(no subject)

[aridmoors]

Вот вы спрашиваете, как Обоката* так умудрилась? А вот так и умудрилась.

*Обоката - это японская девушка, в связи с которой несколько лет назад был скандал, что она сфальсифицировала результаты открытия. Она упиралась и утверждала, что ничего не фальсифицировала. Когда ее попросили повторить эксперимент, она это не смогла. Внятных записей о том, как она эксперимент делала, не сохранилось.



На последнем лабмитинге сенсей поставил ребром вопрос "где твой нокаут". В смысле, где твоя клеточная линия с вышибленным геном силий. Объясняю. У меня есть клеточная линия, про которую сенсей мне уже год задает вопрос "какую роль там играют силии? Ну какую? Нет ты мне скажи, какую?". Ответ на такой вопрос в биологии классически решается методом нокаута. То есть берем силии, и уничтожаем их во всех клетках, и смотрим что будет. Способ не ахти какой, но так положено.

И вот мне надо было во всех клетках вышибить силии. Я сначала попробовала по старинке, сирной (siRNA - это такая РНК, которая привязывается к гену и его блокирует), но клетки у меня страшно возмутились и стали дохнуть не только в экспериментальной тарелке, но и в контрольной. Я так поняла, что они не любят сирну.

Тогда я почесала в затылке и решила освоить CRISPR, раз уж все о нем столько говорят. Это было год назад. Я сделала нужные векторы, затрансфектила в клетки, и обнаружила, что клетки у меня дохнут от пуромицина и не отсеиваются ФАКСом. Я потыкалась-потыкалась и решила забить. И отложила проект до лучших времен.

И тут на прошлом лабмитинге сенсей сказал, "давай мне нокаут, ты мне год назад показывала нокаут, где он?! У тебя год был!".

И вот я полезла в холодильник разбираться и искать изготовленные векторы. И тут-то я и обнаружила, что мы приплыли. В холодильнике у меня было с тридцать различных пробирок, подписанных примерно следующим образом:
Kif 1 F
Kif 1
Kif 2
Kif 3
Cas-GFP
Cas-Puro
Cas-BbsI
Kif 1-1
Kif 1-2
Kif 1-3
Kif 3-2
и так далее.

В морозилке, где я храню полностью законченную и тщательно подписанную ДНК, ничего не оказалось. И главное, никаких записей о том, как я делала вектор, ВООБЩЕ НЕТ. Что это за пробирки, что в них - сказать сейчас невозможно. "Киф один" - это что? Первая пробирка с разведенными праймерами? Первый изготовленный вектор? Первая собранная колония? Арррргх....

И главное, я даже не помню, зачем я резала плазмид энзимом BbsI.

Короче говоря, придется либо секвенировать всё, либо делать с самого начала. Наверное буду секвенировать, все равно для окончательного варианта иметь результат секвенирования не помешает.

Справедливости ради надо сказать, что с тех пор мои навыки по изготовлению разных плазмидов значительно улучшились. Настолько, что я теперь могу найти время все подписывать, и это не кажется непосильной ношей. Не знаю, будет ли это кому-нибудь понятно, но когда молодые научные сотрудники делают какой-нибудь не очень знакомый эксперимент, то подписывать пробирки им очень сильно не хочется. Потому, что работы много, а каждую пробирку подписывать - это офонареть можно. Их же сотни. В буквальном смысле сотни. Просто выбешивает подписывать и через 5 минут выкидывать, подписывать и выкидывать.

Вот и Обоката... видимо ничего не подписывала.

Вот кстати медаль можно будет дать тому, кто решит эту проблему с подписыванием. Если решит.

Comments

[molchun22ru.livejournal.com]

"проблему с подписыванием"
тема не моя, вблизи видел. возможно, кто ближе к теме, что-нибудь более конкретное подскажет.
"Маркиратор специально создан для решения простых задач по маркировке: 1-3 строки печати"
ссыль
(искал в яндексе "промышленные принтеры для маркировки")
можно на ютубе видео "Маркиратор Leadjet" (например) повыбирать

есть ещё принтеры этикеток всякие, но мне кажется, они вам не подойдут
https://www.zebra.com/content/zebra1/ru/ru/products/printers/industrial/zt600-series/jcr:content/mainpar/fullwidthimage_595f/fullWidthImage.adapt.full.jpg/1496855026861.jpg
https://www.zebra.com/ru/ru/products/printers/industrial/zt600-series.html

[zaharov.livejournal.com]

