(no subject)

[aridmoors]

ВНЕЗАПНО обнаружила, что молекулярная биология, как наука, гораздо точнее, чем медицинская фармацевтика и белковый инженеринг 0_o

В биологии я, в буквальном смысле, НИКОГДА не встречала абсолютно противоположных утверждений. Как пример, в белковой инженерии одни статьи пишут: "маленькие фрагменты антител лучше, чем большие, потому что они легче проникают в ткани", а другие статьи тут же пишут: "никем никогда не было доказано, что маленькие фрагменты антител лучше проникают в ткани"!!

Вот в молекулярной биологии такого раздрая я просто никогда не видела. Плюс общее качество статей в мед. фармацевтике и белковой инженерии НАМНОГО ниже, чем в молекулярной биологии... пример: в фармацевтике допустимо писать "считается, что отделение Fc фрагмента от Fv фрагмента не оказывает влияния на способность антитела связываться с целью и на его термостабильность".
"СЧИТАЕТСЯ"!!! ("it is assumed"!!!) В смысле, ни ссылок, ничего. Никаких доказательств. Вот я таких фраз в биологических статьях не видела. А тут это норма блин... гуманитарность какая-то...

Вообще, я для себя еще раз убедилась, что точность науки определяется не количеством цифр или методами исследований, а языком. Еще раз скажу свою любимую цитату, потому что она правдивая и я ее люблю: "Язык - это орудие мышления. Обращаться с языком кое-как - значит и мыслить кое-как: неточно, приблизительно, неверно." (А.Н. Толстой)

Потому что в биологии неоднозначных находок и сложности систем никак не меньше, чем в белковом инженеринге, и вся проблема заключается в том, КАК люди пишут о находках. То есть какой градус неопределенности лексики допускается. В биологии требуется больший градус точности лексики. Например, нельзя писать просто "ген", надо указывать, о чем идет речь, об РНК, о протеине, о каком сплайс-варианте и т.д. В белковом инженеринге допускается не указывать, например, каким линкером были связаны VH и VL, что для меня уж совсем 0_o.

В общем, молекулярная биология это точная наука. Гораздо точнее, чем даже вот казалось бы химическая отрасль, белковый инженеринг...

На практике это означает, что резче выражено "расслоение научных статей" (ну по аналогии с расслоением общества на бедных и богатых). То есть в белковом инженеринге есть "элитные статьи" (печатающиеся в Нейчер и Сайенс, где не допускают неточностей в выражениях и утверждений без цитат, и где все статьи вылизываются нейтив спикерами), и "сбродом нищих статей", где все вот это вот допускается, и в результате читатель будет плавать, простите, в г., не зная кому верить. В биологии этого нет. В биологии равенства больше. Статьи в маленьких журналах как правило тоже достаточно точные, просто они не смогли попасть в элитный журнал, но качество у них все равно от среднего до высокого, нет безосновательных утверждений.

Интересно прям. Я не подозревала, что вот, такое расслоение может быть прям вот в химии, прям в белковом инженеринге.

Comments

[marinta.livejournal.com]

Спасибо за цитату АН Толстого.
Использую на занятиях со студентами как аргумент - привирают в базовых определениях, плавают в терминах...

[aridmoors.livejournal.com]

Да, цитата классная, и ее нужно знать всем ученым, имхо.

[matholimp.livejournal.com]

Согласен с тем, что язык - это орудие мышления. Но языком науки служит математика.
И где в фармацевтике математические модели?

[aridmoors.livejournal.com]

В фармацевтике как раз сейчас начали принимать математические модели.

Вопрос в том, как они пишут статьи.

[matholimp.livejournal.com]

Именно, что только начали.
А вся реальная практика - методом тыка.

[p2004r.livejournal.com]

Ссылки перестали быть "просто ссылками". Все это последствия "наукометрического шабаша" (во многом).

[aridmoors.livejournal.com]

Это зависит от конкретной дисциплины. В биологии гораздо больше точности.

