, пожалуйста.

//причём вообще мембрана в рассуждениях?

Протонный. Градиент. Где он находится, по-вашему? Как работает АТФ-синтаза? Сколько, если уж на то пошло, АТФ-синтаз в той же митохондрии, одной штуке?
(https://postimages.org/)

Без мембраны вот эта вот структура попросту невозможна. АТФ-синтаз в одной митохондрии 320 тысяч(!!). Каким образом вы будете контролировать производство этих синтаз с помощью ОДНОГО жалкого генома? Да вы тупо не успеете наделать столько синтаз по мере их изнашивания, если вы увеличите клетку слишком сильно. Именно поэтому, кстати, в митохондриях несколько одинаковых геномов, и именно поэтому эти геномы содержат только самые важные гены (а не весь набор). Иначе тупо не успеть нагенерить все эти синтазы.

[lafeeducafe.livejournal.com]

> наверное надо в отпуск

В отпуск тоже может быть надо. А еще рекомендую:

John J. Ratey
Spark: The Revolutionary New Science of Exercise and the Brain