(no subject)
Jul. 27th, 2016 10:46 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
aridmoorsНаконец мы закончили мат. анализ химической информации плюрипотентных стволовых клеток. У нас получились очень красивые графики, которые ясно показывают, что iPS-клетки - не такие же, как ES клетки.
Наш анализ крут еще и потому, что все, что мы делали, мы делали на одних и тех же клетках, в смысле мы начали с эмбриональных, дифференцировали их, а потом типа "вернули обратно". Ну и вот они нихрена не вернулись обратно. Они ушли в третье состояние какое-то. Не изначальное.
То есть как бы принято считать и везде пишут, мол, что мы научились возращать клетки обратно в состояние молодости. Ну и обычно люди анализировали, сравнивая разные клетки (полученные из разных источников), и у них получалось, что вроде как профайл iPS клеток ближе к эмбриональным стволовым, чем к дифференцированным. Но они-то сравнивали разные клеточные линии! А мы сравнивали одну и ту же, саму с собой, во времени. И у нас получилось, что они ни к тем, ни к тем не ближе. Они вообще какие-то выродки, сами по себе.
Ну то есть когда мы представляем их на графике совокупностью точек, то они получаются своей отдельной группой, которая не между стволовыми и дифференцированными, а где-то вверху и в стороне. И вот по моему опыту (я с ними мало работаю пока, но все же) и ощущению - по-моему графики не врут. По-моему эти iPS - это вообще не нормальные клетки.
Теперь вопрос: это кого-нибудь интересует или нет?
Говоря строго, это значит, что наверное для образования всяких там тератом и прочих фич вовсе не требуется быть эмбриональной стволовой клеткой. Химически.
Во-вторых, это наверное значит, что все-таки время как четвертый параметр в биологических системах совершенно неумолимо. И что раз дифференцировалось, обратно хрен вернешь. У них все ходы записаны.
В-третьих, меня сильно напрягла гетерогенность этих iPS. То есть они "возвращаются в молодость" (вернее, уходят в психоделический рай) совершенно не вместе, не одинаково. И почему они это делают - остается совершенной загадкой. Точнее, на фоне того, что вообще-то подобные процессы (образование iPS, образование раковой опухоли) происходят примерно одинаково, загадка - это почему организм-то настолько правильно и размеренно растет?
О! Блин. Ну вот. Я придумала еще одну идею. Я же говорю, они сами генерятся, сами по себе. Взять и посмотреть, насколько одинакова популяционная гетерогенность в тарелке при "ненатуральных" процессах (например, развитие рака и iPS, или oncogene-induced senescence и iPS, т.е. когда воздействие внешнее), посмотреть в популяции гетерогенность по одинаковым математическим законам идет или нет, и отличается ли она от спонтанного дифференцирования (естественным путем) математически или нет.
Классная идея кстати, Nature бы понравилось, они любят когда много графиков и все сложно и single-cell level.
Я ж говорю, я постоянно думаю, что мои идеи круче))
В общем, вот такая фигня. Я однозначно мыслю в стиле фундаментальной науки. Ставлю вопросы, ответы на которые неизвестно что в себе несут. Ведь если мы узнаем, какими математическими законами управляется поведение клетки при внешнем воздействии версус выполнении внутренней программы, кто знает, что это может нам принести?
Наш анализ крут еще и потому, что все, что мы делали, мы делали на одних и тех же клетках, в смысле мы начали с эмбриональных, дифференцировали их, а потом типа "вернули обратно". Ну и вот они нихрена не вернулись обратно. Они ушли в третье состояние какое-то. Не изначальное.
То есть как бы принято считать и везде пишут, мол, что мы научились возращать клетки обратно в состояние молодости. Ну и обычно люди анализировали, сравнивая разные клетки (полученные из разных источников), и у них получалось, что вроде как профайл iPS клеток ближе к эмбриональным стволовым, чем к дифференцированным. Но они-то сравнивали разные клеточные линии! А мы сравнивали одну и ту же, саму с собой, во времени. И у нас получилось, что они ни к тем, ни к тем не ближе. Они вообще какие-то выродки, сами по себе.
Ну то есть когда мы представляем их на графике совокупностью точек, то они получаются своей отдельной группой, которая не между стволовыми и дифференцированными, а где-то вверху и в стороне. И вот по моему опыту (я с ними мало работаю пока, но все же) и ощущению - по-моему графики не врут. По-моему эти iPS - это вообще не нормальные клетки.
Теперь вопрос: это кого-нибудь интересует или нет?
Говоря строго, это значит, что наверное для образования всяких там тератом и прочих фич вовсе не требуется быть эмбриональной стволовой клеткой. Химически.
