(no subject)
Oct. 20th, 2017 01:08 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
aridmoorsВот вы спрашиваете, как Обоката* так умудрилась? А вот так и умудрилась.
*Обоката - это японская девушка, в связи с которой несколько лет назад был скандал, что она сфальсифицировала результаты открытия. Она упиралась и утверждала, что ничего не фальсифицировала. Когда ее попросили повторить эксперимент, она это не смогла. Внятных записей о том, как она эксперимент делала, не сохранилось.
На последнем лабмитинге сенсей поставил ребром вопрос "где твой нокаут". В смысле, где твоя клеточная линия с вышибленным геном силий. Объясняю. У меня есть клеточная линия, про которую сенсей мне уже год задает вопрос "какую роль там играют силии? Ну какую? Нет ты мне скажи, какую?". Ответ на такой вопрос в биологии классически решается методом нокаута. То есть берем силии, и уничтожаем их во всех клетках, и смотрим что будет. Способ не ахти какой, но так положено.
И вот мне надо было во всех клетках вышибить силии. Я сначала попробовала по старинке, сирной (siRNA - это такая РНК, которая привязывается к гену и его блокирует), но клетки у меня страшно возмутились и стали дохнуть не только в экспериментальной тарелке, но и в контрольной. Я так поняла, что они не любят сирну.
Тогда я почесала в затылке и решила освоить CRISPR, раз уж все о нем столько говорят. Это было год назад. Я сделала нужные векторы, затрансфектила в клетки, и обнаружила, что клетки у меня дохнут от пуромицина и не отсеиваются ФАКСом. Я потыкалась-потыкалась и решила забить. И отложила проект до лучших времен.
И тут на прошлом лабмитинге сенсей сказал, "давай мне нокаут, ты мне год назад показывала нокаут, где он?! У тебя год был!".
И вот я полезла в холодильник разбираться и искать изготовленные векторы. И тут-то я и обнаружила, что мы приплыли. В холодильнике у меня было с тридцать различных пробирок, подписанных примерно следующим образом:
Kif 1 F
Kif 1
Kif 2
Kif 3
Cas-GFP
Cas-Puro
Cas-BbsI
Kif 1-1
Kif 1-2
Kif 1-3
Kif 3-2
и так далее.
В морозилке, где я храню полностью законченную и тщательно подписанную ДНК, ничего не оказалось. И главное, никаких записей о том, как я делала вектор, ВООБЩЕ НЕТ. Что это за пробирки, что в них - сказать сейчас невозможно. "Киф один" - это что? Первая пробирка с разведенными праймерами? Первый изготовленный вектор? Первая собранная колония? Арррргх....
И главное, я даже не помню, зачем я резала плазмид энзимом BbsI.
Короче говоря, придется либо секвенировать всё, либо делать с самого начала. Наверное буду секвенировать, все равно для окончательного варианта иметь результат секвенирования не помешает.
Справедливости ради надо сказать, что с тех пор мои навыки по изготовлению разных плазмидов значительно улучшились. Настолько, что я теперь могу найти время все подписывать, и это не кажется непосильной ношей. Не знаю, будет ли это кому-нибудь понятно, но когда молодые научные сотрудники делают какой-нибудь не очень знакомый эксперимент, то подписывать пробирки им очень сильно не хочется. Потому, что работы много, а каждую пробирку подписывать - это офонареть можно. Их же сотни. В буквальном смысле сотни. Просто выбешивает подписывать и через 5 минут выкидывать, подписывать и выкидывать.
Вот и Обоката... видимо ничего не подписывала.
Вот кстати медаль можно будет дать тому, кто решит эту проблему с подписыванием. Если решит.
*Обоката - это японская девушка, в связи с которой несколько лет назад был скандал, что она сфальсифицировала результаты открытия. Она упиралась и утверждала, что ничего не фальсифицировала. Когда ее попросили повторить эксперимент, она это не смогла. Внятных записей о том, как она эксперимент делала, не сохранилось.
На последнем лабмитинге сенсей поставил ребром вопрос "где твой нокаут". В смысле, где твоя клеточная линия с вышибленным геном силий. Объясняю. У меня есть клеточная линия, про которую сенсей мне уже год задает вопрос "какую роль там играют силии? Ну какую? Нет ты мне скажи, какую?". Ответ на такой вопрос в биологии классически решается методом нокаута. То есть берем силии, и уничтожаем их во всех клетках, и смотрим что будет. Способ не ахти какой, но так положено.
И вот мне надо было во всех клетках вышибить силии. Я сначала попробовала по старинке, сирной (siRNA - это такая РНК, которая привязывается к гену и его блокирует), но клетки у меня страшно возмутились и стали дохнуть не только в экспериментальной тарелке, но и в контрольной. Я так поняла, что они не любят сирну.
Тогда я почесала в затылке и решила освоить CRISPR, раз уж все о нем столько говорят. Это было год назад. Я сделала нужные векторы, затрансфектила в клетки, и обнаружила, что клетки у меня дохнут от пуромицина и не отсеиваются ФАКСом. Я потыкалась-потыкалась и решила забить. И отложила проект до лучших времен.
И тут на прошлом лабмитинге сенсей сказал, "давай мне нокаут, ты мне год назад показывала нокаут, где он?! У тебя год был!".
И вот я полезла в холодильник разбираться и искать изготовленные векторы. И тут-то я и обнаружила, что мы приплыли. В холодильнике у меня было с тридцать различных пробирок, подписанных примерно следующим образом:
Kif 1 F
Kif 1
Kif 2
Kif 3
Cas-GFP
Cas-Puro
Cas-BbsI
Kif 1-1
Kif 1-2
Kif 1-3
Kif 3-2
и так далее.
В морозилке, где я храню полностью законченную и тщательно подписанную ДНК, ничего не оказалось. И главное, никаких записей о том, как я делала вектор, ВООБЩЕ НЕТ. Что это за пробирки, что в них - сказать сейчас невозможно. "Киф один" - это что? Первая пробирка с разведенными праймерами? Первый изготовленный вектор? Первая собранная колония? Арррргх....
И главное, я даже не помню, зачем я резала плазмид энзимом BbsI.
Короче говоря, придется либо секвенировать всё, либо делать с самого начала. Наверное буду секвенировать, все равно для окончательного варианта иметь результат секвенирования не помешает.
Справедливости ради надо сказать, что с тех пор мои навыки по изготовлению разных плазмидов значительно улучшились. Настолько, что я теперь могу найти время все подписывать, и это не кажется непосильной ношей. Не знаю, будет ли это кому-нибудь понятно, но когда молодые научные сотрудники делают какой-нибудь не очень знакомый эксперимент, то подписывать пробирки им очень сильно не хочется. Потому, что работы много, а каждую пробирку подписывать - это офонареть можно. Их же сотни. В буквальном смысле сотни. Просто выбешивает подписывать и через 5 минут выкидывать, подписывать и выкидывать.
Вот и Обоката... видимо ничего не подписывала.
Вот кстати медаль можно будет дать тому, кто решит эту проблему с подписыванием. Если решит.