Предлагаю выпускать пробирки с QR-кодом и эмодзи. И приложение на смартфон. Снимаете сразу 10 пробирок, потом тычете пальцем в пробирку на экране и голосом говорите, что это. Потом, когда забыли что это, наводите смартфон на пробирку, и он по коду прокручивает вашу голосовую метку. Эмодзи нужны, чтобы сразу не перепутать пробирки. Можно сесть потом, когда мозги не работают, за комп, прокрутить голосовые метки, и сделать подписи текстом. Это можно поручить лаборантам. Тогда при наведении смартфона на пробирки возле каждой будет висеть подпись.
Можно и не ждать, когда появятся в продаже пробирки с QR-кодом (небось, есть уже). Просто поручить лаборанту проставить на пробирках маркером номера по порядку или, у вас еще лучше, иероглифы. Смартфон и такое распознает. Называется это все дополненной реальностью.

[freedom_of_sea.livejournal.com]

видеозапись экспериментов? Камера нагрудная и над столом.
Просто говорите голосом где что, а пробирки все фабрично пронумерованы.

Это очень ценно, например для обучения

[russian-o.livejournal.com]

Можно делать этикетки в экселе и распечатывать на лист А4 с этикетками (есть любого размера). Особенно удобно, если есть сквозная нумерация. Мне надо наклеить 800 этикеток, уже распечатал :-). Это гораздо удобнее, чем от руки писать.

[vlkamov.livejournal.com]

видеорегистратор: клеишь на пробирку номер, можно даже штрихкод, показываешь в камеру и говоришь что там-то и то-то.
Но лучше не абстрактный номер, а тупо время с точностью до секунды - тоже уникальная метка и позволяет сходу найти в видеоархиве соотв.фрагмент.
Регистратор носить на себе.

[scholarpunk.livejournal.com]

ггга!... Есть у меня такой, красивенько, дадъ. Однако маркировка с ним занимает примерно в 30-40 раз больше времени, чем подписывание вручную, а количество геморроя - и вовсе неоценимо количественно...

Имеет смысл применять исключительно только когда запланирована серия из 20-100 объектов, отличающихся друг от друга только цифирками порядковых номеров (есть такая опция). Ну или когда много информации надо - на 1 мл криопробирке от руки столько не настрочишь... Иле штрихкод когда потребен.

А ващпэ все подписываемое в общеабобраторный журнал надоть заносить.

И проще всего сделать специальную приблуду, которую вслух говоришь, а оно само в дневник заносит. Мол, пробирка номер 14/88 - с вирусом лишайного почечуя, а флакон номер 666 - там у нас тяжелая фракция экстракта семенных желез саблезубого шушпанчика... Иле што вы там нынче для векторов используете.

[aridmoors.livejournal.com]

Голосом было бы прикольно... но это надо хорошее голосовое распознавание

[aridmoors.livejournal.com]

А что, нагрудгая камера может снимать то, что на столе стоит??

[vadperez.livejournal.com]

Праймера:
BamHI-mCherry
Fw 1/100

mCherry-EcoRI
Rv 1/100

Вектора:
mCherry
pRSETb
TE

(largeprep)
mCherry
pRSETb
5.46 mg/mL
date

PCR product:
BamHI
mCherry
EcoRI
W

digested PCR product:
BamHI
mCherry
EcoRI
cut TE

рано вам хотеть свою лабу...

[aridmoors.livejournal.com]

Ну это если у вас один вектор... раз в полгода... тогда да, можно хвастаться тем, что все красиво подписано. А когда много клонирования делаешь, не будешь же все промежуточные продукты подписывать. "Вектор, разрезанный BglII и BamHI", "вектор, разрезанный BglII и BamHI и очищенный", "вектор, разрезанный BglII и BamHI и очищенный и BAP фосфатаза", ога.

В итоге же все равно это все в мусорку, причем в тот же день. Остаются только конечные продукты - вот их имеет смысл красиво подписывать.

Ну то есть можно наверное клонировать в день по чайной ложке, типа пришел, поставил ПЦР, ушел. На следующий день пришел, снял, поставил в холодильник. Через день пришел, вынул, порезал энзимами... и т.д. Но это не мой случай. У меня вон, только на этой неделе в результатах 4 новых вектора, 3 вставки в GFP-N1, 3 новых нокаут-вектора и один мутагенез. Я опухла бы это все обписывать красиво. Вы еще скажите, что вы каждый раз реакцию в лаб-журнал заносите, "вода 15 микролитров, баффер 5 микролитров, ДНК 1 микролитр"...

