(no subject)
Apr. 10th, 2020 11:13 am![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
aridmoorsАпдейт.
Я починила дверь в ванную. Ну да, она картонная, как и все жилища в Японии, так что... поломал-починил... со вторым тестом на коронавирус вышла у меня вот такая фигня.
В общем, в понедельник локальная врач переправила меня в большую Киотскую больницу сдать тест. СТ-скан так и не сделали. Взяли еще раз ПЦР. Оно готовится сутки, и мне сказали ждать звонка в среду по поводу результатов. Я уже забила на тесты и просто по умолчанию предполагала, что у меня будет негативный, так что даже и звонка не ждала. В среду мне не позвонили. В четверг тоже не звонят. Ну я думаю: да просто забегались и забыли сообщить чтоб я пришла за результатом. Взяла и пошла в больницу ногами, чтобы забрать справку.
Прихожу на ресепшен, а мне там говорят:
- Ой погодите, с вашим результатом какая-то фигня, он в общем inconclusive. *Ну то есть не смогли точно определить.
Я такая:
- 0_о.
Они такие: ну короче ваш образец надо перетестить еще раз.
Как это может быть?
Ну это может быть например вот так. ПЦР (которым меряют viral load) обычно делается на машине типа такой:
Это означает, что за один раз там прогоняют 96 образцов от 96 пациентов (скорее всего они еще включают контрол, но для простоты будем считать что 96 пацентов. Бывают еще и на 384, там вообще ТУЧА пациентов получается).
Машина выдает график и цифры (ну любой график строится по цифрам, это как бы само собой понятно). Графики и циферки примерно вот такие:
Зеленые сигмоидные кривые слева вверху - это графики всех 96 образцов. На картинке, чем кривая левее, тем в ней больше вируса. СУТЬ: кривые будут НА РАЗНЫХ УРОВНЯХ, в смысле нету такого что "все положительные слева, а все отрицательные справа". Они будут раскиданы. Там будет распределение.
Зеленая горизонтальная линия - это трэшхолд (не знаю я как это по-русски называют и мне пофиг), она автоматически выводится машиной на основании "среднего по больнице", то есть чтоб зачерпывала все левые и все правые линии. (На картинке это еще идеальный вариант, кривые в реале бывают НАМНОГО кривее)
Для примера - вот вам вот такая реальная хренотень, которую человек получил из какого-то своего эксперимента: всё вообще разбросано нахрен.
Затем машина для каждого из 96 образцов выдает циферку (справа внизу), которая выводится из точки пересечения зеленого горизонтального трэшхолда с зеленой сигмоидной кривулькой. И эта единственная цифра-точка считается "результатом".
Даже дебилу понятно, что эта цифра всецело зависит от того, ГДЕ машина проведет зеленую горизонтальную трэшхолдину.
Другими словами, если у нас есть пациенты-старушки, умирающие от коронавируса и давшие нам ТУЧУ вируса, который отобразится как кривая "слева-слева", то все остальные образцы будут, к сожалению, зависеть от этого. То есть, тупо, ваш результат зависит от того, ВМЕСТЕ С КЕМ вас тестировали.
Если у нас наблюдается разброс пациентов, есть "тяжелые", "средние" и "малые" и "нулевые", то результат тех, кто где-то посередине, будет сильно зависеть от того, вместе с кем их гоняли на машине.
Это относительная квантификация.
Бывает еще так называемая "абсолютная квантификация", когда в контрол включаются "чистенькие" образцы для контроля, но механизм работы машины все равно тот же самый. На тему этого я не буду распространяться, там можно спорить-успориться, принцип работы машины все равно всегда один и тот же: она множит имеющееся ДНК, рисует кривульки [в зависимости от машины эти кривульки могут даже не отображаться никогда], а потом СРАВНИВАЕТ кривульки с чем-нибудь, с чем ей сказали сравнить. И результат сильно зависит от того, что с чем сравнивать.
Ну это вот объяснение тому, как так может получиться, что "ой, ваш образец получился непонятно какой, то ли положительный, то ли отрицательный".
Да, есть пути уменьшения ошибки, да, здесь на картинках вариант с сайбер-грином, а с коронавирусом я не знаю что они используют, есть всякие разные варианты энзимов, но принцип все равно один и тот же. Прогнать X образцов и посравнивать их друг с другом на основе зеленых сигмоидных кривых.
Это не как с тестом на беременность, где есть либо одна полоска, либо две полоски.
(Хотя я где-то у Дизель-Шоу видела тоже юморной ролик про то, как мужик приходит в аптеку, берет "самый дешевый отечественный тест на беременность", и он у него положительный - ну то есть даже и тесты на беременность можно сделать очень криво).
