(no subject)
Mar. 26th, 2020 01:39 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
aridmoorsХроники коронавируса в Японии
Для всех спекулирующих по поводу моего диагноза: врач сказала, что исключить коронавирус нельзя, но и написать точно что это именно коронавирус, она не может тоже. Недостаточно данных для анализа. Клиническая картина совпадает с описанием инфекции именно коронавирусом. А это:
- Начало болезни с температуры
- Кашель начинается на 3-5 день после температуры и НЕ сопровождается сильным насморком
- Температура длится более недели на уровне около 37.5 или выше
- Тест на грипп негативный
- Кашель развивается
- Температура держится
Кто там писал "риновирус", риновирус должен сопровождаться насморком. Кто писал "норовирус", это должно сопровождаться симптомами со стороны ЖКТ. Если кого интересует что может быть бактериальная инфекция, то бактериальные инфекции сопровождались бы кашлем с начала болезни и гасились бы антибиотиками. Мне антибиотики прописывали, я их пропила без никаких результатов. Другими словами, это с большой вероятностью именно вирус (но нельзя с точностью сказать, какой именно в данный момент).
На основании этой картины врач и написала мне "подозрение на коронавирус". Более того, в связи с низкой сенситивностью ПЦР-теста именно в Японии, диагноз "коронавирус" в Японии как правило ставится на основании ДВУХ результатов: ПЦР-теста и СТ-скана.
СТ-скан мне не делали (потому что СТ-аппарат не передвигается с места на место, а меня осматривали в отдельной срочно-инфекционной комнате при строгом соблюдении санитарных норм, и переводить меня по всей больнице на СТ-аппарат, а потом всё после меня дезинфицировать было нереально).
Как меня осматривали:
Мне сказали при приближении к больнице позвонить по телефону и вызвать их, затем они вышли из здания и провели меня через задний ход в инфекционное отделение в комнату изоляции. В эту комнату затем ко мне зашел специалист в одноразовом защитном костюме, перчатках, маске и прозрачном шлеме. Я из комнаты не выходила. Он взял пробы ватными палочками большой длины (засовываются в нос, просовываются докуда достанет в горло). Затем они привезли перевозной мобильный аппарат рентгена (вряд ли в России много клиник располагают таким, я его вообще первый раз видела), и на месте сделали рентген. Поскольку аппарат передвижной, точность у него невысокая, он может только определить, есть ли воспаление легких или нет, более развернутой картины легких он дать не может. Именно поэтому СТ-скан невозможно сделать: для точности надо чтоб аппарат был большой, непередвижной и с кучей фичей, а переть меня к нему нереально.
Затем меня из этой же комнаты через тот же задний проход (pun not intended) вывели из больницы, проследив чтоб я ни с кем не контактировала.
Что такое тест ПЦР на коронавирус и как он работает:
ПЦР - это ОЧЕНЬ дешевая, ОЧЕНЬ быстрая технология тестирования на вирус с различной степенью точности. Точность зависит от конкретных праймеров, используемых для определения инфекции, и от настроек ПЦР-аппарата. Оба этих параметра (праймеры и настройки) определяются тестировщиком и разнятся от тестировщика к тестировщику. Праймеры еще можно установить официально, чтоб они были всегда одни и те же (но будут разниться от страны к стране), а вот настройки ПЦР-аппарата - это уж зависит от конкретного тестировщика, где он установит threshold в каждом конкретном случае. Threshold либо устанавливается аппаратом автоматически, либо тестировщик настраивает настройки сам. Поскольку тестируются РАЗНЫЕ образцы с РАЗНЫМ количеством материала, от установки threshold зависит ОЧЕНЬ МНОГО. Если разброс по амплификации очень большой, точность может сильно-сильно упасть.
Результат теста может быть получен в течение 2 часов после забора проб.
