химики есть?

[aridmoors]

Ничо не понимаю в химии.
Вот есть такая хрень, малеймид. Она прицепляется к sulfhydril groups (тиолам?). То есть если у нас есть протеин, и в нем есть цистеины, оно к ним прицепится.


Но мне надо потом как-то снять, сколько его туда прицепилось.
Для этого есть такой реагент, малеймид, сцепленный с биотином.



И вот меня интересует, как эта хрень делается. Допустим, у меня есть отдельно биотин, и отдельно maleimide-NHS. Как они туда линкер вставили вообще?
Или мож кто знает, как количественно задетектировать NHS?

Вот дохрена вопросов в жизни в последнее время, от которых понимаешь, что на свете гораздо больше вещей, на которые гугл не знает ответа, чем на которые знает...

Comments

З

[vasylyk.livejournal.com]

Этот вопрос к практикующим химикам. Меня хватило только на то, чтобы его понять.

[mhitar mhitaryan (from livejournal.com)]

Я бы поискал по химическим базам типа Pubchem, Zinc. Там могут быть ссылки на источники - статьи или патенты, где описана технология синтеза.

[andresol.livejournal.com]

Я, к сожалению, уже не практикующий химик и не могу посмотреть, описан ли синтез этого вещества в Reaxys или SciFinder. Но получаться он должен из (maleimide)-CH2-C6H10-CO-ONSu + H2N(CH2)4NH2 (1 eq) и затем biotin-ONSu. Возможно, придется одну из аминогрупп в диамине вначале защищать. И (maleimide)-CH2-C6H10-CO-ONSu тоже надо будет синтезировать. Тут надо смотреть, доступен ли BrCH2-C6H10-COOH, например.

Какая формула maleimide-NHS, имеющегося в наличии? Это же малеимид-(что-то еще)-ONSu - чем является это "что-то еще"?

Теоретически я не вижу причины, зачем там обязательно должно быть циклогексановое кольцо. Можно приготовить и другой линкер сопоставимой длины.

Но обычно, если реагент можно купить, то дешевле оказывается его купить, чем синтезировать самому. Если только не предполагается использовать его в больших количествах. Но и тогда, не проще ли заколлаборировать с химиками?

А вместо биотина, наверно, можно привязать к малеимиду какую-нибудь флуоресцентную группу. Что-нибудь в таком духе: https://www.piercenet.com/instructions/2162242.pdf и мерить флуоресценцию, а не через биотин-стрептавидин.

[andresol.livejournal.com]

Знающие люди подсказывают, что в общем случае мерить количество SH групп в белке (если это главная цель) проще всего с помощью готовых и недорогих kits, вроде этого: http://www.abcam.com/thiol-quantification-assay-kit-fluorometric-ab112158.html

А в конкретном случае надо смотреть, что за белок, в какой он форме, какая концентрация и какое есть оборудование.