Я починила дверь в ванную. Ну да, она картонная, как и все жилища в Японии, так что... поломал-починил... со вторым тестом на коронавирус вышла у меня вот такая фигня.
В общем, в понедельник локальная врач переправила меня в большую Киотскую больницу сдать тест. СТ-скан так и не сделали. Взяли еще раз ПЦР. Оно готовится сутки, и мне сказали ждать звонка в среду по поводу результатов. Я уже забила на тесты и просто по умолчанию предполагала, что у меня будет негативный, так что даже и звонка не ждала. В среду мне не позвонили. В четверг тоже не звонят. Ну я думаю: да просто забегались и забыли сообщить чтоб я пришла за результатом. Взяла и пошла в больницу ногами, чтобы забрать справку.
Прихожу на ресепшен, а мне там говорят:
- Ой погодите, с вашим результатом какая-то фигня, он в общем inconclusive. *Ну то есть не смогли точно определить.
Я такая:
- 0_о.
Они такие: ну короче ваш образец надо перетестить еще раз.
Как это может быть?
Ну это может быть например вот так. ПЦР (которым меряют viral load) обычно делается на машине типа такой:
Это означает, что за один раз там прогоняют 96 образцов от 96 пациентов (скорее всего они еще включают контрол, но для простоты будем считать что 96 пацентов. Бывают еще и на 384, там вообще ТУЧА пациентов получается).
Машина выдает график и цифры (ну любой график строится по цифрам, это как бы само собой понятно). Графики и циферки примерно вот такие:
Зеленые сигмоидные кривые слева вверху - это графики всех 96 образцов. На картинке, чем кривая левее, тем в ней больше вируса. СУТЬ: кривые будут НА РАЗНЫХ УРОВНЯХ, в смысле нету такого что "все положительные слева, а все отрицательные справа". Они будут раскиданы. Там будет распределение.
Зеленая горизонтальная линия - это трэшхолд (не знаю я как это по-русски называют и мне пофиг), она автоматически выводится машиной на основании "среднего по больнице", то есть чтоб зачерпывала все левые и все правые линии. (На картинке это еще идеальный вариант, кривые в реале бывают НАМНОГО кривее)
Для примера - вот вам вот такая реальная хренотень, которую человек получил из какого-то своего эксперимента: всё вообще разбросано нахрен.
Затем машина для каждого из 96 образцов выдает циферку (справа внизу), которая выводится из точки пересечения зеленого горизонтального трэшхолда с зеленой сигмоидной кривулькой. И эта единственная цифра-точка считается "результатом".
Даже дебилу понятно, что эта цифра всецело зависит от того, ГДЕ машина проведет зеленую горизонтальную трэшхолдину.
Другими словами, если у нас есть пациенты-старушки, умирающие от коронавируса и давшие нам ТУЧУ вируса, который отобразится как кривая "слева-слева", то все остальные образцы будут, к сожалению, зависеть от этого. То есть, тупо, ваш результат зависит от того, ВМЕСТЕ С КЕМ вас тестировали.
Если у нас наблюдается разброс пациентов, есть "тяжелые", "средние" и "малые" и "нулевые", то результат тех, кто где-то посередине, будет сильно зависеть от того, вместе с кем их гоняли на машине.
Это относительная квантификация.
Бывает еще так называемая "абсолютная квантификация", когда в контрол включаются "чистенькие" образцы для контроля, но механизм работы машины все равно тот же самый. На тему этого я не буду распространяться, там можно спорить-успориться, принцип работы машины все равно всегда один и тот же: она множит имеющееся ДНК, рисует кривульки [в зависимости от машины эти кривульки могут даже не отображаться никогда], а потом СРАВНИВАЕТ кривульки с чем-нибудь, с чем ей сказали сравнить. И результат сильно зависит от того, что с чем сравнивать.
Ну это вот объяснение тому, как так может получиться, что "ой, ваш образец получился непонятно какой, то ли положительный, то ли отрицательный".
Да, есть пути уменьшения ошибки, да, здесь на картинках вариант с сайбер-грином, а с коронавирусом я не знаю что они используют, есть всякие разные варианты энзимов, но принцип все равно один и тот же. Прогнать X образцов и посравнивать их друг с другом на основе зеленых сигмоидных кривых.
Это не как с тестом на беременность, где есть либо одна полоска, либо две полоски.
(Хотя я где-то у Дизель-Шоу видела тоже юморной ролик про то, как мужик приходит в аптеку, берет "самый дешевый отечественный тест на беременность", и он у него положительный - ну то есть даже и тесты на беременность можно сделать очень криво).