Я делала диссертацию по ПЦР, и поэтому я досконально знакома с технологией. Врач же у меня, скорее всего, не знала подробностей самого эксперимента, но знала статистику которую ей положено знать по должности (насколько точен конкретно японский тест, сколько ложно-негативных, ложно-позитивных результатов и т.п.).
Мне сказали после забора проб, что тест будет готов или в тот же день вечером, или утром. Ну для меня это было очень понятно: ПЦР само по себе занимает часа 2, в эти 2 часа можно протестить от 96 до более 1000 образцов, в зависимости от наличия аппаратов (которых тоже как грязи, дофига).
Поэтому, когда утром мне не позвонили из больницы с результатами теста ПЦР, я позвонила им сама, и они мне по телефону сказали, что "отрицательно". Я пошла в клинику, и там доктор очень удивилась:
- Как это уже готов тест? ТАК БЫСТРО?!
Для меня наоборот, было:
- ТАК МЕДЛЕННО?! Чо там писиарить, 2 часа!!!
В общем доктор никогда не видела, как делается ПЦР. И если вы увидите где-то информацию, что "не хватает тестов" - это полная фигня. ПЦР дешевая как грязь, ее можно делать тысячами образцов скоростным потоком. Это реально ВООБЩЕ не может быть проблемой.
Тем не менее, спасибо врачу и ее знаниям, она вынесла честный вердикт: сенситивность ПЦР в Японии крайне низкая, и исключить вариант коронавируса на основании клинической картины конкретно у тебя нельзя. И сказала что мне надо сидеть дома как минимум неделю (и уж во всяком случае не шляться по улицам с температурой и кашлем).
Это разница между биологами и врачами: врачи правильно смотрят на клиническую картину, и правильно определяют вероятность того или иного сценария. Биологи не умеют смотреть на клиническую картину.
В результате я сегодня сижу дома с той же температурой (37.5 с утра), кашель усугубляется. Врач, как и положено, прописала симптоматическое лечение: протикашлевые средства, парацетамол, средства для облегчения дыхания. Ничего кроме этого сейчас для зараженных все равно нет (есть новость что пытаются переливать кровь переболевших в тяжелых случаях, в надежде что сработают антитела в крови, но это не мой случай).
Для интереса. Француз из моей прошлой лабы сделал график заболевших в Японии, Франции и Южной Корее. Интересно как Япония выбивается из общей картины (и если еще учесть что из тысяча-сколько-то случаев около 800 было на злополучном корабле, картина вообще становится крайне интересной).
Типа, ога, а в Японии ничего нет!!!
Несмотря на то что этобыла вторая страна после Китая где обнаружился вирус и очаги регистрировались СОВСЕМ не в тех городах куда причалил этот круизный лайнер.
В общем, вот такая вот загогулина.
Для всех спекулирующих по поводу моего диагноза: врач сказала, что исключить коронавирус нельзя, но и написать точно что это именно коронавирус, она не может тоже. Недостаточно данных для анализа. Клиническая картина совпадает с описанием инфекции именно коронавирусом. А это:
- Начало болезни с температуры
- Кашель начинается на 3-5 день после температуры и НЕ сопровождается сильным насморком
- Температура длится более недели на уровне около 37.5 или выше
- Тест на грипп негативный
- Кашель развивается
- Температура держится
Кто там писал "риновирус", риновирус должен сопровождаться насморком. Кто писал "норовирус", это должно сопровождаться симптомами со стороны ЖКТ. Если кого интересует что может быть бактериальная инфекция, то бактериальные инфекции сопровождались бы кашлем с начала болезни и гасились бы антибиотиками. Мне антибиотики прописывали, я их пропила без никаких результатов. Другими словами, это с большой вероятностью именно вирус (но нельзя с точностью сказать, какой именно в данный момент).
На основании этой картины врач и написала мне "подозрение на коронавирус". Более того, в связи с низкой сенситивностью ПЦР-теста именно в Японии, диагноз "коронавирус" в Японии как правило ставится на основании ДВУХ результатов: ПЦР-теста и СТ-скана.
