про MIQE

[aridmoors]

Ну... поздравьте меня. Я знаю все о qPCR. И это все - неутешительно. В общем и целом, прав был тот гуманитарий, который как-то написал книжку о том, что вся наука - это вообще социальный конструкт. Я особенно согласна с этим в плане публикаций - принятие статей в журналы, отбор, ревью - это вообще очень субъективные вещи. Помню, в Нейчер был курс "как опубликоваться в Нейчер", так они там громогласно заявляли, что мол, единственное, что имеет значение - это качество вашей работы, и никакой субъективности у них нет. Ну так это фигня, конечно. Впрочем, это и так все знают.

А вот про qPCR это даже интересно на самом деле. Она, оказывается, тоже социальный конструкт. Технике почитай 30 лет, а как ее делают - это феерия. Протоколы передаются буквально из уст в уста, никакой стандартизации, никакого понимания того, что человек делает... вот был в лабе старший - он научил, а как он ушел, с ним пропал и его протокол, и все... все это шито живыми нитками и буквально имеет форму народного рецепта. Сейчас появились статьи типа зубров-стоявших-у-истоков, и они так свысока критикуют молодежь, что мол те не делают логарифмические кривые, валидацию праймеров, не используют правильные референс-значения... ну и для борьбы с этим даже выпустили Гайдлайн. Большую-большую статью со списком аж из 85 (восьмидесяти пяти!) факторов, которые надлежит тщательно проверять и рапортовать в статье, если у вас эксперимент с qPCR. То есть, эти зубры явно больные на голову и не держали пипетки в руках последние 20 лет. Потому что если заниматься 85-ю факторами, одну статью можно писать ГОДАМИ.
Т.е. у зубров начисто отрыв от реальности.

Правда, это вообще сейчас тенденция, я заметила. Ну, давление же сумасшеднее на лабы, что надо как можно больше публикаций, ну они и сообразили, что оказывается можно вместо работы публиковать оценку чужой работы. И давай штамповать статьи одна другой злобнее - а давайте введем вот такие критерии, а давайте введем вот сякие критерии! Как менеджеры прямо. Сами пипетку в руках сто лет не держали, зато сейчас быстро расскажут всем, как надо делать qPCR и как важны все эти 85 факторов.

С вестерн блотами же точно такая же хрень пошла. Вон, названия статей: "Необходимость и стратегии повышения уверенности в точности вестерн-блотов", "Соображения при количественном определении содержания белка иммуноблоттом", "Методология для надежной количественной оценки данных Western Blot".

То есть люди вместо работы занялись уже откровенной фигней. Лишь бы опубликоваться. Софты же начали писать, что самое интересное! "Подход к оценке вариативности референсных генов, основанный на математической модели". Звучит - убиться веником. А реальное значение этой работы - пшик. Эффективный менеджмент, мать их. Но зато так как этих зубров много, они каждый друг друга хвалят [перед непосвященными], кукушка хвалит петуха за то, что хвалит он кукушку - и грантоденьги от правительства получены. Красота!

Ну правильно. Зубры в лабу-то не заходят, и эти 85 факторов выполнять будут не они, а их студенты. На которых можно наорать. Которым можно пригрозить увольнением. Которых вообще можно всячески гонять и критиковать что они мол "ненастоящие ученые, плохо работают". А самим сесть в кабинете и распространяться про падение стандартов в науке и как необходим более жесткий контроль.

Причем, что самое главное, эти 85 факторов АБСОЛЮТНО НЕ НУЖНЫ. Ну то есть не все сразу не нужны, и не абсолютно, но среди них можно было бы выделить наиболее значимые, наименее значимые, определить по крайней мере коэффициент погрешности, который каждый из них производит, определить случаи, в которых требуется обращать внимание на тот или другой, вместо того чтобы задавать людям непосильную задачу выполнять все 85... но это же надо работать. Это же надо пойти взять пипетку, провести эксперимент, потом взять и все это посчитать. Неееее, зачем? Давайте просто сразу напишем, какие все недобросовестные ученые и как они плохо делают свои эксперименты, и на том закончим.

Хотя мое личное мнение (по секрету) - это что на самом деле просто qPCR крайне дурацкая техника, которой пользоваться надо в самом крайнем случае, и если пользоваться, то уж наверняка подтверждать другими, более надежными методами вроде вестерн-блотов, иммунофлуюресценции, нокаутов и т.д.

Так что не ходите в qPCR. Там ничего хорошего нет. Будете мучиться, мучиться, материться, а в итоге получите данные, которые можно интерпретировать так, можно интерпретировать сяк, и никакой нафиг уверенности. И еще вам сверху на голову скажут, что вы недобросовестный ученый.

