чем я занимаюсь, ковид
Oct. 16th, 2021 09:24 am![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
aridmoorsпро что мой грант и чем я занимаюсь
У меня сейчас очень хорошие условия. Я получила независимое финансирование на два года, включая так называемую "оплату проживания" (подневно, т.е. она не считается доходом и не облагается налогом) и деньги на собственно исследования. Это означает, что моему шефу выгодно держать меня в лабе в любом случае, болею или не болею, хожу на работу или не хожу - не уволят. Грант был крайне... как это по-русски, competitive? Соревновательный? Нет... короче много человек подавали (сотни), выбрали только 5%, я попала в эти 5%. Этим можно и нужно гордиться, но гордиться у меня не получается, потому что выгорела. Но это неважно.
Про что грант? Коротко - про силии и КОВИД.
Силии (или, в русской биологии - "реснички") - это такие отростки на клетке. Иногда их бывает много сразу на одной клетке (до 100 штук), иногда только одна.
Мой грант строился на... эм... я хотела сказать "находке", но это не находка, а пока только очень неточная и непроверенная информация о том, что рецептор (называется ACE2), с помощью которого коронавирус проникает в клетку, находится в силиях. Существует ровно две статьи (кто может, назовите больше) о том, что этот рецептор находится в силиях. Одна из этих статей ОЧЕНЬ ненадежная (методы, которыми проверяли, хреновые), а вторая статья тоже ненадежная, но чуть более надежная. ТОЧНЫХ доказательств тому, что рецептор действительно находится в силиях, пока что нет. Но грант я все равно строила на основании этих данных, потому что проверяющие грант люди имеют всего 30 минут на один грант, поэтому они никогда не проверяют ссылки в грантах и вообще верят на слово.
Вот картинка из статьи (кстати, напечатались они очень высоко, в Nature Communications, хотя имхо этого не заслуживают).
На картинке виден отросток с пузырем на кончике, это и есть силия. Зеленым покрашен рецептор, красным покрашен условный маркер силий (чтобы точно знать, что это именно силия), остальное неважно.
Мой грант строится на довольно интересной гипотезе, которую я выложу здесь, украсть ее все равно никто не сможет, потому что клеточных линий, в которых ее можно надежно проверить, не существует, и надо что-то придумывать, а придумывать люди, которые крадут идеи, обычно не умеют. Кроме того, я расскажу не весь грант, а только часть, да и потом все равно конкретно по этому гранту мне просто надо будет написать отчет в конце работы и все.
Идея, в общем, вот какая.
Вирус ковида (САРС-КоВ-2) имеет размер около 0.1 микрометра. Очень маленький, короче. Выглядит как шарик размером 0.1 микрометра, с шипами по поверхности. Примерно вот так:
Сколько конкретно шипов на вирусе, я не знаю, но может что-то от 20 до 50. Шипы мультивалентны, другими словами они все работают все время, любой из них рабочий и может привязываться к рецептору в любое время.
Силии в легочном эпителии, в свою очередь, выглядят как-то так:
Вот эти полоски по левой стороне, которых много - это силии, обратите внимание, что они создают практически барьер, непроходимый лес как бы. При этом размер одной силии в длину около 6-10 микрометров, а в диаметре около 1 микрометра. То есть вирус по сравнению с одной силией - это КРАЙНЕ маленький шарик, размером в десять раз меньше, чем кончик одной силии.
Теперь представьте, что вируса снаружи этого леса очень много. Тысячи шариков. И представьте, что рецептор, к которому они приклеиваются, находится внутри этих силий. Что произойдет?
Моя гипотеза: так как шарики вируса приклеиваются к силиям, а силии расположены очень близко друг к другу, произойдет что? Правильно, один шарик может приклеиться сразу к двум, а то и трем силиям и "склеить" их. В норме этот лет силий ритмично двигается, и это необходимо для нормального дыхания. Если же у нас вирус посклеивал все силии, мы будем наблюдать что? Правильно, затрудненное дыхание и СУХОЙ кашель (потому что у нас склеенный лес силий будет покрывать клетки таким как бы клейким слоем, который нарушит обычные функции).
Это совпадает с описанием симптомов коронавируса. Если у нас силии превратились в клейкую массу, которая вместо движения начинает покрывать клеем поверхность клеток, то мы и будем наблюдать затруднение дыхания, сухой бесполезный кашель, и бесполезные попытки организма избавиться от этого клея.
Моя задача проверить, так ли это на самом деле.