СТ-скан мне не делали (потому что СТ-аппарат не передвигается с места на место, а меня осматривали в отдельной срочно-инфекционной комнате при строгом соблюдении санитарных норм, и переводить меня по всей больнице на СТ-аппарат, а потом всё после меня дезинфицировать было нереально).
Как меня осматривали:
Мне сказали при приближении к больнице позвонить по телефону и вызвать их, затем они вышли из здания и провели меня через задний ход в инфекционное отделение в комнату изоляции. В эту комнату затем ко мне зашел специалист в одноразовом защитном костюме, перчатках, маске и прозрачном шлеме. Я из комнаты не выходила. Он взял пробы ватными палочками большой длины (засовываются в нос, просовываются докуда достанет в горло). Затем они привезли перевозной мобильный аппарат рентгена (вряд ли в России много клиник располагают таким, я его вообще первый раз видела), и на месте сделали рентген. Поскольку аппарат передвижной, точность у него невысокая, он может только определить, есть ли воспаление легких или нет, более развернутой картины легких он дать не может. Именно поэтому СТ-скан невозможно сделать: для точности надо чтоб аппарат был большой, непередвижной и с кучей фичей, а переть меня к нему нереально.
Затем меня из этой же комнаты через тот же задний проход (pun not intended) вывели из больницы, проследив чтоб я ни с кем не контактировала.
Что такое тест ПЦР на коронавирус и как он работает:
ПЦР - это ОЧЕНЬ дешевая, ОЧЕНЬ быстрая технология тестирования на вирус с различной степенью точности. Точность зависит от конкретных праймеров, используемых для определения инфекции, и от настроек ПЦР-аппарата. Оба этих параметра (праймеры и настройки) определяются тестировщиком и разнятся от тестировщика к тестировщику. Праймеры еще можно установить официально, чтоб они были всегда одни и те же (но будут разниться от страны к стране), а вот настройки ПЦР-аппарата - это уж зависит от конкретного тестировщика, где он установит threshold в каждом конкретном случае. Threshold либо устанавливается аппаратом автоматически, либо тестировщик настраивает настройки сам. Поскольку тестируются РАЗНЫЕ образцы с РАЗНЫМ количеством материала, от установки threshold зависит ОЧЕНЬ МНОГО. Если разброс по амплификации очень большой, точность может сильно-сильно упасть.
Результат теста может быть получен в течение 2 часов после забора проб.
Я делала диссертацию по ПЦР, и поэтому я досконально знакома с технологией. Врач же у меня, скорее всего, не знала подробностей самого эксперимента, но знала статистику которую ей положено знать по должности (насколько точен конкретно японский тест, сколько ложно-негативных, ложно-позитивных результатов и т.п.).
Мне сказали после забора проб, что тест будет готов или в тот же день вечером, или утром. Ну для меня это было очень понятно: ПЦР само по себе занимает часа 2, в эти 2 часа можно протестить от 96 до более 1000 образцов, в зависимости от наличия аппаратов (которых тоже как грязи, дофига).
Поэтому, когда утром мне не позвонили из больницы с результатами теста ПЦР, я позвонила им сама, и они мне по телефону сказали, что "отрицательно". Я пошла в клинику, и там доктор очень удивилась:
- Как это уже готов тест? ТАК БЫСТРО?!
Для меня наоборот, было:
- ТАК МЕДЛЕННО?! Чо там писиарить, 2 часа!!!
В общем доктор никогда не видела, как делается ПЦР. И если вы увидите где-то информацию, что "не хватает тестов" - это полная фигня. ПЦР дешевая как грязь, ее можно делать тысячами образцов скоростным потоком. Это реально ВООБЩЕ не может быть проблемой.