Comments

[aridmoors.livejournal.com]

Обычный к этому отношения не имеет, он используется в совсем других вещах и по-другому, там как раз наоборот, все весьма осязаемо и конкретно.

про MIQE

[livejournal.livejournal.com]

User molchun22ru referenced to your post from про MIQE (https://molchun22ru.livejournal.com/390106.html) saying: [...] Оригинал взят у в про MIQE [...]

Щоб знав!..

[scholarpunk.livejournal.com]

"То есть люди вместо работы занялись уже откровенной фигней. Лишь бы опубликоваться. Софты же начали писать, что самое интересное! "Подход к оценке вариативности референсных генов, основанный на математической модели". Звучит - убиться веником. А реальное значение этой работы - пшик. Эффективный менеджмент, мать их. Но зато так как этих зубров много, они каждый друг друга хвалят [перед непосвященными], кукушка хвалит петуха за то, что хвалит он кукушку - и грантоденьги от правительства получены. Красота!

Ну правильно. Зубры в лабу-то не заходят, и эти 85 факторов выполнять будут не они, а их студенты. На которых можно наорать. Которым можно пригрозить увольнением. Которых вообще можно всячески гонять и критиковать что они мол "ненастоящие ученые, плохо работают". А самим сесть в кабинете и распространяться про падение стандартов в науке и как необходим более жесткий контроль.

Причем, что самое главное, эти 85 факторов АБСОЛЮТНО НЕ НУЖНЫ. Ну то есть не все сразу не нужны, и не абсолютно, но среди них можно было бы выделить наиболее значимые, наименее значимые, определить по крайней мере коэффициент погрешности, который каждый из них производит, определить случаи, в которых требуется обращать внимание на тот или другой, вместо того чтобы задавать людям непосильную задачу выполнять все 85... но это же надо работать. Это же надо пойти взять пипетку, провести эксперимент, потом взять и все это посчитать. Неееее, зачем? Давайте просто сразу напишем, какие все недобросовестные ученые и как они плохо делают свои эксперименты, и на том закончим."

А вот и напишите об этом обзорную статью со своими предложениями об оптимизации и упразднении!

И прямо в Нейчур!..

[aridmoors.livejournal.com]

Я собираюсь очень частично включить некоторые из экспериментов (я делала по определению погрешностей, чисто для своего исследования - влияние погрешности в определении концентрации ДНК, влияние заморозки и влияние дизайна праймеров), но дальше я не пойду. Это проблема этой конкретной области, пусть они ее и решают. Я этой областью заниматься не хочу, у меня есть совершенно конкретное представление о том, чем я хочу заниматься, и я собираюсь, как только закончу наконец с этим писиарным бредом, заняться непосредственно своей областью. Ибо времени нет.

[horsehorse.livejournal.com]

Звучит ваще пугающе. Неужели нет просто нормальных практических гайдов? Неужели никому не хочется славы автора номального гайда, а не теоретической пурги?
Вот натыкаешься же в сети на самые умопомрачительные руководства, типа выращивания псилоцибиновых грибов четырьмя разными способами со списком химикатов, оборудования точной последовательности действий для начинающих, но подающих надежды.. так это же наркоманы, а тут учёные, неужели не могут?
А вдруг завлаба хочет унести тайну в могилу и традиция прервётся?

[aridmoors.livejournal.com]

Так времени нет! Фигню написать просто, результат будет сразу же (публикация), а на что-то большее нет времени. Это сейчас самая большая проблема в науке - давление со стороны финансирующих организаций на немедленный результат. Хотят чтобы ученым дали задачу, а они через три месяца совершили гениальное открытие. Натурально прям так и хотят. А это же невозможно. Вот и имеем... то, что имеем. Производство на-гора полной фигни в промышленных масштабах. Зато за три месяца!

[horsehorse.livejournal.com]

Похоже очень дофига теряется из-за спешки и трясущихся рук.

[aridmoors.livejournal.com]

Ммм... да, можно сказать и так, только не из-за трясущихся рук (в общем-то никому не хочется перепипечивать, скажем, 96 колодцев образцов только потому, что руки тряслись), а из-за того, что нет времени на вдумчивое чтение мануалов. Люди вообще обычно не читают мануалы, а предпочитают, чтобы им кто-то объяснил устно. В науке, к сожалению, это тоже так. Если человек тебе может объяснить какую-то технику, ты ее знаешь, а если тебе надо для освоения техники перелопатить толстенный мануал, то все считают, что техника неосвояема.

