(no subject)
Mar. 6th, 2014 12:04 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
aridmoorsСкажите правду, вы тоже подсели на секвенирование?
Ну секвенирование. Когда надо или плазмид сделать, или свой кусок какой-то прочитать. Ведь конкретно же азартные игры напоминает, чистой воды азартные игры. И ощущение прямо такое, как в игровых автоматах, открываешь код, заветный файл, начинаешь читать - ну? Ну?! НУ?!?! И - "А, чччерт!". Или наоборот - "Йеееййй!!! Уррра!! Оно!!!"
У меня еще главно же плазмиды такие. Мне много штук надо сделать. И там когда ДНК вставляешь в вектор, там с обоих концов один и тот же энзим.
Ну вот есть плазмид, круглый. Вот такой.
И в него надо вставить кусок ДНК. У которого концы одинаковые. Там, скажем, левый конец кончается на AGATCA, и правый тоже кончается на AGATCA. Понятно, что если концы одинаковые, то если вклеивать в пробирке, то вероятность, что оно вклеится слева направо, или что справа налево - 50%.
И вот представьте. Вот значит, заказываю я праймеры, обрабатываю их два дня, сажу бактерии, собираю еще три дня, скриню, подготавливаю - чертова уйма работы. Больше недели же уходит. И вот все это время каждый сэмпл ты обрабатываешь так, как будто там нужная тебе ДНК сидит. Как следует. Вкладываешься, можно сказать. Кровные свои. И вот значит, последний этап: секвенирование. Чтобы узнать, значит, что ж там вклеилось.
Приходит файл. Уже сам файл - это конфета какая-то. Потому что в файле же штук 8 результатов разных. 8 разных плазмидов, и в каждом вероятность - попал-не попал?
И вот я открываю файл. Неееее, я не люблю программой, программой невкусно. Я руками люблю. Чтобы, значит, полностью насладиться. Открываю я файл, в котором что-то типа такого:
TCGTCCTTCGCCCTTTGACGCAATGGGCGGTAGGCGTGTACGGTGGGAGGTCTATATAAGCAGAGCTGGTTTAGTGAACCGTCAGATCCGCTAGCGCTACCGGACTCAGATCAATGGGCTGTGGCTGCAGCTCACACCCGGAAAAAGATCTCGAGCTCAGCTTCGAATTCTGCAGTCGACTTCTTCTTTGCCTGGCCTGCTTTTTTGGTAGCCGCAGGCCTCTTCATCGACTTCTTCTTTGCCTGGCCTGCTTTTTTGTAGCCGCAGGCCTCTTCATCGACGGTACCGCGGGCCCGGGATCCACCGGTCGCCACCATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGGGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTGGACGGCGACGTAAACGGCCACAAGTTCAGCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGGCGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTCGTGACCACCCTGACCTACGGCGTGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGACCACATGAAGCAGCACGACTTCTTCAAGTCCGCCATGCCCGAAGGCTACGTCCAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGGACGACGGCAACTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAG
И вот оно! Вот оно! Как будто карты в покере открываются.
Ну вот, TCGTCCTTCGCCCTTTGACGCAATGGGCGGTAGGCGTGTACGGTGGGAGGTCTATATAAGCAGAGCTGGTT - это CMV-промоутер... так... я его наизусть уже знаю, знаю куда смотреть, там сначала CGC, а потом через некоторое время GTG, там всегда в одном и том же месте...
Потом там идет плазмид, это CCGCTAGCGCTACCGGACTCA, "таг", "так" и "гац", я помню... и...
И вот! AGA-TCA-ATG! А-тэ-гэ!! Старт-кодон!! Это старт-кодон!! Ура!!
Нет, я реально не могу описать, меня плющит каждый раз искать место и находить, вклеилось - не вклеилось.
И главно, у меня же как в азартных играх, количество правильных попаданий на самом деле намного ниже, чем 50%. Потому что если концы ДНК одинаковые, она же подряд два раза вклеивается, сволочь. И три раза. И как попало. То есть правильных плазмидов в итоге вообще мало получается. И от этого драйв азартный тока круче.
Ну секвенирование. Когда надо или плазмид сделать, или свой кусок какой-то прочитать. Ведь конкретно же азартные игры напоминает, чистой воды азартные игры. И ощущение прямо такое, как в игровых автоматах, открываешь код, заветный файл, начинаешь читать - ну? Ну?! НУ?!?! И - "А, чччерт!". Или наоборот - "Йеееййй!!! Уррра!! Оно!!!"