[psilogic.livejournal.com]

А после этого какой-нибудь студент не поленится, принесет книжку Толстого и прочитает из нее какую-нибудь многословную путаную фразу с вкраплениями французского :)

[psilogic.livejournal.com]

С фармацевтикой - могу выдвинуть гипотезу, что оказывает разлагающее влияние близость рынка, переполненного мошенничеством самого злобного типа - обман людей с игрой на их здоровье и жизни.

А вот что такое белковый инжиниринг - о чем это вообще?

[aridmoors.livejournal.com]

Ну и что? Это никак не отменяет классную цитату Толстого про язык. Потому что она ПРАВДА.

[aridmoors.livejournal.com]

Если честно, я не особо в курсе как конкретно применяют математические модели в современной химии, но в целом, насколько мне известно, у них паттерн есть, взять все и дать компьютерам на обработку,и типа все будет ок.

Но это не работает.

[psilogic.livejournal.com]

Может, и правда. Но было бы весело, особенно, если потом еще студенту указать, что это цитата не того Толстого, которым его мучали в школе :)

[aridmoors.livejournal.com]

Белковый инженеринг это когда они пытаются мутировать белки таким образом, чтобы у них появились свойста, нужные нам. Направленная эволюция белков. Слышали? Ну в общем, например в дрожжах это можно делать или в других подобных системах.

В общем то это очень нужные и правильные дисциплины сами по себе.

[alon_68]

Алексей за Льва не отвечает :)

[psilogic.livejournal.com]

А, то есть это так называют тех, кто делает ГМО? Тогда да, странно... их ведь и проверяют очень жестко из-за всей этой истерии вокруг ГМО. По идее, в их деле должен быть большой фактор неопределенности: изменение одного гена в сложном организме влияет сразу на кучу вещей, которые все описать невозможно. Соответственно привыкают все время что-то пропускать как несущественное?

[psilogic.livejournal.com]

Скорее, один другого поучает :) А студенты сразу подумают на Льва :)

[aridmoors.livejournal.com]

Ммм.. Нет, совсем не ГМО. Вообще не имеет отношения.То есть с точки зрения обывателя.

Белковый инженеринг это когда определннуб молекулу меняю сколько то раз, чтобы она стала более подвижной, что ли. К изменению генома реальных ОРНАНИЗМОВ это имет почти нулевое отношение. Хотя чисто тезнически вы правы, это ГМО, но вина юзеров, что они не осознают насколько ГМО это УЖЕ реальность.

[aridmoors.livejournal.com]

А вам есть какая то разница?

[aridmoors.livejournal.com]

Да не подумают, если инициалы стоят, и потом, какая разница? Argumentum ad hominem должны преподавать на начальном классе логики. Или уже и логику не преподают?

[psilogic.livejournal.com]

Вообще-то ее только во времена Сталина преподавали или речь не ро РФ? :)

[psilogic.livejournal.com]

Интересно. То есть в данном случае речь идет не о получении сорта/породы растения/животного, которое потом идет в пищу, а о получении организма, который будет только синтезировать конкретное нужное вещество, а в целом как сырье не нужен? Теперь я вас правильно понял?

[aridmoors.livejournal.com]

Не знаю, мне на логике преподавали что argumentum ad hominem это неправильно. Вам преподаввли?

[aridmoors.livejournal.com]

Нет, речь идет не о получени организма, а о получении БЕЛКА. Только белка. Одно, в смысле одна штука.

[psilogic.livejournal.com]

А чем белок синтезируется? Я так понял, что бактериями, которым в ДНК вставлена последовательность, кодирующая нужный белок, - не так?

Вы меня подзапутали, но уже ясно, что моя версия насчет вынужденной привычки пропускать - не годится. Надо искать другие психологические/социальные причины. Например, что исторически так сложилось - часто возникший где-то бардак оказывается устойчивым и самоподдерживающимся явлением, т.к. ученики подражают учителям.

[aridmoors.livejournal.com]

Нет, далеко не всегда бактериями. В большинстве производство антител делается человеческими клетками, это так для того чтобы сворачивание протеинов было правильным. В ббактериях проблема в том что они не могут производить сопутствующие причиндалы для протеинов (там, глайкосилэйшн, не имею понятия как это по русски) и т.д.

В целом, ученые понимают бардак, но для его устранения надо какие то большие внешние причины.