[vadperez.livejournal.com]

https://drive.google.com/file/d/0B6r9t127S4cnazdDaXlscVBXRnM/view?usp=sharing

[aridmoors.livejournal.com]

Насчет записывания, кстати, интересно.

Я понимаю, что записывать критически важную информацию, как например последовательность баз праймера - это важно и вообще потом в статье надо указывать. Но я перестала писать повторяющиеся последовательности вот уже года два как. Повторяющиеся - это в смысле одинаковые протоколы. Ну например я всегда пользуюсь китом QIAGEN для получения total RNA. Ну и я никогда не пишу в лабжурнале никакие подробности хим. реакций. Если я в какой-то день, скажем, наделала кучу РНК-сэмплов, то у меня лабжурнал в этот день выглядит так:

October 20, 2017
Made total RNA for iPS:
d1 - d 25 (purple marker).

И мне никак не удается самой для себя решить, правильно это или неправильно. С одной стороны, смысл в таком лабжурнале - практически нулевой. Кому от него прок? Мне - никакого, мне в подавляющем большинстве случаев не надо знать какого числа я сделала фиолетовую серию РНК. А другой информации в этой записи не содержится. Кому-то другому прока тоже особо нет, т.к. никаких подробностей - каким китом пользовалась, чего это вообще за РНК, нет.
Ну и мне не очень понятно, зачем в таком случае лабжурнал.

Результаты экспериментов или измерений (например, эту упомянутую РНК я тут же и измерила на предмет концентрации и чистоты спектрофотометром) я держу в ПДФ-файле, который получаю из спектрофотометра. ПДФ-файл вот находится в полном порядке, с номером, в нужной папке ("серии РНК для iPS клеток линии N31") в нужном разделе ("проект iPS reprogramming and cytoskeleton") на моем гугль-драйве. И вся остальная критически важная информация тоже.

А журнал... я не могу понять, что с ним делать. Не распечатывать же гугль-драйв и не сидеть вклеивать туда листочки...

короче, я не знаю, что с этим делать.

[aridmoors.livejournal.com]

Ну... да. Темплэйты - это хорошо. Наверное. Если занимаешься клонированием какого-нибудь упорного гена, который надо пытаться клонировать разными способами (наводя разные концентрации магнезия и прочего). Но у меня уже стопятьдесят лет не было ситуации, когда надо что-то клонировать с геномной ДНК. Я все гены или покупаю с addgene или писиарю с чьего-нибудь вектора. Поэтому я уже, если честно, забыла, что такое пытаться изменить условия ПЦР потому что ПЦР не получается с первого раза. Т.е. у меня все эти листики (которые вы указали в ссылке) были бы идентичны. И смысла в них получается нет.

[gnuzzz.livejournal.com]

В морозилке, где я храню полностью законченную и тщательно подписанную ДНК, ничего не оказалось. И главное, никаких записей о том, как я делала вектор, ВООБЩЕ НЕТ. Что это за пробирки, что в них - сказать сейчас невозможно. "Киф один" - это что? Первая пробирка с разведенными праймерами? Первый изготовленный вектор? Первая собранная колония? Арррргх....

И главное, я даже не помню, зачем я резала плазмид энзимом BbsI.
Практически из соседнего поста в ленте:

[aridmoors.livejournal.com]

Во-во-во)))))

[mss-mila.livejournal.com]

вы сейчас очень? чоень сильно меня успокоили
Я пишу отчет
работа, проект, ну не вашего уровня, да
И результаты тупые
И грязно сделано, плохо откровенно
но отчет я должна выдать
Но больше всего меня убивает, что мой журнал экспериментов это жопа
Я не могу понять что там и не могу по нему повторить(((
и объясню с трудом где то и почему так в этот раз, а эдак в другой
и разведения антибиотиков , написано М 3,8, ну допустим м это только меропенем, а 3,8 в чем? г/л или мг/л? я там сильно с концентрациями суетилась

[freedom_of_sea.livejournal.com]

конечно

[aridmoors.livejournal.com]

Не знаю, какая у вас ситуация, но конкретно в науке, к сожалению, карьера продвигается не за чисто написанные журналы, а за круто написанные статьи. Так что по большому счету абсолютно пофигу, как вы ведете журнал - это никому в заслугу не ставится и для продвижения по карьере бессмысленно.

[autumn-jp.livejournal.com]

Ха-ха, знакомая ситуация. Тоже смотрела на контейнеры с образцами через год-два и мучительно пыталась вспомнить что там такое. Особенно обидно было в случае, когда просто выцвели или стерлись чернила на поверхности (они же все-таки подписывались!).