(no subject)
Jul. 27th, 2016 10:46 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
aridmoorsНаконец мы закончили мат. анализ химической информации плюрипотентных стволовых клеток. У нас получились очень красивые графики, которые ясно показывают, что iPS-клетки - не такие же, как ES клетки.
Наш анализ крут еще и потому, что все, что мы делали, мы делали на одних и тех же клетках, в смысле мы начали с эмбриональных, дифференцировали их, а потом типа "вернули обратно". Ну и вот они нихрена не вернулись обратно. Они ушли в третье состояние какое-то. Не изначальное.
То есть как бы принято считать и везде пишут, мол, что мы научились возращать клетки обратно в состояние молодости. Ну и обычно люди анализировали, сравнивая разные клетки (полученные из разных источников), и у них получалось, что вроде как профайл iPS клеток ближе к эмбриональным стволовым, чем к дифференцированным. Но они-то сравнивали разные клеточные линии! А мы сравнивали одну и ту же, саму с собой, во времени. И у нас получилось, что они ни к тем, ни к тем не ближе. Они вообще какие-то выродки, сами по себе.
Ну то есть когда мы представляем их на графике совокупностью точек, то они получаются своей отдельной группой, которая не между стволовыми и дифференцированными, а где-то вверху и в стороне. И вот по моему опыту (я с ними мало работаю пока, но все же) и ощущению - по-моему графики не врут. По-моему эти iPS - это вообще не нормальные клетки.
Теперь вопрос: это кого-нибудь интересует или нет?
Говоря строго, это значит, что наверное для образования всяких там тератом и прочих фич вовсе не требуется быть эмбриональной стволовой клеткой. Химически.
Во-вторых, это наверное значит, что все-таки время как четвертый параметр в биологических системах совершенно неумолимо. И что раз дифференцировалось, обратно хрен вернешь. У них все ходы записаны.
В-третьих, меня сильно напрягла гетерогенность этих iPS. То есть они "возвращаются в молодость" (вернее, уходят в психоделический рай) совершенно не вместе, не одинаково. И почему они это делают - остается совершенной загадкой. Точнее, на фоне того, что вообще-то подобные процессы (образование iPS, образование раковой опухоли) происходят примерно одинаково, загадка - это почему организм-то настолько правильно и размеренно растет?
О! Блин. Ну вот. Я придумала еще одну идею. Я же говорю, они сами генерятся, сами по себе. Взять и посмотреть, насколько одинакова популяционная гетерогенность в тарелке при "ненатуральных" процессах (например, развитие рака и iPS, или oncogene-induced senescence и iPS, т.е. когда воздействие внешнее), посмотреть в популяции гетерогенность по одинаковым математическим законам идет или нет, и отличается ли она от спонтанного дифференцирования (естественным путем) математически или нет.
Классная идея кстати, Nature бы понравилось, они любят когда много графиков и все сложно и single-cell level.
Я ж говорю, я постоянно думаю, что мои идеи круче))
В общем, вот такая фигня. Я однозначно мыслю в стиле фундаментальной науки. Ставлю вопросы, ответы на которые неизвестно что в себе несут. Ведь если мы узнаем, какими математическими законами управляется поведение клетки при внешнем воздействии версус выполнении внутренней программы, кто знает, что это может нам принести?
Наш анализ крут еще и потому, что все, что мы делали, мы делали на одних и тех же клетках, в смысле мы начали с эмбриональных, дифференцировали их, а потом типа "вернули обратно". Ну и вот они нихрена не вернулись обратно. Они ушли в третье состояние какое-то. Не изначальное.
То есть как бы принято считать и везде пишут, мол, что мы научились возращать клетки обратно в состояние молодости. Ну и обычно люди анализировали, сравнивая разные клетки (полученные из разных источников), и у них получалось, что вроде как профайл iPS клеток ближе к эмбриональным стволовым, чем к дифференцированным. Но они-то сравнивали разные клеточные линии! А мы сравнивали одну и ту же, саму с собой, во времени. И у нас получилось, что они ни к тем, ни к тем не ближе. Они вообще какие-то выродки, сами по себе.
Ну то есть когда мы представляем их на графике совокупностью точек, то они получаются своей отдельной группой, которая не между стволовыми и дифференцированными, а где-то вверху и в стороне. И вот по моему опыту (я с ними мало работаю пока, но все же) и ощущению - по-моему графики не врут. По-моему эти iPS - это вообще не нормальные клетки.
Теперь вопрос: это кого-нибудь интересует или нет?
Говоря строго, это значит, что наверное для образования всяких там тератом и прочих фич вовсе не требуется быть эмбриональной стволовой клеткой. Химически.
Во-вторых, это наверное значит, что все-таки время как четвертый параметр в биологических системах совершенно неумолимо. И что раз дифференцировалось, обратно хрен вернешь. У них все ходы записаны.
В-третьих, меня сильно напрягла гетерогенность этих iPS. То есть они "возвращаются в молодость" (вернее, уходят в психоделический рай) совершенно не вместе, не одинаково. И почему они это делают - остается совершенной загадкой. Точнее, на фоне того, что вообще-то подобные процессы (образование iPS, образование раковой опухоли) происходят примерно одинаково, загадка - это почему организм-то настолько правильно и размеренно растет?
О! Блин. Ну вот. Я придумала еще одну идею. Я же говорю, они сами генерятся, сами по себе. Взять и посмотреть, насколько одинакова популяционная гетерогенность в тарелке при "ненатуральных" процессах (например, развитие рака и iPS, или oncogene-induced senescence и iPS, т.е. когда воздействие внешнее), посмотреть в популяции гетерогенность по одинаковым математическим законам идет или нет, и отличается ли она от спонтанного дифференцирования (естественным путем) математически или нет.
Классная идея кстати, Nature бы понравилось, они любят когда много графиков и все сложно и single-cell level.
Я ж говорю, я постоянно думаю, что мои идеи круче))
В общем, вот такая фигня. Я однозначно мыслю в стиле фундаментальной науки. Ставлю вопросы, ответы на которые неизвестно что в себе несут. Ведь если мы узнаем, какими математическими законами управляется поведение клетки при внешнем воздействии версус выполнении внутренней программы, кто знает, что это может нам принести?