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2020-04-10 04:07 am (UTC)Умеем кнопки нажимать
Date: 2020-04-10 04:26 am (UTC)- Эксперимент, блин.
no subject
Date: 2020-04-10 04:32 am (UTC)"Пациент скорее жив, чем мёртв".
В каждой шутке есть для шутки ).
no subject
Date: 2020-04-10 05:13 am (UTC)ну вообщем окей.
вам не пришлось интубироваться, лежать вот в госпитале неделями.
конечно хотелось бы знать наверняка, но что уж тут, что есть то есть.
it is what it is черт возьми
no subject
Date: 2020-04-10 05:53 am (UTC)Выходит, это правильно?
No title
Date: 2020-04-10 06:38 am (UTC)no subject
Date: 2020-04-10 07:13 am (UTC)А по японски есть слово или они английским пользуются?
Ваша лаба не участвует в тестированиях? Я думал все ПЦР машины припаханы и праймеры доставляют галлонами
no subject
Date: 2020-04-10 07:14 am (UTC)no subject
Date: 2020-04-10 07:20 am (UTC)no subject
Date: 2020-04-10 07:27 am (UTC)no subject
Date: 2020-04-10 08:23 am (UTC)no subject
Date: 2020-04-10 08:40 am (UTC)no subject
Date: 2020-04-10 09:44 am (UTC)ПЦР не поможет, если вируса в носоглотке нет
no subject
Date: 2020-04-10 10:02 am (UTC)no subject
Date: 2020-04-10 10:25 am (UTC)no subject
Date: 2020-04-10 10:29 am (UTC)Ну а что тут делать? Положить одного инфицированного в больницу с коронавирусными - он с некоторой вероятностью подхватит вирус. Положить инфицированного в обычную больницу - вся больница может заразиться. Вот и считают, что выгоднее.
no subject
Date: 2020-04-10 11:00 am (UTC)no subject
Date: 2020-04-10 11:44 am (UTC)Не знаю, как у вас в Япониях, а в России реальный диагностический ПЦР -тест такого убогого дизайна, как вы описываете, я даже в 2002 г. не видел.
inconclusive результат может быть. Для интересующихся объясню - упрощая! - откуда он берется в тестах среднего качества (недорогих, для массового применения вне референтных лбораторий).
1. У сертифицированного теста должен быть тщательно променянный в испытаниях и при контроле качества партии тестов "предел детекции" (detection limit, LOD). Это сколько молекул мишени (вируса) должно быть в образце, чтобы результат с 99% гарантией получился положительный. Обычно он 10 молекул на пробирку, в которой идет реакция. Это соответствует приблизительно 100 молекулам на 1 мл биологического образца.
2. На заранее откалиброванном приборе определенной марки с определенными реактивами и параметрами амплификации при такой концентрации "кривая разгорания" (на картинке сигнал по вертикальной оси) должна пересекать горизонтальный threshold на заранее жестко определенном "цикле амплификации" (откладывается по горизонтальной оси). Допустим, он равен 35 циклам.
3. Поэтому, если threshold пересечен на 35 цикле или ранее - поздравляю, проба положительна.
4. Если threshold не пересечен за все время ПЦР, скажем до 40 цикла, поздравляю, проба отрицательна.
5. А если он пересечен на 38 цикле??
Тут возникает соблазн сказать, что удалось детектировать 1-2 копии вируса на пробирку - но религия и инструкция не велят.
Тем более, что такая картина может наблюдаться и в том случае, если в пробирке есть "неправильная" мишень, слегка похожая на "правильную", но в высокой концентрации. (В идеальном тесте такого быть не должно, но природа подлее любого идеала).
Вот тогда "inconclusive результат", и самый тупой способ разобраться в ситуации - взять новый биол. образец и повторить все с начала.
no subject
Date: 2020-04-10 12:42 pm (UTC)no subject
Date: 2020-04-10 10:01 pm (UTC)>если в пробирке есть "неправильная" мишень, слегка похожая на "правильную", но в высокой концентрации
это место не совсем понял, у этой неправильной мишени экспонента будет с другим показателем, разве нельзя ее по этому признаку отбраковать?
no subject
Date: 2020-04-12 02:40 am (UTC)Я не буду даже спорить с ним, бессмысленно, я съела три собаки и три пуда соли на ПЦР, и ругалась с ревьюерами моих статей, мне хватило. Нет интереса ругаться с каким-то выскочкой, который считает что LOD это господь бог.
no subject
Date: 2020-04-12 01:32 pm (UTC)no subject
Date: 2020-04-12 01:34 pm (UTC)no subject
Date: 2020-04-12 02:03 pm (UTC)Либо врач должен быть с хорошей насмотренностью.
no subject
Date: 2020-04-12 02:45 pm (UTC)