Во-вторых, это наверное значит, что все-таки время как четвертый параметр в биологических системах совершенно неумолимо. И что раз дифференцировалось, обратно хрен вернешь. У них все ходы записаны.
В-третьих, меня сильно напрягла гетерогенность этих iPS. То есть они "возвращаются в молодость" (вернее, уходят в психоделический рай) совершенно не вместе, не одинаково. И почему они это делают - остается совершенной загадкой. Точнее, на фоне того, что вообще-то подобные процессы (образование iPS, образование раковой опухоли) происходят примерно одинаково, загадка - это почему организм-то настолько правильно и размеренно растет?
О! Блин. Ну вот. Я придумала еще одну идею. Я же говорю, они сами генерятся, сами по себе. Взять и посмотреть, насколько одинакова популяционная гетерогенность в тарелке при "ненатуральных" процессах (например, развитие рака и iPS, или oncogene-induced senescence и iPS, т.е. когда воздействие внешнее), посмотреть в популяции гетерогенность по одинаковым математическим законам идет или нет, и отличается ли она от спонтанного дифференцирования (естественным путем) математически или нет.
Классная идея кстати, Nature бы понравилось, они любят когда много графиков и все сложно и single-cell level.
Я ж говорю, я постоянно думаю, что мои идеи круче))
В общем, вот такая фигня. Я однозначно мыслю в стиле фундаментальной науки. Ставлю вопросы, ответы на которые неизвестно что в себе несут. Ведь если мы узнаем, какими математическими законами управляется поведение клетки при внешнем воздействии версус выполнении внутренней программы, кто знает, что это может нам принести?
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2016-07-27 01:58 pm (UTC)думаю, пока это тянет только на Sci Rep )) (новая идея; нетождественность iPS ES-ям тянет на повыше, в зависимости от того что можно там еще доделать)
ну и хим анализ - по неорганике, или органике?
Может вот в качестве ссылки пригодится http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc1600188?query=featured_home
no subject
Date: 2016-07-27 02:07 pm (UTC)Хим анализ у нас спректроскопический. На мне био-часть, на французе спектроскопия, и еще на одном чуваке математика и матлаб. Просто быстренькая бумага, которая всем не помешает.
Гетерогенность меряется всегда в зависимости от того, что происходит. Ну, например, если мы делаем плюрипотентные клетки, то что такое гетерогенность популяции? Это когда одни клетки в популяции становятся перепрограммированными, а другие нет (т.е. когда одни начинают менять форму, экспрессировать плюрипотентные гены (например Nanog), а другие нет), или если мы говорим о старении, то тогда одни клетки начинают становиться плоскими, вялыми и экспрессировать бета-галактосидазу, и другие нет. Берется вся эта картина, снимается несколько дней микроскопом, потом загоняется в программу и делается мат. анализ по разным параметрам гетерогенности. И выясняется, одинаковые паттерны или нет.
Про ссылку: они чо, больные, давать себе пересаживать посторонние эмбриональные-мезенхимные клетки?! 0_о
no subject
Date: 2016-07-27 02:09 pm (UTC)no subject
Date: 2016-07-27 02:09 pm (UTC)Есть немного.
Вот этот вот момент: "загадка - это почему организм-то настолько правильно и размеренно растет" - оно же до сих пор лежит в области непознанного? Если я чего не пропустил...
no subject
Date: 2016-07-27 02:21 pm (UTC)no subject
Date: 2016-07-27 02:27 pm (UTC)вопрос в том, сколько там придется всего намерять, для того чтобы сказать - да, там образуется другая популяция (а не 10 разных, у которых, однако - однообразие по одному из параметров). Довольно обширным мне видится исследование....
no subject
Date: 2016-07-27 02:39 pm (UTC)В общем и целом я говорю, конечно, просто по ассоциации того, что уже вижу. Наша лаба щас занимается как раз математикой в области гетерогенности клеточных популяций. По опыту это оказывается несложно сделать. Ну например мы видим картину, много клеток в тарелке, в этих клетках неравная экспрессия какого-то гена (можно померять сколько именно, вместе с изменением по времени). В итоге мы имеем картину, в которой n кадров, в каждом кадре клетки постепенно изменяют количество экспрессии гена. Каждой клетке мы, скажем, приписываем номер (там, 1, 2, 3, и т.д.) Далее мы смотрим как количествено изменяется экспрессия, соответствующая каждому номеру.
Это вот вообще несложно. Это лементарное программирование. В нашей лабе даже решили, нафига этим ограничиваться, давайте узнаем, насколько близки друг к другу однаковые паттерны. Скажем, мы имеем клетку номер 1, которая имеет график возрастания экспрессии логарифмический. Давайте узнаем, сколько из ее непосредственных соседей также имеют логарифмический график. И т.п.