У меня еще главно же плазмиды такие. Мне много штук надо сделать. И там когда ДНК вставляешь в вектор, там с обоих концов один и тот же энзим.
Ну вот есть плазмид, круглый. Вот такой.
И в него надо вставить кусок ДНК. У которого концы одинаковые. Там, скажем, левый конец кончается на AGATCA, и правый тоже кончается на AGATCA. Понятно, что если концы одинаковые, то если вклеивать в пробирке, то вероятность, что оно вклеится слева направо, или что справа налево - 50%.
И вот представьте. Вот значит, заказываю я праймеры, обрабатываю их два дня, сажу бактерии, собираю еще три дня, скриню, подготавливаю - чертова уйма работы. Больше недели же уходит. И вот все это время каждый сэмпл ты обрабатываешь так, как будто там нужная тебе ДНК сидит. Как следует. Вкладываешься, можно сказать. Кровные свои. И вот значит, последний этап: секвенирование. Чтобы узнать, значит, что ж там вклеилось.
Приходит файл. Уже сам файл - это конфета какая-то. Потому что в файле же штук 8 результатов разных. 8 разных плазмидов, и в каждом вероятность - попал-не попал?
И вот я открываю файл. Неееее, я не люблю программой, программой невкусно. Я руками люблю. Чтобы, значит, полностью насладиться. Открываю я файл, в котором что-то типа такого:
TCGTCCTTCGCCCTTTGACGCAATGGGCGGTAGGCGTGTACGGTGGGAGGTCTATATAAGCAGAGCTGGTTTAGTGAACCGTCAGATCCGCTAGCGCTACCGGACTCAGATCAATGGGCTGTGGCTGCAGCTCACACCCGGAAAAAGATCTCGAGCTCAGCTTCGAATTCTGCAGTCGACTTCTTCTTTGCCTGGCCTGCTTTTTTGGTAGCCGCAGGCCTCTTCATCGACTTCTTCTTTGCCTGGCCTGCTTTTTTGTAGCCGCAGGCCTCTTCATCGACGGTACCGCGGGCCCGGGATCCACCGGTCGCCACCATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGCTGTTCACCGGGGTGGTGCCCATCCTGGTCGAGCTGGACGGCGACGTAAACGGCCACAAGTTCAGCGTGTCCGGCGAGGGCGAGGGCGATGCCACCTACGGCAAGCTGACCCTGAAGTTCATCTGCACCACCGGCAAGCTGCCCGTGCCCTGGCCCACCCTCGTGACCACCCTGACCTACGGCGTGCAGTGCTTCAGCCGCTACCCCGACCACATGAAGCAGCACGACTTCTTCAAGTCCGCCATGCCCGAAGGCTACGTCCAGGAGCGCACCATCTTCTTCAAGGACGACGGCAACTACAAGACCCGCGCCGAGGTGAAGTTCGAG
И вот оно! Вот оно! Как будто карты в покере открываются.
Ну вот, TCGTCCTTCGCCCTTTGACGCAATGGGCGGTAGGCGTGTACGGTGGGAGGTCTATATAAGCAGAGCTGGTT - это CMV-промоутер... так... я его наизусть уже знаю, знаю куда смотреть, там сначала CGC, а потом через некоторое время GTG, там всегда в одном и том же месте...
Потом там идет плазмид, это CCGCTAGCGCTACCGGACTCA, "таг", "так" и "гац", я помню... и...
И вот! AGA-TCA-ATG! А-тэ-гэ!! Старт-кодон!! Это старт-кодон!! Ура!!
Нет, я реально не могу описать, меня плющит каждый раз искать место и находить, вклеилось - не вклеилось.
И главно, у меня же как в азартных играх, количество правильных попаданий на самом деле намного ниже, чем 50%. Потому что если концы ДНК одинаковые, она же подряд два раза вклеивается, сволочь. И три раза. И как попало. То есть правильных плазмидов в итоге вообще мало получается. И от этого драйв азартный тока круче.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2014-03-06 01:04 pm (UTC)Удачного секвенирования! ;)
no subject
Date: 2014-03-06 02:38 pm (UTC)no subject
Date: 2014-03-06 03:14 pm (UTC)no subject
Date: 2014-03-06 03:59 pm (UTC)no subject
Date: 2014-03-09 06:09 pm (UTC)http://www.softcraft.ru/paradigm/dp/
© 2003 И.А. Дехтяренко
Содержание
1.Программирование в повествовательном наклонении
...
и возможно, если вам понадобится работать(обрабатывать) с цепочками символов (DNA,RNA, etc) один из диалектов лиспа(LISP)