Тем не менее, спасибо врачу и ее знаниям, она вынесла честный вердикт: сенситивность ПЦР в Японии крайне низкая, и исключить вариант коронавируса на основании клинической картины конкретно у тебя нельзя. И сказала что мне надо сидеть дома как минимум неделю (и уж во всяком случае не шляться по улицам с температурой и кашлем).
Это разница между биологами и врачами: врачи правильно смотрят на клиническую картину, и правильно определяют вероятность того или иного сценария. Биологи не умеют смотреть на клиническую картину.
В результате я сегодня сижу дома с той же температурой (37.5 с утра), кашель усугубляется. Врач, как и положено, прописала симптоматическое лечение: протикашлевые средства, парацетамол, средства для облегчения дыхания. Ничего кроме этого сейчас для зараженных все равно нет (есть новость что пытаются переливать кровь переболевших в тяжелых случаях, в надежде что сработают антитела в крови, но это не мой случай).
Для интереса. Француз из моей прошлой лабы сделал график заболевших в Японии, Франции и Южной Корее. Интересно как Япония выбивается из общей картины (и если еще учесть что из тысяча-сколько-то случаев около 800 было на злополучном корабле, картина вообще становится крайне интересной).
Типа, ога, а в Японии ничего нет!!!
Несмотря на то что этобыла вторая страна после Китая где обнаружился вирус и очаги регистрировались СОВСЕМ не в тех городах куда причалил этот круизный лайнер.
В общем, вот такая вот загогулина.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2020-03-26 05:01 am (UTC)no subject
Date: 2020-03-26 05:16 am (UTC)no subject
Date: 2020-03-26 05:45 am (UTC)Причина ИМО вполне банальна - "Потеря лица" конкретного чиновника, страны - на фоне приближающейся(в прошлом уже) Олимпиады..
no subject
Date: 2020-03-26 05:49 am (UTC)Отсюда и все тесты и вся картина. Они, скорее всего, думали проманипулировать тестами чтобы доказать что типа "у нас ничо нет", но когда картина стала складываться что никто и так не поедет, то они пошли на задержку Олипиады.
no subject
Date: 2020-03-26 06:20 am (UTC)еще взгляд
Date: 2020-03-26 06:23 am (UTC)via
marss2 . livejournal . com/4157600.html
...
На переднем краю прогресса – “чудеса”.
Молекулы, которые позволяют лечить меланому, к примеру, или СМА, или аГУС какой, о котором 99999 из 100000 ничего не знают и дай Бог чтобы не узнали.
СтОят как мост железный, зато
приносят хорошую прибыль раз
и затыкают рты тем, кто не доволен, что в очереди за простейшей процедурой приходится сидеть пять часов или на прием к специалисту нужно записываться за два месяца.
Зато мы человека от чего угодно спасти можем!
Ну и красивые истории действительно успеха – от той же СМА до детских лейкозов.
“Премиальный сегмент” крупного бизнеса в чистом виде.
Рынок инноваций в здравоохранении – это рынок фьючерсов молекул.
На что он настроен?
На то, чтобы лекарства выходили на рынок как можно дольше и стоили как можно дороже.
...
no subject
Date: 2020-03-26 06:24 am (UTC)no subject
Date: 2020-03-26 06:43 am (UTC)Это не настройка, а фича. R&D стоит миллионы денег и челевокочасов, столько же фазы тестирования препарата. И да, это не один год. Или вы хотите, чтобы каждую потенциальную молекулу компании сразу тестировали на людях? Ну, вариант. Будет быстро и дёшево.
no subject
Date: 2020-03-26 06:44 am (UTC)Так если столько много зависит от настроек тестирования, можно ли вообще или насколько доверять тем или иным данным по странам?
no subject
Date: 2020-03-26 06:59 am (UTC)Я не думаю, что японцы "спеиально подтасовывали факты". Просто генерация фактов самих по себе может быть подтасована. Например, использовать низко-сенситивные праймеры.