То есть там пропасть возможностей. Тем не менее любое количество анализа может выдать довольно интересный результат.
no subject
Date: 2016-07-27 02:48 pm (UTC)В нулевых годах многие российские артисты радостно делали себе "омоложение" с использованием стволовых клеток.
Практически все они менее чем за десять лет скончались от онкологических заболеваний.
Это может быть как-то связано с результатами Вашего исследования?
no subject
Date: 2016-07-27 03:17 pm (UTC)no subject
Date: 2016-07-27 04:37 pm (UTC)Для меня разница в образовании iPS, раковой опухоли и здоровыми клетками организма - в регуляции. В организме же все очень круто регулируется, у каждой клетки своя внутренняя и внешняя "полиция", которая следит за тем, чтобы она вела себя как надо. In vitro это все воспроизвести нереально (по крайней мере пока), а в случае раковых клеток in vivo полиция как раз не уследила, и клетка стала раковой, выжила и стала размножаться...
Также в тарелке клетки находятся хоть и вместе, но их микроокружение немного различается: одни ближе к центру, другие по бокам... Чем меньше площадь, на которой засеяны клетки, тем, по моему опыту, больше разница: очень влияет мениск. Если что-то капаешь или несешь тарелку (и жидкость двигается), то получается разный shear stress для разных клеток. Температура тоже будет разная. Если поверхность чем-то функционализирована (типа покрыта фибронектином-желатином или чем еще), то все еще хуже, т.к. покрытие неравномерно.
То есть биохимическое воздействие (growth factor'ы, трансфекция и т.п.) - это только часть влияющих на клетки параметров, их очень много других, о которых биологи чаще всего не думают, словно их нет (это не критика кого-либо, а констатация). Это изучают биоматериальщики, и это ужас ужасный, потому что ни фига не понятно - где stiffness, где химия субстрата, где пористость - и как все это decouple, чтобы понять, что именно влияет на что именно.
А популяционная гетерогенность в тарелке при "ненатуральных" процессах разная, потому что разные клетки по-разному чувствительны к тем же параметрам.
no subject
Date: 2016-07-27 04:48 pm (UTC)Я вот iPS недолюбливаю, потому что все как с ума посходили из-за них, все теперь надо делать с iPS, а если ты не работала с ними
и не особо хочешь, то ты супер-лох и у тебя нет будущего. А я люблю взрослые стволовые клетки! Мезенхимальные, мышечные, жировые... Из них можно получать разные ткани и не надо извращаться - перепрограммировать, получая непонятно что. Но у меня ощущение, что никому это больше не интересно, все помешались на iPS.no subject
Date: 2016-07-27 08:14 pm (UTC)просто слишком много надежд на iPS повязано. Хай-иф журналы любят иногда потроллить мейнстрёмщиков такими неожиданными результатами.
no subject
Date: 2016-07-27 08:20 pm (UTC)Очень!!!.. Потенциально - всех "тканевых инженеров", например. Это помимо тех, кто вообще работает со стволовыми клетками.
> Про ссылку: они чо, больные, давать себе пересаживать посторонние
> эмбриональные-мезенхимные клетки?! 0_о
Жить захочешь, еще не так раскорячишься... (ц)
no subject
Date: 2016-07-27 08:32 pm (UTC)ну и второе замечание - если определить наличие субпопуляций будет.ю сложно, то включение динамики очень сильно усложнит задачу. и в пределе приведет к установлению факта уникальности каждой клетки популяции. Там важно будет суметь разграничить по каким параметрам будут выделяться субпопуляции. Нетривиальная задачка.
no subject
Date: 2016-07-27 08:51 pm (UTC)no subject
Date: 2016-07-27 11:07 pm (UTC)no subject
Date: 2016-07-27 11:11 pm (UTC)no subject
Date: 2016-07-27 11:16 pm (UTC)no subject
Date: 2016-07-28 12:44 am (UTC)no subject
Date: 2016-07-28 10:39 am (UTC)На английском вот нашла пример: JSPS.
http://www.jsps.go.jp/j-grantsinaid/35_kokusai/01_kyoka/download.html
Красивый такой грант, я себе такой хочу, когда вырасту (я щас там по возрасту не попадаю, слишком молодая, там с 36 можно только). Условий никаких нет практически, кроме того что ты должен работать в японском учреждении, вести проект (я так понимаю надо иметь достижения уже приличные) и хотеть делать исследования за рубежом. От рубежа ничего не требуется. Деньги туда уносить можно и на них там делать исследования. Ну посмотрите короче.