Главная проблема для меня в данным момент - это, во-первых, проверить, действительно ли рецептор находится в силиях, и если да, будут ли шарики вируса склеивать силии. Проверить это на обычных клеточных культурах, существующих в мире, нереально, потому что обычные доступные клеточные культуры имеют очень короткие силии и по одной штуке, как вот на первой картинке. Клеточных культур, которые бы легко росли в тарелке и имели бы лес силий, не существует. Вывести такую культуру можно, но очень сложно, еще сложнее удерживать ее живой в тарелке. В данный момент я занимаюсь проверкой гипотезы, что рецептор действительно находится в силиях. Если я найду, что находится, оттуда буду плясать дальше, если же найду что нет, не находится, тогда это ставит под вопрос эту самую "высокую" статью в Nature Communications, которая якобы нашла, что рецептор находится в силиях.
Как-то так.
У меня сейчас очень хорошие условия. Я получила независимое финансирование на два года, включая так называемую "оплату проживания" (подневно, т.е. она не считается доходом и не облагается налогом) и деньги на собственно исследования. Это означает, что моему шефу выгодно держать меня в лабе в любом случае, болею или не болею, хожу на работу или не хожу - не уволят. Грант был крайне... как это по-русски, competitive? Соревновательный? Нет... короче много человек подавали (сотни), выбрали только 5%, я попала в эти 5%. Этим можно и нужно гордиться, но гордиться у меня не получается, потому что выгорела. Но это неважно.
Про что грант? Коротко - про силии и КОВИД.
Силии (или, в русской биологии - "реснички") - это такие отростки на клетке. Иногда их бывает много сразу на одной клетке (до 100 штук), иногда только одна.
Мой грант строился на... эм... я хотела сказать "находке", но это не находка, а пока только очень неточная и непроверенная информация о том, что рецептор (называется ACE2), с помощью которого коронавирус проникает в клетку, находится в силиях. Существует ровно две статьи (кто может, назовите больше) о том, что этот рецептор находится в силиях. Одна из этих статей ОЧЕНЬ ненадежная (методы, которыми проверяли, хреновые), а вторая статья тоже ненадежная, но чуть более надежная. ТОЧНЫХ доказательств тому, что рецептор действительно находится в силиях, пока что нет. Но грант я все равно строила на основании этих данных, потому что проверяющие грант люди имеют всего 30 минут на один грант, поэтому они никогда не проверяют ссылки в грантах и вообще верят на слово.
Вот картинка из статьи (кстати, напечатались они очень высоко, в Nature Communications, хотя имхо этого не заслуживают).
На картинке виден отросток с пузырем на кончике, это и есть силия. Зеленым покрашен рецептор, красным покрашен условный маркер силий (чтобы точно знать, что это именно силия), остальное неважно.
Мой грант строится на довольно интересной гипотезе, которую я выложу здесь, украсть ее все равно никто не сможет, потому что клеточных линий, в которых ее можно надежно проверить, не существует, и надо что-то придумывать, а придумывать люди, которые крадут идеи, обычно не умеют. Кроме того, я расскажу не весь грант, а только часть, да и потом все равно конкретно по этому гранту мне просто надо будет написать отчет в конце работы и все.
Идея, в общем, вот какая.
Вирус ковида (САРС-КоВ-2) имеет размер около 0.1 микрометра. Очень маленький, короче. Выглядит как шарик размером 0.1 микрометра, с шипами по поверхности. Примерно вот так:
Сколько конкретно шипов на вирусе, я не знаю, но может что-то от 20 до 50. Шипы мультивалентны, другими словами они все работают все время, любой из них рабочий и может привязываться к рецептору в любое время.
Силии в легочном эпителии, в свою очередь, выглядят как-то так:
Вот эти полоски по левой стороне, которых много - это силии, обратите внимание, что они создают практически барьер, непроходимый лес как бы. При этом размер одной силии в длину около 6-10 микрометров, а в диаметре около 1 микрометра. То есть вирус по сравнению с одной силией - это КРАЙНЕ маленький шарик, размером в десять раз меньше, чем кончик одной силии.
Теперь представьте, что вируса снаружи этого леса очень много. Тысячи шариков. И представьте, что рецептор, к которому они приклеиваются, находится внутри этих силий. Что произойдет?
Моя гипотеза: так как шарики вируса приклеиваются к силиям, а силии расположены очень близко друг к другу, произойдет что? Правильно, один шарик может приклеиться сразу к двум, а то и трем силиям и "склеить" их. В норме этот лет силий ритмично двигается, и это необходимо для нормального дыхания. Если же у нас вирус посклеивал все силии, мы будем наблюдать что? Правильно, затрудненное дыхание и СУХОЙ кашель (потому что у нас склеенный лес силий будет покрывать клетки таким как бы клейким слоем, который нарушит обычные функции).