[psilogic.livejournal.com]

В России и в СССР после Сталина логику в школе не преподавали. Хотя в мое время была геометрия, где постоянно приводились примеры доказательств, к сожалению, без указания на общие принципы - не знаю, как ее преподают сейчас.

А в вузах сейчас есть разные варианты. Например, программистам преподают логику формальную, булеву алгебру - с прицелом на то, что происходит в программах и микросхемах, но совершенно не рассматривают то, как эту логику можно было бы применить к естественному языку. Соответственно - никаких ad hominem и знаний о прочих bias-ах. А у гуманитариев логику преподают, но так, что лучше бы ничего не преподавали: сношают мозг устаревшим Аристотелем, что, я думаю, надолго прививает отвращение к этой области.

[psilogic.livejournal.com]

Спасибо за терпеливые объяснения, вроде бы дошло. Если вдруг надумаете еще что-нибудь написать на тему сравнительного бардаковедения - с интересом почитаю :)

[aridmoors.livejournal.com]

Я еще думаю написать. На самом деле синтещироване белков можно делать разными системами, и оно делается в реальности разными системами, но мои мысли про это не дошли до потребителя)

[ultraohr.livejournal.com]

Что-то терзают меня смутные сомнения на счёт ..хм, точности в молбиол.

Вот, из свежего: When antibodies mislead: the quest for validation (https://www.nature.com/articles/d41586-020-02549-1).
"Commercial antibodies are commonplace in biology laboratories. Researchers use these giant Y-shaped proteins to detect specific molecules in cells, tissues and test tubes. But sometimes the proteins detect other molecules, too — or even instead. When that happens, confusion can snowball."

Прекрасное дополнение к предыдущему:
https://aridmoors.livejournal.com/582525.html

Продолжаю наблюдение.

Пополняемое собрание УГ ТП

[livejournal.livejournal.com]

User flitched9000 referenced to your post from Пополняемое собрание УГ ТП (https://flitched9000.livejournal.com/3502835.html) saying: [...] математические модели?<https://aridmoors.livejournal.com/693053.html?thread=14129981#t14129981 [...]

[gray-bird.livejournal.com]

Ну, про Аэлиту и Гиперболоид инженера Гарина все вроде слышали, так что пояснить, что цитата из клевого а не нудного Толстого - норм.

[psilogic.livejournal.com]

Я, кстати, совсем не уверен, что нынешнее поколение студентов слышало про Аэлиту или гиперболоид - было бы интересно спросить.

[aridmoors.livejournal.com]

Подскажите, что можно еще написать, чтобы вам было интересно по этой теме?

Да, про "валидацию антител" есть такое движение. С моей точки зрения, полная фигня, потому что... потому что химия работает так же, как математика или компьютеры - что запрограммировал, то и получил. Не бывает так, чтобы написал программу, а она "ведет себя", не бывает. Всегда, то что ты зпрограммировал, то ты и получил.

Но это моя точка зрения, основанная на уже почти 7 годах экспериментальной работы в этой области.

[ultraohr.livejournal.com]

Вот интересно было бы знать, как проверяется специфичность антител, т.е. что цепляются только к белку-мишени и никуда больше (в терминах ПО - отсутсвие багов).
Что же касается валидации. Любой измерительный прибор время от времени проходит (должен) поверку. Соответсвенно, если рассматривать антитела как детектор, то аналогичная процедура также желательна. Опять же, независимая проверка взаимозаменяемости производителей и стабильности между партиями тоже хорошо.

[matholimp.livejournal.com]

Древняя химия вполне себе использовала математические модели. Из-за чего я чуть было не победил на химической олимпиаде школьников Ленинграда (1966 года по 8 классу). В теоретическом туре я был первым, но в практическом меня отстранили за попытку поджечь аппарат Киппа.
По заранее прописанным правилам всем участникам практического тура должны были выдать дипломы 1 или 2 степени. Мне же в порядке злобного исключения выдали диплом 3 степени. Без права внеконкурсного участия в финале следующего года. Что и побудило меня окончательно забить на эту химию и стать 100% математиком.

[iliya krasnokutskiy (from livejournal.com)]

...да, есть такое... подзасрали фармацию, подзасрали...