Вот такого дофига, но я специально коллаборационные не читаю, да и вообще не особо пока читаю - мне щас надо сконцентрироваться на том, чтоб сделать себе несколько публикаций. Но на следующий год обязательно начну подавать на всё.
no subject
Date: 2016-07-28 12:29 pm (UTC)no subject
Date: 2016-07-28 12:50 pm (UTC)no subject
Date: 2016-07-29 03:51 am (UTC)no subject
Date: 2016-07-29 06:47 am (UTC)no subject
Date: 2016-07-29 11:34 am (UTC)Впорос все равно был про то, надо че-то от заграницы или нет. По-моему как я поняла от заграницы ничего не надо.
no subject
Date: 2016-07-29 01:35 pm (UTC)Теперь вопрос: это кого-нибудь интересует или нет?
==
Интересует, конечно. только вот поскольку знания у большинства (и у меня в т.ч.)даже меньше чем школьный курсы биологии, понять суть описываемых вами проблем, мягко говоря, проблематично.
А вот скажите как вы относитесь к сказанному в этом видео?
просто отношение к сказанному, без обоснования. ибо обоснование неспециалисту один хрен не понять.
no subject
Date: 2016-07-30 12:53 am (UTC)о существовании таких видео (и подобных статей) знала давно. Самое интересное для меня в них то, что это, похоже, какой-то социальный феномен, общий для всех. Я уверена, что человек из видео не говорит и не читает по-английски, иначе бы он знал, что в англоязычном интернете этот феномен есть тоже. Для него есть специальное название даже, называется "теории заговора". Вкратце феномен заключется в том, что член общества в какой-то момент в отношении какого-либо общественного процесса (например, в данном случае биологический прогресс) теряет способность понимать, что происходит, и вместе с этим теряет способность ориентироваться в прессе. Реакция на собственное непонимание у этого человека почему-то одинаковая в любом обществе: человек начинает отрицать все, что имеет отношение к этому процессу, утверждать, что весь процесс - фигня от начала и до конца, и придумывать обоснования, почему это так ("им просто нужны деньги", "они хотят нас завоевать", "а власти скрывают" и пр.)
Довольно интересно наблюдать. Забавно, что, в то время как рассуждения про Долли точно такие же, как в американском интернете, аргументы про то, почему это так - зеркальные; в Америке они обычно бывают "это потому что злобные коммунисты хотят отобрать все НАШИ открытия, это потому что злобные коммунисты хотят всех нас держать за дураков".
Еще, конечно, на личном уровне мне печально, что в России есть такие люди. Хотя я знаю, что их существование, скорее всего, неизбежно (вероятно, это какой-то социальный слой, обусловленный, возможно, даже биологически - т.к. в Японии в интернете такие люди тоже есть, правда в реальности я их не встречала - в Японии такое в реальности говорить слишком неприлично), я бы предпочла, чтобы России показывала пример другим странам и граждане в ней были образованнее, чем в других странах. Но это так, чисто мечты.
no subject
Date: 2016-07-30 01:10 am (UTC)Наконец-то суббота!
Короче я села и подумала внимательно. Действительно, транзиент экспрессия тут не пойдет. Если бы мне приспичило делать описанный выше мной эксперимент, мне пришлось бы сделать следующее: осуществить knock-in GFP в хвост какого-то плюрипотентного гена (лучше всего Nanog, наверно), чтобы GFP был абсолютным маркером, т.е. появлялся только вместе с появление в клетке реального Нанога в хвосте этого Нанога.
Нок-ин сейчас, к сожалению, криспр-касом не сделаешь, надо делать таленами
понятия не имею как.Потом надо основать клеточную линию клонов с этим GFP, и только потом начать процесс перепрограммирования! И затем можно этот процесс снимать live cell imaging в течение двух-трех недель (это сколько процесс занимает) - это, пардон, надо целый инкубатор к микроскопу прицепить и бегать проверять каждые пять минут, правильно ли микроскоп снимает...
Охренеть же. Это целый грант.
Либо же пойти статистическим путем и наделать просто много кадров, каждый из которых статический и отражает, скажем, immunostaining, однако это ты затрахаешься красить клетки в течение трех недель, не говоря уже о том, что надо будет столько тарелок с перепрограммированием, сколько раз ты собираешься красить:((( Не, нереально.
no subject
Date: 2016-07-30 03:05 am (UTC)Вопрос в том, что это тоже своего рода эволюция - кто там остается поди разбери.
no subject
Date: 2016-08-10 06:54 pm (UTC)То есть, когда читаешь русскоязычные работы, то складывается впечатление, отобрали несколько параметров похожести - ага, iPS-клетки вот прям как ES клетки. Только "мэйд ин"... А список отличий что-то не попадался).
no subject
Date: 2016-09-26 07:47 am (UTC)Хочу посмотреть запись, к которой у меня нет доступа.