Это совпадает с описанием симптомов коронавируса. Если у нас силии превратились в клейкую массу, которая вместо движения начинает покрывать клеем поверхность клеток, то мы и будем наблюдать затруднение дыхания, сухой бесполезный кашель, и бесполезные попытки организма избавиться от этого клея.
Моя задача проверить, так ли это на самом деле.
Главная проблема для меня в данным момент - это, во-первых, проверить, действительно ли рецептор находится в силиях, и если да, будут ли шарики вируса склеивать силии. Проверить это на обычных клеточных культурах, существующих в мире, нереально, потому что обычные доступные клеточные культуры имеют очень короткие силии и по одной штуке, как вот на первой картинке. Клеточных культур, которые бы легко росли в тарелке и имели бы лес силий, не существует. Вывести такую культуру можно, но очень сложно, еще сложнее удерживать ее живой в тарелке. В данный момент я занимаюсь проверкой гипотезы, что рецептор действительно находится в силиях. Если я найду, что находится, оттуда буду плясать дальше, если же найду что нет, не находится, тогда это ставит под вопрос эту самую "высокую" статью в Nature Communications, которая якобы нашла, что рецептор находится в силиях.
Как-то так.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2021-10-16 12:25 am (UTC)LiveJournal categorization system detected that your entry belongs to the following categories: Коронавирус (https://www.livejournal.com/category/koronavirus?utm_source=frank_comment), Медицина (https://www.livejournal.com/category/medicina?utm_source=frank_comment), Наука (https://www.livejournal.com/category/nauka?utm_source=frank_comment).
If you think that this choice was wrong please reply this comment. Your feedback will help us improve system.
Frank,
LJ Team
no subject
Date: 2021-10-16 01:13 am (UTC)no subject
Date: 2021-10-16 01:26 am (UTC)Чисто теоретически, да.
no subject
Date: 2021-10-16 01:32 am (UTC)no subject
Date: 2021-10-16 02:03 am (UTC)Эта гипотеза объясняет ковидоподобные симптомы у ошмурдяченных, такие как онемения, потеря обоняния, скачки давления, туман в голове и прочее, вплоть до тромбозов и забивания мелких сосудов.
Если допустить, что спайк без основного тела вируса может самостоятельно прикрепляться к АСЕ рецепторам то эта жижа в прибивках жесть какая дрянь.
https://journals.physiology.org/doi/full/10.1152/physiolgenomics.00087.2020
no subject
Date: 2021-10-16 04:40 am (UTC)no subject
Date: 2021-10-16 06:23 am (UTC)no subject
Date: 2021-10-16 07:00 am (UTC)no subject
Date: 2021-10-16 07:06 am (UTC)А сами верите в то, что рецептор в силиях?:) Есть ли данные о том, что он в другом месте?
no subject
Date: 2021-10-16 07:08 am (UTC)no subject
Date: 2021-10-16 07:25 am (UTC)no subject
Date: 2021-10-16 07:35 am (UTC)Очень интересно. Эти волоски - силии - как будто представляют собой защитный барьер от частичек пыли и лишней влаги, которые не проникают дальше кончиков волосков и выбрасываются из легких при кашле, чихании и, может быть, обычном дыхании. Этот "лес" из силий похож на значительно более крупные волоски различных насекомых и некоторых других микроорганизмов, служащих для защиты их поверхности от пыли, влаги и всякой грязи. Их отталкивающее действие связано с работой сил поверхностного натяжения, которое старается выпрямить деформированную волосками поверхность капли и снять локальное напряжение, возникшее на поверхности твёрдой частички за счёт сил поляризации. Об этом я уже как-то писал в блоге И-П, отвечая на вопрос, почему поверхности насекомых не намокают и не загрязняются.
Похоже, природа пользуется похожими приёмами защиты на разных геометрических масштабах. Но маленьким вирусам защитный лес силий, похоже, не помеха. Даже наоборот, им удобно запутаться в таком "лесу" и прикрепиться именно к пузырьку на конце силии, если там "ключик подойдёт к замку". Поскольку на размерах нанометров (а 0.1 мкм вируса - это 100 нм) классическое понятие поверхностного натяжения уже плохо работает. Но если "замочек" на силии по каким-то причинам инактивирован защитными средствами организма, вирусу ничего не останется делать, как присоединиться к какой-нибудь капельке влаги, которых всегда много внутри лёгких, и убраться обратно туда, откуда пришёл.
"Моя гипотеза: так как шарики вируса приклеиваются к силиям, а силии расположены очень близко друг к другу, произойдет что? Правильно, один шарик может приклеиться сразу к двум, а то и трем силиям и "склеить" их. Если у нас силии превратились в клейкую массу, которая вместо движения начинает покрывать клеем поверхность клеток, то мы и будем наблюдать затруднение дыхания, сухой бесполезный кашель, и бесполезные попытки организма избавиться от этого клея. Моя задача проверить, так ли это на самом деле."