Поэтому протоколы передаются из уст в уста. А мануалы никто не читает. Из-за этого, конечно, что-то теряется.

Но опять же, все равно больше всего зависит от собственно техники. Скажем, qPCR - это просто ну... ну крайне неточная техника. В отличие скажем от клонирования. Клонирование - это прямо осязаемая вещь. Ее прям можно трогать руками и есть как булку, настолько осязаемая. То есть там не бывает, когда ты смотришь на результат и думаешь: "ой, а чо это?". Там все конкретно: у тебя, брат, мутация A в T.

А в qPCR это жопа. Тебе машина дает цифру - скажем, 23, и ты как баран сидишь и думаешь: ну? И что? 23 чего? По отношению к чему? Как машина это намеряла? А насколько я могу этому доверять? А может не 23 на самом деле? А может 23, 2? И сколько там погрешность? И в какую сторону эта погрешность, вверх или вниз?

Ну и в итоге вот так сидишь как дурак, сидишь, потом посмотришь на часы - мляяя, три дня прошло, ничего не сделано - и начнешь тупо данные подгонять и причесывать, чтобы вставить в статью как есть, авось никто ничего не заметит. И главное не замечают! А потом орут на всех углах - ах, ничо не воспроизводится!
Ну правильно, не воспроизводится. Потому что qPCR это жопа. Изначально жопа. Дурацкая техника, которой вообще не место в вычислительной биологии, нет, правда, я серьезно. Ей там не место.

[aridmoors.livejournal.com]

Но! Но.

Я вам так скажу: вы думаете, если скажем я сяду и напишу статью с конкретными вычислениями неизбежных погрешностей экспериментов с qPCR, мне кто-то спасибо скажет? Меня кто-то по головке погладит? Да меня затопчут! Если не линчуют.

Вы представьте, миллионы статей с экспериментами qPCR, да? И тут я скажем измерила кокнкретную погрешность и ее выложила. И согласно этой погрешности оказалось, что, скажем, 85% статей опубликовали данные, которым цена - пол-драного башмака на помойке.

На меня сразу обидятся авторы упомянутых миллионов статей. На меня сразу обидятся редакторы. Обидятся коммерческие компании, продающие технику. Обидятся авторы техники. Да грантодатели и то обидятся! Потому что никому не хочется, чтоб ему ВНЕЗАПНО сказали, что он дал деньги на какую-то фигню и теперь выглядит дураком.

НИ ОДНОМУ ЧЕЛОВЕКУ НА СВЕТЕ (кроме несчастного пациента в больнице, ждущего лечения) не нужна эта критическая статья. Ни одному.

И хотя пациентов в больницах миллионы, а ученых всего лишь тысячи, статью эту я писать не буду. Потому что мне тоже надо на что-то жить и как-то строить свою карьеру. И я не хочу, чтобы меня затоптали.

Такая вот неутешительная логика.

[horsehorse.livejournal.com]

Нда. Вот поэтому и нужна хотя бы какой-то кривой, но общепринятый гайд, чтобы хоть единообразно ошибались, а от этого уже можно плясать. А то ужас прямо летящий.
Не ожидал, думал боги ваще, типа Шивы с многоканальной пипеткой в каждой руке)

[vadperez.livejournal.com]

Если Вам интересно http://www.sanken.osaka-u.ac.jp/labs/bse/H29andor/announce.html
https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSfoX6unjNLjaGBjJErfQAL-a50X49NfPD0zZdghbZ8cMZIlug/viewform

[aridmoors.livejournal.com]

Спасибо большое, зарегистрировалась!

Если еще что-нибудь подобное увидите, пихните меня, а то я как обычно пропущу всё... я же не в в универе сижу, а далеко на отшибе, и у нас это не объявляется нигде:(

[vadperez.livejournal.com]

создайте ресурс где такое можно будет размещать

[aridmoors.livejournal.com]

В смысле - ресурс? Какой ресурс?

[vadperez.livejournal.com]

сайт

[aridmoors.livejournal.com]

Сайт, в смысле свой собственный сайт? А что в нем писать-то?

[vadperez.livejournal.com]

можно для начала сделать сборник вот таких семинаров)
Но это на будущее, для работы. Вам сейчас, насколько я понимаю, не до этого

[aridmoors.livejournal.com]

Аа... ну да. Да, сейчас я сильно тороплюсь с публикациями. Прихожу на работу в 8, ухожу в 8. Я бы и спала там, если б там была кровать и душ. Мне срочно надо закруглять все, что я наделала, и публиковать, хоть где, хоть в genes to cells. А то того и гляди тут у нас все развалится. Надо успеть кровь из носу закончить в срок.