Какой смысл проводить тестирование? Для статистики. Если бы в Японии реально проводили МНОГО тестов, был бы смысл говорить о како-то стаитистике, а так...
no subject
Date: 2020-03-26 07:01 am (UTC)no subject
Date: 2020-03-26 07:27 am (UTC)По имеющимся данным важно начать противовурусную терапию КАК МОЖНО РАНЬШЕ. К моменту тяжелых осложнений когда люди попадают в больницу противовирусная терапия почти бесполезна. В частности по Калетре необходимо начать терапию не позже 12 дней от появления первых симптомов, лучше еще раньше.
Китайцы лечат Калетрой + Арбидол, если не помагает Плаквенил. Корейцы Калетра + Плаквенил. В японии есть еще свои экспериментальньные препараты.
В принципе даже если у вас другая вирусная инфекция эти препараты могут помочь.
Срочно Потребуйте у врача противовирусную терапию или сами достаньте если возможно. Хотя бы Калетру.
no subject
Date: 2020-03-26 07:54 am (UTC)Думаю, у меня не будет осложнений, молодая слишком. Хотя в данном случае мне глобально пофиг вообще-то. Будет, не будет, в моем случае по работе ответ все равно один.
no subject
Date: 2020-03-26 08:04 am (UTC)> только определить, есть ли воспаление легких или нет, более развернутой
> картины легких он дать не может.
РЫДАЛЪ!..
"Точность" рентгена не в самом приборе - это, по сути, тупо излучатель рентгеновского излучения, а в пленке, на которую попадает оное излучение, проходя через тело... Вот у ней-то и "точность", там много всего разного.
И как ее проявят, там вообще до маразме доходит. Переэкспозиция с недопроявкой, флуоресцентные экраны, фильтрация вторичного излучения - кароче ну его нахрен. А нынче и вовсе на "цифровые матрицы" вместо пленки снимают, и потом на компьтере смотрят...
А с ренгеном-то самими - там только напряжением, подаваемым на рентгеновскую трубку, силой тока и выдержкой (длительностью рентгеновского излучения) можно манипулировать: "Существуют средние значения для разных органов и тканей, но следует учитывать, что фактические значения будут отличаться в зависимости от аппарата, где проводится исследование и пациента, которому проводится рентгенография. Для каждого аппарата составляется индивидуальная таблица значений. Значения эти не абсолютные и корректируются по мере выполнения исследования.!
Ну и еще рентгенолаборант тут рулит в первую очередь, потому как качество выполняемых снимков "во многом зависит от способности рентгенолаборанта адекватно адаптировать таблицу средних значений к конкретному пациенту"..
"Есть ли воспаление легких или нет" - а какая "более развернутая картина" может быть? Ну, в КТ - там да, но - в первую очередь касательно исключительно морфолоических деталей, там можно делать практически микроскопию - внутреннее строение насекомых вовсю изучают...
Bruker этим делом занимаюццо... них там кстати, и ЯМР-томографы по 17 ТЕСЛА есть!!! Правда, штобы объекты окружностью до 7 см. только измерять... Ну есть и до 30 см, с мощностью поменее, но все равно зашкаливающей.
no subject
Date: 2020-03-26 08:10 am (UTC)no subject
Date: 2020-03-26 08:23 am (UTC)Иначе слишком большой риск, что произвольная лаба выдаст стопятьсот результатов неизвестной достоверности.
no subject
Date: 2020-03-26 08:25 am (UTC)no subject
Date: 2020-03-26 08:28 am (UTC)no subject
Date: 2020-03-26 08:30 am (UTC)Ну вот.
no subject
Date: 2020-03-26 08:36 am (UTC)no subject
Date: 2020-03-26 08:54 am (UTC)no subject
Date: 2020-03-26 08:55 am (UTC)no subject
Date: 2020-03-26 09:00 am (UTC)no subject
Date: 2020-03-26 09:01 am (UTC)no subject
Date: 2020-03-26 09:07 am (UTC)