Да, уж... Клейкая масса - это, конечно не вода или водный раствор. И превратиться в круглую капельку на поверхности "леса" силий она уже не сможет. Придётся прибегнуть к сильному кашлю, чтобы плёнку более-менее клейкой массы собрать сначала в некое подобие волны (солитона, как говорят физики), а потом разбить её на части (как разбивается кромка лопнувшего мыльного пузыря) и выбросить наружу. Хотя, может быть, "склеивать" силии самому вирусу и не обязательно. Это вполне может сделать своими липкими выделениями сам организм в борьбе с проникшим через силии вирусом.
PS. Даже если рецептор для вируса вдруг не обнаружится в силии, реакция организма на его проникновение может быть такой же, как описано выше: клейкие выделения для защиты от неизвестной угрозы, кашель и затруднённое дыхание, воспаление в клетках эпителия и болевые ощущения.
И всяческих Вам успехов в работе!
Силии (отростки у клеток) и Ковид. Мой комментарий к пос
Date: 2021-10-16 07:49 am (UTC)Силии (отростки у клеток) и Ковид. Мой комментарий к пос
Date: 2021-10-16 07:49 am (UTC)no subject
Date: 2021-10-16 08:00 am (UTC)Табакокурении выжигает ворсинки мерцательного эпителия — "утренний кашель курильщика" основан на этом.
Ваша гипотеза крайне правдоподобна.
no subject
Date: 2021-10-16 08:06 am (UTC)Силии активно гребут, гоня слизь, в которую погрружены, к выходу.
Сравнивать вирусы с капельками жидкости просто нет смысла - и не потому, что "классическое понятие поверхностного натяжения уже плохо работает", а потому что контекст вообще другой. Если бы вирусы были классическими капельками, то эти капельки при таких соотношениях размеров отлично проходили бы между силиями - "волосками", точно так же (с поправкой на роль силы тяжести), как травяной покров с вощёными листьями не сохранит почву сухой при дожде.
"чтобы плёнку более-менее клейкой массы собрать.."
Для этого силии надо сначала оторвать.
no subject
Date: 2021-10-16 08:14 am (UTC)no subject
Date: 2021-10-16 08:15 am (UTC)no subject
Date: 2021-10-16 08:25 am (UTC)no subject
Date: 2021-10-16 09:07 am (UTC)no subject
Date: 2021-10-16 11:04 am (UTC)no subject
Date: 2021-10-16 11:08 am (UTC)no subject
Date: 2021-10-16 02:11 pm (UTC)а?
А в гистологии это видно, интересно.
были бы у нас, может трупного материала бы вам накопали
или нельзя это проверить на человеке?
no subject
Date: 2021-10-16 02:15 pm (UTC)no subject
Date: 2021-10-16 03:12 pm (UTC)Впрочем, это ваше полувранье интересное — "Иммунной памяти надо пару дней на раскачку (что сильно быстрее 6-8 дней, нужных для развития приобретенного иммунитета у невакцинированных), если в эти два дня вирус успевает бешено размножиться, вот вам и инфекция."
Все верно, пару дней на раскачку тем кто вакцинировался, а по чесноку 3-4 дня, а вот у не привитых антитела выработаются через 5-6. Есть ли разница?
А теперь ложь —" если в эти два дня вирус успевает бешено размножиться, вот вам и инфекция". Безусловно вирус размножиться как у привитых, так и не у привитых. Или вы не знаете, что на слизистой антител нет, в носоглотке нет, в кишечнике нет?
Именно по этому у факцин нет стерелизующего иммунитета, потому, что до попадания в лёгкие никаких антител нет даже в бронхах.
Теперь возникает вопрос, у вас есть лишний тимус? Тимус после 30 не восстанавливается. Вот вы сделали себе две прививки, потратили Т клетки тимуса, после скольких реваков он у вас откажет или вы не планируете дожить до старости?
Но мы ещё дальше пойдём. Чем лечат ковидлу? Ничем. Дексамитазоном снижают антитела которые вызывают цитокиновый шторм. А чем убивают вирус? Ничем. Вирус вам не вредит, это ваш организм начинает делать антитела и они цитокиновый штормом производят апоптоз ваших лёгких.
И расскажите мне, зачем держать напряжённый иммунитет факциной, что бы пораньше апоптоз начался? И он начнётся, при должной вирусной нагрузке. А если вируса мало попало в носоглотку и он не упал в лёгкие? Это уже не ковид пневмония, а неосложненное орви и в данном случае ваши антитела вам в лёгких не понадобятся.